宋时英 作品数:18 被引量:23 H指数:2 供职机构: 中国科学院生物物理研究所 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 国家新药研究基金 中国科学院科学基金 更多>> 相关领域: 生物学 医药卫生 理学 更多>>
龙虾D-甘油醛-3-磷酸脱氢酶四方晶型结构 被引量:1 2000年 用座滴汽相扩散法培养出龙虾 (Palinurusversicolor)D 甘油醛 3 磷酸脱氢酶(holo GAPDH)的四方型晶体 ,空间群为P42 12 ,晶胞参数为a =1 5 .49nm ,c =8 0 3nm ,不对称单位含两个亚基 .应用分子置换法测定了 0 .34nm分辨率晶体结构 .最后的晶体学Rfree和R因子分别为 0 2 74和 0 2 6 2 ,与标准键长和键角的均方根偏差分别为 0 0 0 2nm和 2 33°.不对称单位的两个亚基不仅三维结构相似而且平均温度因子也接近 ,这一结果说明以前报道的C2晶型中亚基平均温度因子的显著差别很可能是由于两个亚基处于不同的晶体学环境引起的 ,进一步支持了holo GAPDH分子具有良好的 2 2 2对称性 . 沈月全 宋时英 林政炯关键词:磷酸脱氢酶 龙虾 晶体结构 GAPDH SNAD+-GAPDH的分子不对称性 D-甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)发挥其催化作用时,辅酶NAD(烟酰胺腺嘌呤二核苷酸)是不可缺少的氢受体,同时不同来源的GAPDH与NAD的结合时表现出不同的协同性.辅酶类似物在结构上与NAD类似,但与GAPDH结... 宋时英 沈月全 张雅群 林政炯文献传递 甘油醛-3-磷酸脱氢酶三维结构与功能 宋时英 李军 沈月全 林政炯 邹承鲁 周筠梅 张发明 高义贵 王兆捷 许义斌 梁树坚 该项成果测定了中国南海龙虾尾肌甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)及其修饰物、衍生物和复合物的中等或高分辨率三种晶型共10种晶体结构。holo-GAPDH和apo-GAPDH结构研究提供了第一个高分辨率肌肉型GAPDH结...关键词:关键词:GAPDH 晶体结构 X射线辐射引起的APO-GAPDH酶晶体衍射谱的反常变化 高义贵 宋时英 梁树坚关键词:X射线晶体学 龙虾甘油醛-3-磷酸脱氢酶结构中的氢键 被引量:1 1997年 甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)是一种具有别构作用的寡聚酶。根据X射线晶体学研究得到的中国南海龙虾P.versicolorholo-GAPDH高分辩率三维结构显示复杂的氢键结构,对各种类型氢键的分布和几何性质进行了统计分析。这个寡聚蛋白氢键的特性总体上与单体蛋白类似。几乎所有位于亚基间界面的极性侧链都能形成氢键。 宋时英 林政炯关键词:龙虾 磷酸脱氢酶 晶体结构 氢键 甘油醛-3-磷酸脱氢酶结构的保守性 被引量:12 1998年 对中国南海龙虾等五种种属的甘油醛-3-磷酸脱氢酶晶体结构进行了比较,结果显示该酶三维结构的高度保守性。结构类似性包括酶活性中心、与辅酶结合部位、二级结构、结构域组织、亚基排列以及许多有序水结构。位于分子中心的S-loop区存在两种略有差别的构象,分别对应于耐热酶与不耐热酶。对其它细小的结构差别也进行了分析与讨论。 宋时英 郭剑 李军 林政炯关键词:晶体结构 GAPDH 龙虾D-甘油醛-3-磷酸脱氢酶与辅酶类似物结合的晶体学 2000年 与辅酶不同,辅酶类似物ADP-ribose和SNAD与D-甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)的结合不表现协同性.用共晶方法和座滴汽相扩散技术培养出中国南海龙虾(Palinurus versicolor)GAPDH与ADP-ribose和SNAD复合物的晶体.X射线衍射数据分析表明它们的空间群均为C2,并具有类似晶胞参数,分别为 α= 15.280 nm, b= 10.035 nm, c= 12.831 nm, β=110.28°和α=15.341 nm,b=10.051 nm,c=12.844nm,β=110.48°.