谢建明
- 作品数：53 被引量：112H指数：6
- 供职机构：东南大学生物科学与医学工程学院生物电子学国家重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江苏省自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术电气工程更多>>
- 基于重叠信息的基因组测序短片段定位算法
- 2011年
- 提出了一种新的测序短片段定位算法Umap,算法引入核心片段逐步扩展延伸的基本思想,通过短片段间的重叠信息定位短片段.首先找出所有在参考基因组上只出现一次的短片段,称为唯一短片段.然后以唯一短片段为基础,利用短片段间的重叠信息,使用贪婪算法对唯一短片段进行扩展,进而确定其他非唯一短片段的准确位置.实验表明,该算法对短片段的定位比现有短片段定位算法更加准确,能够定位的短片段数目更多,匹配的短片段比率达到71%.通过利用客观存在于短片段间的重叠信息,可以更加准确地在参考基因组上对短片段在参考基因组上进行定位,减少模糊匹配.
- 卢志远谢建明孙啸
- 蛋白质-核酸复合物氢键与范德华力作用位点分析被引量：4
- 2011年
- 为了深入了解蛋白质-核酸相互作用模式,对复合物结构中氢键/范德华力作用力位点上的氨基酸和核苷酸的偏好性(即相对使用频率)进行了统计分析.结果表明:氢键/范德华力作用位点上对氨基酸的偏好性差异均极其显著,与蛋白质-核酸特异作用密切相关的残基侧链与核苷酸碱基间相互作用力位点对氨基酸类型的选择特异性更高;单链RNA分子与蛋白质发生相互作用时对氨基酸残基的偏好性和双链RNA分子差异不显著;氨基酸的极性大小及方向在决定其是否与核酸分子形成范德华力作用具有重要贡献,氨基酸侧链形成的空间位阻会阻碍其与核酸分子形成氢键作用;蛋白质-DNA复合物结构氢键/范德华力作用位点上残基间空间协同作用时对氨基酸类型的选择与蛋白质-RNA复合物结构间存在显著差异.
- 吴建盛胡栋晏善成马昕谢建明孙啸
- 跨平台基因表达模式分析软件系统被引量：1
- 2004年
- 构建了可在不同操作系统平台之间通用的基因表达模式分析软件系统。该软件集成了多种基因表达模式分析算法,并通过模块化设计保持了算法的可扩展性。同时具有原始数据可视化和过滤、多种相似性度量选择、聚类方法选择、表达模式匹配查询、计算结果可视化等功能。软件使用Java作为开发平台,具有良好的可移植性,为在高性能计算机上进行基因表达模式分析打下了良好的基础。
- 胡弘谢建明汪德正孙啸
- 关键词：跨平台软件系统
- 核小体及染色质修饰的基因组分布模式和染色质状态被引量：3
- 2013年
- 染色质是真核DNA的存在方式,可以通过影响DNA的可及性调节基因转录,其基本单元为核小体,系由约147 bp的DNA缠绕在组蛋白八联体上形成的结构,核小体之间以连接DNA相连.核小体组蛋白上能发生甲基化和乙酰化等化学修饰.核小体位置、DNA的甲基化和组蛋白的修饰等对染色质状态(常染色质或异染色质)及基因组之间的长程相互作用有重要影响.近年,基于高通量测序技术,核小体位置和染色质修饰在多种细胞中的基因组分布已被测定.结果显示,这些标记的分布模式具有位点特异、动态变化、相互偶联和高度复杂的特征.本文详细回顾并评述了核小体位置和染色质修饰的分布模式、对应生物学功能、修饰之间的关联、实验测定技术、染色质状态的计算分析等内容.该工作对于深入认识和理解染色质的表观遗传调节机制有重要意义.
