廖娇
- 作品数：14 被引量：98H指数：8
- 供职机构：江西农业大学农学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国际科技合作与交流专项项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 植物EST-SSR技术及其应用被引量：23
- 2009年
- EST是指从EST cDNA文库中随机挑取克隆进行单轮自动测序所获得的短的、常常是未加编译的cDNA序列。目前,大约有200种植物共超过1500多万条的EST的序列,研究表明对EST进行大规模研究已成为功能基因组学研究的最佳途经之一。分析和比较EST序列就可以得到关于基因的表达、功能及进化信息,利用大量的EST序列已经成为发现新基因及了解植物新陈代谢一种简便有效的方法。通过介绍基于植物表达序列标签(EST)的微卫星(SSR)标记的研究现状,并对一些植物中利用EST-SSR标记在遗传图谱构建、遗传多样性、通用性等方面的应用进行了综合评述。同时也提出利用EST存在的一些不足及发展趋势。
- 姜春芽廖娇徐小彪辜青青刘善军陈金印
- 关键词：EST-SSR
- 与中华猕猴桃矮型性状连锁的一个共显性标记
- 有效筛选与中华猕猴桃矮型性状连锁的EST-SSR标记,不仅可以用于分子标记辅助选择育种,而且可为中华猕猴桃矮型基因的定位及克隆奠定基础。以中华猕猴桃(Actinidia chinensis Planch.)矮型种质‘赣猕...
- 徐小彪姜春芽辜青青廖娇刘善军曲雪艳陈金印
- 关键词：中华猕猴桃EST-SSR标记
- 文献传递
- 猕猴桃EST序列的SSR信息分析被引量：11
- 2009年
- 【研究目的】通过筛查猕猴桃EST数据库中的SSR重复序列,可为开发出新型的猕猴桃EST-SSR标记和分子生物学研究奠定理论基础;【方法】从NCBI公共数据库中最新公布的猕猴桃表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)中随机抽取56400条序列,应用SSRHunter软件查找微卫星(Microsatellite,SSR)重复序列;【结果】研究结果表明,从猕猴桃EST序列中获得了7939条SSR,其中包括二核苷酸重复5131条(64.63%),三核苷酸重复1237条(15.58%),四核苷酸重复284条(3.58%),五核苷酸重复397条(5.00%),六核苷酸重复890条(11.21%)。在二核苷酸重复序列中,AG/CT共分布4654条(90.70%)。大约每2.48kb长度的单一基因序列中即存在1个SSR,即平均7个单一基因中存在1个SSR;【结论】在猕猴桃EST序列中,二核苷酸重复序列是最丰富的重复单元,其次为三核苷酸重复和六核苷酸重复。在所获得的SSR重复单元中,AG/CT为优势重复。
- 姜春芽徐小彪廖娇倪志华李晶
- 关键词：猕猴桃表达序列标签微卫星
- 江西几种野生猕猴桃果实主要营养成分分析被引量：6
- 2008年
- 徐小彪王义林姜春芽廖娇姚小洪
- 关键词：营养成分分析野生猕猴猕猴桃属植物桃果实野生果树人工栽培
- 果树根际微生态研究现状及展望被引量：10
- 2010年
- 果树根际微生态系统是以果树-土壤-微生物及其环境条件为主要内容的微生态系统。从系统角度概括了果树根际营养、土壤酶、土壤微生物、根际线虫及根系分泌物间的相互关系和相互作用,并指明果树根际微生态应在样品采集、土壤养分调控、根系分泌物作用机制和线虫病害等方面开展深入研究,通过合理栽培管理措施改善根际环境,为果树正常生长提供良好的土壤微生态环境。
- 倪志华李晶廖娇徐小彪
- 关键词：根际微生态根际营养土壤酶活性土壤微生物根际线虫根系分泌物
- 猕猴桃EST序列的SSR信息分析(摘要)(英文)
- 2009年
- [目的]通过筛查猕猴桃EST数据库中的SSR重复序列,为开发出新型的猕猴桃EST-SSR标记和分子生物学研究奠定理论基础。[方法]从NCBI公共数据库中最新公布的猕猴桃表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)中随机抽取56 400条序列,应用SSRHunter软件查找微卫星(Microsatellite,SSR)重复序列。搜索的标准是:二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸最少重复次数分别为7次、5次、4次、4次、3次,包括复合型微卫星。