估算不对称单位合1个分子即4个亚基.与GAPDH全酶和酶蛋白晶体比较,属于不同晶型.这个结果提示着辅酶类似物的结合产生了比较大的酶构象变化,而且这个构象变化不同于辅酶结合引起的构象变化.旋转函数计算结果表明,这两种辅酶类似物复合物的四聚体也具有明显的222分子对称性.它们的结构分析并与全酶和酶蛋白比较将为了解酶的协同性机理提供一些有益的线索. 沈月全 王兆捷 宋时英 周筠梅 林政炯关键词:磷酸脱氢酶 龙虾 GAPDH 晶体学 江浙蝮蛇毒碱性磷脂酶A_2正交晶型Ⅰ——0.25nm分辨率晶体结构 1999年 江浙蝮蛇毒碱性磷脂酶A2 具有强烈的溶血及抗凝血活性 .运用刚体修正技术获得了正交晶型Ⅰ中分子的精确旋转与平移参数 .采用非晶体学二重对称性制约的最小二乘修正方法在 0 .6~ 0 .2 5nm分辨率范围内进行了结构精化 .最终的晶体学R因子为 2 0 .1 % ,键长、键角与标准值的均方根偏差分别为 0 .0 0 1 3nm和 1 .5 5° .与正交晶型Ⅱ结构比较表明 ,二者除了β -折叠部位与Ca2 +结合部位构象存在小的差别外 ,磷脂酶A2 分子主体构象极其相似 .2种晶型由不对称单位中 2个分子形成的二体也是类似的 .但是 ,二体中 1个单体分子的相对取向有 5 .5°的差别 ,提示二体结合面有一定柔性 .晶型Ⅰ二体较晶型Ⅱ二体在晶胞中的堆积更紧密 . 赵克浩 宋时英 林政炯 周元聪关键词:磷脂酶A2 晶体结构 蛇毒 酶活性部位关键残基的晶体学温度因子 被引量:2 1999年 从 1995年以前的蛋白质数据库中选出了 3 7套不同酶的晶体学数据 ,分别对其活性部位关键残基和整个分子的晶体学温度因子 (B)进行了统计分析 .结果显示 ,3 7种酶中有 2 6种酶的活性部位关键残基相对于分子整体而言具有较低的B因子 ,只有 7种较高 .这表明 ,在晶体状态下 ,大多数天然酶的活性部位关键残基可能具有比分子整体更稳定的构象 .对酶活性部位在变性剂的作用下表现出柔性的原因进行了讨论 . 张海龙 宋时英 林政炯关键词:晶体学 活性部位 pBPB共价修饰蝮蛇酸性磷脂酶A_2的晶体学数据 1997年 The Crystals of acidic phospholipase A2 from the venom of Agkistrodon blomhoffii bre-vicaudus (i.e. Agkistrodon halys pallas) covalently modified with p-bromo-phenacylbromide wereobtained by the method of hanging drop vapor diffusion. Crystallization droplet was composedof 0.06mol’L-1 Na(CH3)2AsO2 (pH=6.5), 24.8% (v/v) 1,4-butanediol, and 4.5mg.mL-1 protein.The crystal data are ot a=b=82.82A., c=32.85A, space group P61. 8945 unique reflections with1.93A resolution were ineasured on a Siemens area detector X-ray diffractometor, of which 8069reflections haring F0 >2σ(F). The experimental results show that the crystals are suitable to astructure analysis of high resolution. 赵海燕 宋时英 林政炯 杜晓燕 周元聪关键词:晶体生长 蝮蛇 酸性磷脂酶A2 抑制剂