章威
- 作品数：13 被引量：23H指数：3
- 供职机构：北京大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家杰出青年科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生理学生物学自动化与计算机技术更多>>
- 计算机辅助药物分子设计的方法研究和软件开发
- 计算机辅助药物分子设计(CADD)作为现代药物研究中的一个关键步骤，其重要性已经越来越被人们认可。作者博士阶段在这个领域做了一些工作，主要分为三方面：
1.在自由能计算方面，运用FEP，LIE和MM/PBSA等...
- 章威
- 关键词：计算机辅助设计药物设计自由能FEP溶剂效应分子动力学
- 一组和AMBER力场配合的普适波恩模型参数被引量：3
- 2003年
- 提出了一套和AMBER力场相匹配的普适波恩模型参数.新的参数集包含21种原子类型的初始半径和屏蔽因子.参数通过遗传算法拟合359个小分子水合自由能的实验值得到.采用新的参数,预测了44个小分子的水合自由能,预测值和实验值能很好地吻合,而且大大优于采用Jayaram参数得到的结果.此外,采用新的参数,还预测了15个蛋白质的水合自由能,预测值和PB/SA预测得到的结果能很好地吻合.
- 章威侯廷军乔学斌徐筱杰
- 关键词：溶剂效应
- 基于原子表面的蛋白质水合自由能预测模型
- 2003年
- 提出了一种计算蛋白质水合自由能的简化模型(SAWSA2).模型把蛋白质分子中的原子分为20种不同的原子类型,通过每类原子的溶剂可及化表面以及相应的溶剂化参数,就可以得到分子的水合自由能.不同原子类型的溶剂化参数通过110个蛋白质分子水合自由能拟合得到,水合自由能的标准值采用了基于求解Possion-Boltzmann方程(PB)以及分子表面计算(SA)相结合的方法.采用得到的模型,预测了20个蛋白质分子的水合自由能,预测值的相对值和绝对值都能和PB/SA的计算值很好地吻合,大大优于两种已报导的水合自由能模型.
- 侯廷军章威黄钦乔学斌徐筱杰
- 关键词：蛋白质溶剂效应蛋白质
- 一组胰蛋白酶抑制剂结合自由能的预测被引量：1
- 2002年
- 本文采用基于线性响应近似的自由能预测方法计算了胰蛋白酶和苯酰氨类抑制剂的结合自由能。计算结果表明,3参数和双参数模型的预测能力要明显优于单参数模型。计算得到的抑制剂和受体间的作用模式为基于结构的药物设计提供了重要的信息。
- 侯廷军章威郭森立徐筱杰
- 关键词：胰蛋白酶分子动力学分子对接药物设计
- 自由能微扰法计算酶和抑制剂的相对结合自由能被引量：1
- 2002年
- 用自由能微扰方法(FEP)计算了2种hydroxamate类的抑制剂和MMP-2的相对结合自由能,自由能计算采用了慢增长(Slow Growth)和固定窗口增长(Fixed Width Window Growth)2种方法,并且在每次计算中都采用了双向采样(double-wide sampling)的策略,2种方法计算得到的相对结合自由能都能和实验值很好地符合。
- 章威侯廷军徐筱杰
- 关键词：MMP-2GELATINASE-A抗癌药物药物设计水解酶
- Hydroxamate类抑制剂与MMP—3的结合自由能的计算被引量：2
- 2001年
- 用自由能微扰方法(FEP)计算了两种hydroxamate类的抑制剂和MMP-3的相对结合自由能.在计算中,对于催化区的锌离子与其共价结合的配体(包括抑制剂和组氨酸)采用了键合的模型,抑制剂和周围配体的部分电荷的计算采用两步静电势收敛方法.自由能计算采用了慢增长(Slow growth)和固定窗口增长(Fixed width window growth)两种方法,并且在每次计算中都采用了双向采样(Double-wide sampling)的策略.两种方法计算得到的相对结合自由能都能和实验值很好的符合.同时从动力学模拟的得到的分子轨迹得到了抑制剂和受体之间相互作用模式,抑制剂的P1部分可以和受体的S1′口袋形成很强的范德华和疏水相互作用,P1上的苯环可以和Tyr223上的苯环形成较好的π键堆积相互作用.
- 章威侯廷军徐筱杰
- 关键词：MMP-3STROMELYSIN-1抗癌药物药物设计
- 人源化甲状腺素脱碘酶单链抗体的结构模拟被引量：2
- 2002年
- 以四碘甲状腺素原氨酸为半抗原 ,从人噬菌体展示半合成单链抗体库中筛选与半抗原有特异结合性的单链抗体 E3 ,并测定了 E3的一级结构 。
- 林凤章威陈默丁兰刘兰英徐筱杰赵大庆倪嘉缵
- 关键词：单链抗体计算机模拟噬菌体空间结构
- 药用天然产物反向研究途径
- 徐筱杰陈丽蓉乔学斌侯廷军朱丽荔王俊梅谢建春骆宏鹏章威李正全
- 据估计在全球范围，植物约42万种，药用植物约5万种以上，我国的中药植物约11000种，理论估计天然产物可能达百万种，迄今已知的约20万种，其中来自植物的约10余万种。药用植物中已经系统研究的植物不足10%。传统的药用天然...
- 关键词：
- 关键词：植物药用
- 应用反向传播神经网络预测化合物脑血分配系数
- 2002年
- 选用27种三维结构性质描述符对脑血分配系数预测建立神经网络模型.网络模型选用典型的适合函数逼近的两层结构神经网络对脑血分配系数(lgBB,BB为脑血浓度比)进行预测,计算中采用的模型具有一个双曲正切型激活函数的隐含层和一个线性激活函数的输出层.计算表明,使用小心选择的反向传播神经网络模型对化合物脑血分配系数具有较好的预测能力.
- 乔学斌侯廷军章威徐筱杰
- 关键词：反向传播神经网络QSPR药物设计
- Hydroxamate类抑制剂与MMP—2的分子对接研究被引量：1
- 2001年
- 通过分子动力学模拟研究了MMP-2和hydroxamate抑制剂之间的作用模式.在分子动力学模拟中,对于催化区的锌离子和其共价结合的配体(包括抑制剂和组氨酸)采用了键合的模型.从模拟的结果可以看到,R1取代基和MMP-2的S1疏水口袋中的部分残基能形成很好的几何匹配,从而可以产生很强的范德华和疏水相互作用.模拟结果也表明,两个抑制剂和MMP-2之间分别能形成5个和8个氢键,抑制剂B比A活性更高的原因就是能够形成更加有利的氢键作用模式.在整个模拟过程中,催化锌都能保持好的五配位形式,配位键的长度也处于稳定的状态.预测得到的MMP-2和其抑制剂的相互作用模式对于全新抑制剂的设计提供了非常重要的结构信息.
- 侯廷军章威徐筱杰
- 关键词：GELATINASE-AMMP-2分子对接金属蛋白酶药物设计