微卫星的重复次数越多,相应的检验出等位基因数目就越多。[结果]从猕猴桃EST序列中获得了7 939条SSR,其中包括二核苷酸重复5 131条(64.63%),三核苷酸重复1 237条(15.58%),四核苷酸重复284条(3.58%),五核苷酸重复397条(5.00%),六核苷酸重复890条(11.21%)。大约每2.48 kb长度的单一基因序列中即存在1个SSR,即平均7个单一基因中存在1个SSR。在二核苷酸重复序列中,AG/CT共分布4 654条(90.70%)。在三核苷酸中,较为丰富的3种重复基元是ACC/GGT,AAG/CTT和CGC/GCG,共分布817条,它们占三核苷酸重复中各重复基元的66.04%。在其他基元中,还包括AGG/CCT,AGC/GCT,AAC/GTT,ATC/GAT,AGT/ACT,CGA/TCG,AAT/ATT7种重复基元,共420条SSR序列,占33.96%。AGT与CGT重复基元未见分布。[结论]在称猴桃EST序列中,二核苷酸重复序列是最丰富的重复单元,其次为三核苷酸重复和六核苷酸重复。在所获得的SSR重复单元中,AG/CT为优势重复。
- 姜春芽徐小彪廖娇倪志华李晶
- 关键词：猕猴桃表达序列标签微卫星
- 基于中华猕猴桃EST序列的SSR引物开发
- 从NCBI公共数据库中下载获得56400条中华猕猴桃EST序列,应用SSRHunter软件查找SSR重复序列,共获得7939条SSR,其中包括二核苷酸重复5131条,三核苷酸重复1237条,四核苷酸重复284条,五核苷酸...
- 徐小彪廖娇黄春辉辜青青高洁
- 关键词：中华猕猴桃EST序列SSR标记引物开发
- 文献传递
- 中华猕猴桃矮型性状EST-SSR连锁标记的筛选被引量：8
- 2010年
- 以中华猕猴桃(Actinidia chinensis Planch)矮型种质‘赣猕5号’为母本,普通型中华猕猴桃‘奉雄2号’为父本构建F1群体,采用优越而高效的基于表达序列标签(Expressed Sequence Tags,EST)的简单序列重复(Simple Sequence Repeats,SSR)标记技术,结合群体分离分析法(Bulked Segregant Analysis,BSA)在荧光DNA测序仪(ABI3130)上进行了‘赣猕5号’矮型性状连锁的EST-SSR分子标记研究。结果表明,通过本实验室开发并设计的85对EST-SSR荧光引物的扩增筛选,其中引物EST-Ad042在亲本及其矮型与普通型DNA池之间扩增出一条285bp的多态性片段,经对其F1代分离群体部分矮型与普通型单株的随机验证,该片段稳定出现,在矮型植株中表现为有带,在普通型植株中表现为无带。遗传连锁分析表明,该标记与矮型基因之间的连锁距离为8.8cM。EST-SSR荧光引物能够有效地筛选到中华猕猴桃的特异标记,可以作为鉴别矮型与普通型植株的标记引物。
- 徐小彪姜春芽廖娇辜青青刘善军陈金印
- 关键词：猕猴桃EST序列SSR标记
- 植物矮化相关基因研究进展被引量：9
- 2011年
- 矮化植株株型紧凑,冠幅小,抗倒伏,且生产管理方便,丰产性能好,矮化育种是植物育种的发展趋势。国内外学者对植物矮化的机理、矮化基因、矮化育种等进行了比较深入的研究。我们对植物矮化的遗传特点、分子标记在矮化基因研究上的应用、矮化基因的定位、矮化基因的分离与克隆、矮化转基因等方面的研究进展进行了概述。
- 廖娇黄春辉辜青青徐小彪
- 关键词：矮化基因分子标记基因定位克隆植物
- 基于EST的猕猴桃SSR标记的建立被引量：8
- 2010年
- 利用NCBI公共数据库最新公布的猕猴桃EST(Expressed Sequence Tag)序列,开发猕猴桃的SSR(Simple Se-quence Repeats)标记。对来源于猕猴桃(Actinidia spp.)非冗余EST数据库(NCBI dbEST)的56400条基因序列使用SSRHunter1.3软件进行了SSR筛查,从中共获得了7939条SSR。应用Primer5.0软件设计合成了85对猕猴桃EST-SSR引物,从中筛选出可进行荧光标记的6对引物:Ad01、Ad02、Ad03、Ad09、Ad42、Ad72。利用该6对EST-SSR荧光标记引物在DNA测序仪上对猕猴桃种质的多态性进行了PCR检测,结果表明均能清晰地产生多态性分离。研究结果表明,通过猕猴桃EST数据库的发掘能够有效地筛选到基因水平的SSR标记。
- 姜春芽徐小彪廖娇辜青青刘善军陈金印
- 关键词：猕猴桃EST序列SSR标记
