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铁卟啉化合物与氧气分子形成的体系的密度泛函理论研究(英文): 2009年; 采用密度泛函理论B3LYP方法在6-31G（d）基组水平下对氯化铁（＋3）卟啉与氧气分子形成的体系进行了研究，得到了几何构型，电子性质及分子轨道结构等相关数据．对两个体系不同自旋状态下的几何构型参数和电子性质对比发现：受体系立体构型对称性的影响，在两个体系中凡是与卟啉环上N原子相关的几何参数及电子性质均呈现出相同规律性．又采用密度泛函理论UB3LYP／6—311G^＊／／UB3LYP／6．31G^＊方法对这两个体系不同自旋状态下的能量进行了计算，分析表明自旋多重度越高体系越稳定．然后分别分析了两个体系在最稳定自旋状态下的分子轨道占据情况及中心Fe原子最外层3d轨道的电子分布情况，结果表明Fe原子的3dz2和3dxz／3dyz与氧气分子的单占据反键轨道HOMOπ^＊2px/π^＊2py之间存在相互作用，这种相互作用引起铁卟啉环与O2分子间的电子转移并使O2活化．然而，根据分析在通常状态下铁卟啉对O2分子的活化作用是微弱的．; 吕庆章李小娟牛静王珂芳卢雁; 关键词：密度泛函理论铁卟啉分子轨道活化机理

蛋白质二级结构预测的结构表达方法研究: 2009年; 蛋白质二级结构预测时,描述窗口内氨基酸残基序列的各种物理化学和分子结构参数的数量非常大,而且不能很好地直接体现氨基酸的连接顺序,这样就造成二级结构预测工作既费时效果又低下,因此,对这些数据预处理是非常必要的.研究发现,这些初始数据对应的变换矩阵的本征值谱与氨基酸残基序列情况无关,只与氨基酸的类别、数量性质有关,而其本征函数数据能够直接反映氨基酸残基的序列情况,利用有显著大小的本征值对应的本征函数作为描述参数,在进行蛋白质二级结构预测时,不但能够显著减少描述参数的个数,而且它体现了氨基酸顺序的变化,这将有效提高蛋白质二级结构预测研究效果.; 吕庆章牛静李小娟王珂芳; 关键词：蛋白质二级结构预测

黄酮类化合物抗氧化活性理论研究被引量：16: 2009年; 运用密度泛函理论(DFT)B3LYP方法对柯因、高良姜素、山奈酚、桑色素、槲皮素及杨梅酮这6种典型黄酮类化合物进行结构优化及单点能计算,来研究这6种化合物的抗氧化活性.本文从化合物失去最大可能活性位H原子形成半醌式自由基前后的生成热之差(⊿HOF)、失去酚羟基H原子形成的自由基的原子自旋密度、化合物分子中酚羟基数目及形成的半醌式自由基中可形成氢键数目3个方面进行分析.发现这6种黄酮类化合物的抗氧化活性顺序为:杨梅酮>槲皮素>桑色素>山奈酚>高良姜素>柯因.此外,还探讨了化合物的几何构型及最高占据轨道与抗氧化活性间是否存在关联,结果表明它们之间无相关性.; 吕庆章李小娟牛静王珂芳; 关键词：黄酮类化合物自由基抗氧化 DFT

6-氟-4-氧-1,4-二氢喹啉-3-羧基衍生物抗菌活性的QSAR研究被引量：3: 2010年; 为设计合成生物活性更高的喹诺酮类化合物,计算了可能会影响6-氟-4-氧-1,4二氢喹啉-3-羧基衍生物抗菌活性的最高占据轨道能级、最低空轨道能级、摩尔折射率、疏水参数等24个结构和量子化学参数,采用偏最小二乘、穷举回归和混沌遗传神经网络法对化合物的抗菌活性进行了定量结构活性关系(QSAR)研究,进而讨论了这些参数对抗菌活性的影响。结果表明:当该类化合物的生成热和极化率较大,最高占据轨道能、分子表面积、水合能和标准吉布斯自由能较小时对提高化合物抗菌活性有利。该QSAR的结果可为实验工作者合成新药提供理论参考。; 李焕杨英杰吕庆章王珂芳李小娟; 关键词：抗菌活性偏最小二乘结核分枝杆菌

PDK1的吲哚酮类抑制剂定量构效关系研究被引量：2: 2010年; 70 indolinone inhibitors of PDK1 are calculated to guide obtaining the higher biological activity of quinolone compounds’ design and synthesis.Quantitative structure-activity relationship study has been approached on the basis of structure and quantum chemical parameters by using partial least squares,exhaustion linear regression analysis and chaotic genetic artificial neural network.According to the models,how these parameters affect the activity of the inhibitors of PDK1 is discussed in detail.The results show that the activity of indolinone inhibitors of PDK1 will increase when these compounds have larger nuclear energy,ploarizability,ovality and lower volume,molecular topological index.The QSAR results can provide a theoretical reference for the pharmaceutical synthesis.; 李焕牛静吕庆章李小娟王珂芳; 关键词：定量构效关系偏最小二乘法

4种儿茶素生物活性密度泛函理论的研究被引量：13: 2008年; 绿茶中的4种儿茶素EGCG，ECG，EGC，和EC具有抗氧化、抗癌等生物活性，对人体健康有很好的保护作用。分子的抗氧化机制主要通过酚羟基的抽氢反应直接消除自由基。本文利用密度泛函（DFT）B3LYP法在6-31G^＊基组下计算了这4个分子，分别从分子的电荷分布、4个分子与失去带最大正电荷的酚羟基氢原子形成自由基反应的生成热之差（AHOF）、最高占据轨道、最高占据轨道和最低空轨道的能级差等方面分析儿茶素消除自由基的机理。结果表明在4个儿茶素分子中带最大正电荷的氢原子，在不同的酚羟基上。EGCG和EGC分子中位于B环的4＇位酚羟基上，ECG分子中位于D环的4＂位酚羟基上，EC分子中位于B环的3＇位酚羟基上；4个分子中其氢所带正电荷的大小顺序是EGCG〉ECG〉EGC〉EC，与文献记载的消除自由基活性顺序一致；从AHOF可以看出，儿茶素消除自由基的反应活性与酚羟基的个数和失去氢原子后形成内氢键的个数有关；另外，最高占据轨道和最低空轨道的能级差在一定程度上也反映4个分子的活性。; 吕庆章王珂芳牛静李小娟卢雁; 关键词：儿茶素自由基密度泛函电荷分布

蛋白质特征曲线的研究: 2009年; 提出一种新颖的方案使蛋白质结构信息可视化。在滑动窗口方法基础上,每一个天然氨基酸采用从氨基酸索引数据库中挑选的48种特性参数描述,在某一特定窗口下的所有氨基酸残基的参数就组成一个矩阵,通过矩阵变换得到一个方矩阵,再经过窗口的滑动就得到基于整个蛋白质的所有这些窗口矩阵的本征值矩阵。对本征值矩阵元素作图得到一系列的本征值曲线,这种曲线的轮廓不随窗口的变化而变化,这些曲线被称为蛋白质的特征曲线。为选择合适的窗口宽度、对同一类型蛋白质不同窗口宽度及不同类型蛋白质相同窗口宽度下的本征值矩阵进行了比较研究,对其潜在的用途进行了讨论。; 吕庆章牛静王珂芳李小娟; 关键词：氨基酸序列

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王珂芳