陈一然
- 作品数：7 被引量：8H指数：2
- 供职机构：中国科学院海洋研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金三亚市院地科技合作项目更多>>
- 相关领域：生物学环境科学与工程天文地球更多>>
- 基于高通量测序方法分析荣成月湖潮间带趋磁细菌多样性
- 2019年
- 摘要:荣成月湖是一个典型天然潟湖,潮间带沉积物中存在多种形态趋磁细菌。通过Roche454高通量测序平台,对沉积物样品(B_S)和磁收样品(B_M)进行16SrRNA基因高通量测序,认识荣成潮间带沉积物的细菌群落结构,并了解趋磁细菌多样性及系统进化地位。研究结果表明沉积物样品中主要的细菌类群为δ-变形菌纲,占总细菌数的26.4%,其次是γ-变形菌纲和α-变形菌纲;而磁收样品中细菌多样性和种类明显降低,以α-变形菌纲占绝对优势,相对比例达72.6%。在磁收样品和沉积物样品分别发现了1612条和186条reads与趋磁细菌相关,分别占细菌总数的5.76%和0.85%,磁收样品中趋磁细菌数是沉积物样品的6.8倍。对两个样品中获得的趋磁细菌序列进行系统进化分析,发现这些序列多数属于变形菌门的α-变形菌纲,以趋磁球菌占绝对优势,少数属于δ-变形菌纲,与多细胞趋磁原核生物亲缘关系最近。海洋趋磁螺菌属仅在B_M样品中检出,趋磁弧菌属在B_M样品优势度高于B_S样品,而多细胞趋磁原核生物和趋磁螺菌属在B_S样品中优势度更高。通过分析样品间的差异OTUs,认为荣成潮间带沉积物中可能存在大量未知的趋磁细菌新类群。研究结果为下一步培养和开发趋磁细菌这一功能菌群,发现趋磁细菌新类群及趋磁细菌生态功能提供了基础资料。
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- 关键词：潮间带多样性趋磁细菌高通量测序
- 菠萝型多细胞趋磁原核生物的多样性和分布
- 多细胞趋磁原核生物(Multicellular magnetotactic prokaryotes,MMPs)是一类由10～100 个含有磁小体的细胞聚集而成的具有特殊形态的趋磁微生物,可作为研究生命起源与进化、细胞分化...
- 陈一然张文燕周克潘红苗杜海舰徐丛徐剑虹Nathalie PradelClaire-Lise Santini李金华黄晖潘永信肖天吴龙飞
- 青岛潮间带趋磁细菌的垂直分布特征及与环境因子的关系被引量：4
- 2013年
- 趋磁细菌是一类能够沿着磁力线运动的革兰氏阴性细菌,主要生活在淡水和海洋的有氧-无氧过渡区。本调查通过对青岛汇泉湾潮间带沉积物柱状样分层样品中趋磁细菌的计数和沉积物理化因子的分析,研究了趋磁细菌的垂直分布特征及其与环境因子的关系。结果显示趋磁细菌以趋北型的趋磁球菌占优势,主要分布环境的氧化还原电位为179.7--107.0 mV,为弱还原-还原性质,最大丰度（94-169个/cm3）出现在氧化还原跃层（表层下5-9 cm黄-黑沙界面处）,暗示有氧-无氧过渡区；趋磁细菌的垂直变化趋势与粒径、含水率、硫酸盐的变化趋势基本一致。
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- 关键词：趋磁细菌环境因子氧化还原电位潮间带
- 青岛太平湾潮间带趋磁细菌多样性被引量：3
- 2016年
- 在青岛太平湾潮间带沉积物中发现了一定量的海洋趋磁细菌,最大丰度可达350个/cm^3。透射电镜观察发现该区域趋磁细菌均为趋磁球菌。磁小体个体形状单一,皆是立方体状;磁小体排列方式多样,以链状排列为主,包括单链、双链与多链,也有少数成簇排列。EDS结果表明,磁小体成分为四氧化三铁。据估算,趋磁细菌的铁元素含量(干重)范围在0.40%—6.91%之间,平均为2.19%。通过16S rRNA基因文库的构建与测序得到了47个趋磁细菌序列,分属13个OTU。系统发育分析结果表明,它们都属于α-变形菌纲,其中9个OTU与已知最相似序列的相似性低于97%,有5个OTU与已知最相似序列的相似性低于93%,可能代表了趋磁细菌的9个新种、5个新属,说明该区域潜在的微生物新种质资源十分可观。
- 徐丛张文燕陈一然张蕊董逸杜海舰潘红苗肖天
- 关键词：潮间带趋磁细菌多样性磁小体RRNA基因
- Magnetospira sp. QH-2 MamK蛋白的结构和系统进化分析
- 2016年
- Magnetospira sp.QH-2是一株分离自黄海潮间带的海洋趋磁螺菌,该菌磁小体排列不整齐,并且磁小体链内某些区域排列疏松,推测与其磁小体岛上的mam K编码的Mam K蛋白相关。mam K开放阅读框大小为1086 bp,编码361个氨基酸,Mam K蛋白属于NBD_sugar-kinase_HSP70_actin超家族,为非跨膜蛋白;此外,还利用生物信息学工具预测Mam K蛋白二级和三级结构。系统进化分析显示Mam K蛋白的系统进化和16S r RNA基因的系统进化有一定差异,推测磁小体岛的获得可能与菌种的进化是独立的两个过程;淡水与海水中的趋磁螺菌虽然形态相似,但系统进化地位有一定差异,可能是两者不同生境下适应性演化的结果。
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- 关键词：系统进化RRNA基因
- 三亚天涯海角潮间带趋磁细菌特性被引量：2
- 2016年
- 在三亚天涯海角潮间带沉积物中发现了一定量的海洋趋磁细菌,最大丰度可达100个/cm3。透射电子显微镜（TEM）观察发现该区域趋磁细菌绝大多数为趋磁球菌。磁小体形状单一,皆为棱柱形；磁小体排列方式多样,以链状排列为主,包括单链、双链,也有少数成簇排列。高分辨率透射电子显微镜（HRTEM）与 X-射线能谱仪（EDXS）结果表明,磁小体成分为 Fe3O4。趋磁细菌的铁含量平均为2.05%（0.70%-7.53%）。通过16S rRNA基因文库的构建与测序,在78个阳性克隆中得到了16个趋磁细菌序列,分属9个OTU。系统发育分析结果表明,其中8个OTU属于α-变形菌纲,1个OTU属于γ-变形菌纲。在全部9个OTU中,有8个OTU与已知趋磁细菌序列的相似性低于97%,有5个OTU与已知趋磁细菌序列的相似性低于93%,说明该区域存在可观的趋磁细菌资源。
- 徐丛陈海涛张文燕陈一然董逸潘红苗杜海舰王明玲刘佳滕兆洁肖天
- 关键词：潮间带趋磁细菌多样性磁小体RRNA基因
- 海洋多细胞趋磁原核生物多样性及生态分布
- 多细胞趋磁原核生物(Multicellular magnetotactic prokaryotes,MMPs)是一类由10～100个含有磁小体的革兰氏阴性细胞聚集而成的趋磁微生物,在海洋环境中生长,属于δ-变形菌纲,是研...
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