- 刘宏德罗坤马昕翟金城谢建明孙啸万亚坤
- 关键词：染色质核小体组蛋白修饰
- 产电微生物基因调控网络的构建和特异性通路分析被引量：1
- 2014年
- 研究产电微生物胞外电子传递过程和机制,发现与产电效率相关的关键基因、通路和代谢物,是微生物燃料电池研究中的关键技术。为了发现在胞外电子传递过程中起到关键作用的基因以及通路,首先利用比较基因组学的方法,以模式微生物大肠杆菌和同属希瓦氏菌的其他菌株为参考,构建了Shewanella.onedensis MR-1的全基因组基因转录调控网络,大大扩展了目前已知的基因调控关系。然后以此网络为基础,结合基于蛋白质相互作用分析得到的胞外电子传递通路,构建了与胞外电子传递直接传递密切相关的细胞色素C编码基因及其相关调控基因构成的子网络,结合全基因组基因表达数据,研究了特异性条件下胞外电子传递的可能通路和基因调控过程。
- 徐军刘翠翠丁德武孙啸谢建明
- 关键词：产电微生物基因表达数据分析
- 基于支持向量机的细菌基因组水平转移基因预测被引量：4
- 2007年
- 随着各种生物基因组序列测定工作的完成,大量的DNA序列数据涌现出来,为研究在基因组中寻找水平转移基因提供了极大的便利.将基因序列特征分析和支持向量机技术结合起来,通过分析基因序列的特征差异发现水平转移基因.依据以前研究工作的基础,选取了绝对密码子使用频率(FCU)作为序列特征,主要因为它既包含了基因密码子使用偏性的信息,也包含了基因所编码蛋白的氨基酸组成信息,支持向量机利用这些信息进行水平转移基因分析和预测,可以提高预测的准确性.另外,提出了基于分链的水平转移基因预测新方法,即将细菌基因组前导链和滞后链上的基因区别对待,分别进行水平转移基因预测.结果显示,基本预测方法要优于目前预测结果最好的Tsirigos等提出的基于八联核苷酸频率的打分算法,命中率的相对提高率最高达31.47%,而基于分链的方法对水平转移基因的预测取得了更好的结果.
- 吴建盛谢建明周童翁建洪孙啸
- 关键词：细菌基因组支持向量机
- 一种基于核小体脱氧核糖核酸模版的核小体预测方法
- 一种基于核小体脱氧核糖核酸模版的核小体预测方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1获取待预测DNA序列，长度为T，计算待预测DNA序列弯曲度信号Signal。步骤2建立核小体DNA模版信号P，P的长度为147bp，两端区域...
- 刘宏德谢建明孙啸
- 文献传递
- 基于特征的核酸序列数据库搜索系统被引量：1
- 2006年
- 随着后基因组时代的到来,建立生物数据库并且在其上开发各种分析工具进行数据分析和挖掘,已经成为了生物学研究的一种新方法。目前国际上流行的通过序列比对搜索相似序列的方法主要是针对短的序列,将这样的方法应用于大规模基因组序列时搜索速度很慢。针对基因组序列搜索的特点,从提高序列搜索效率出发,提出了一种新的、速度更快的搜索方法,其核心是通过序列特征的分析和比较搜索相似序列。在此基础上,建立了基于特征的序列数据库搜索系统,并利用序列的碱基关联性特征搜索人类基因组序列,结果表明,新搜索方法具有较高的命中率,并且搜索速度非常快,适合于大规模基因组序列的搜索。
- 焦典顾珉傅静李石法谢建明孙啸
- 关键词：基因组数据库
- 脑功能发展关键期与幼儿早期教育
- 分析幼儿脑发展关键期的神经生物学基础，提出如何充分利用发展关键期开发幼儿的智力。
- 孙啸谢建明周建中
- 关键词：幼儿早期教育神经生物学基础脑神经元轴突
- 高密度基因芯片设计和信息分析
- ＜正＞ 生物信息学在基因芯片研究中的应用主要表现在三个方面,即确定芯片检测目标、芯片设计和实验数据管理与分析。对于一个具体的基因芯片研究或应用而言,首先,利用生物信息学的方法,通过核酸数据库查询和序列分析,确定基因芯片所...
- 孙啸谢建明陆祖宏
- 文献传递
