使用多种生物信息学工具来预测、比较尘螨变应原Der f 9、Der p 9和Blo t 9的一级、二级、三级结构及抗原表位,找出3种蛋白结构及功能的异同。Der f 9、Der p 9和Blo t 9氨基酸序列一致性为82.07%,都含有3个胰蛋白酶活性位点氨基酸及2个功能结构区特异性序列;二级和三级结构中都由α-螺旋、β-折叠和无规卷曲组成;活性位点氨基酸在三级结构中完全重合,并相互靠近构成蛋白酶的活性中心;主要潜在抗原表位区域都为5个,并在第47-49aa和200-203aa区域出现了重合,但表位重合区的氨基酸种类不完全相同。应用生物信息方法预测和比较了Der f 9、Der p 9和Blo t 9结构与抗原方面的信息,为进一步研究变应原第9组分的生物学功能、疫苗研制奠定了基础。
目的克隆粉尘螨变应原Der f Mal f 6(简称Mal f 6)编码基因并构建其原核表达体系。方法提取粉尘螨总RNA,根据GenBank中的(AY283280.1)序列设计并合成引物,RT-PCR扩增Der f Mal f 6全长基因,克隆至pColdTF DNA载体,转化至E.coli JM109,取阳性克隆测序;将pCold TF-Mal f 6质粒转化至BL21,IPTG诱导表达,采用SDS-PAGE验证表达产物,采用生物信息学软件预测Mal f 6的理化特性、结构和功能。结果 RT-PCR获得全长为495bp的Mal f 6基因。原核表达后经SDS-PAGE电泳显示其全细胞、上清及沉淀物均有蛋白表达,以上清表达量较高。生物信息学分析该蛋白由164个氨基酸组成,分子质量单位为17.7ku,二级结构由α螺旋(4.88%)、延伸主链(37.8%)和无规则卷曲(57.32%)组成,是亲水性细胞质蛋白,具有肽酰-脯氨酰反式异构酶活性。结论粉尘螨变应原Mal f 6原核表达获得成功,为该变应原的进一步研究及规模生产和应用奠定了基础。
目的:比较尘螨变应原Der f 3、Der p 3和Eur m 3的结构及功能异同。方法:用ProtParam、PROSITE、Jpred、Modeller 9.12和ABCpred等生物信息学工具来预测、比较Der f 3、Der p 3和Eur m 3的一级、二级、三级结构及抗原表位。结果:Der f 3、Der p 3和Eur m 3氨基酸序列一致性为88.51%,都含有3个胰蛋白酶活性位点氨基酸及2个功能结构区特异性序列;二级和三级结构中都由α-螺旋、β-折叠和无规卷曲组成;活性位点氨基酸在三级结构中完全重合,并相互靠近构成蛋白酶的活性中心;主要潜在抗原表位区域都为5个,并在第79-81aa、129-135aa和172-174aa区域出现了重合,但表位重合区的氨基酸种类不完全相同。结论:应用生物信息方法预测和比较了Der f 3、Der p 3和Eur m 3结构与抗原方面的信息,为进一步研究变应原功能、疫苗研制奠定了基础。
