宋颖超
- 作品数：13 被引量：83H指数：5
- 供职机构：广东省疾病预防控制中心更多>>
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- 广东省2015年人感染H7N9禽流感病毒基因特征分析被引量：6
- 2017年
- 目的分析2015年广东省人感染H7N9禽流感病毒基因特征。方法对2015年1—12月送检广东省疾病预防控制中心的4份人感染H7N9禽流感病毒株进行病毒分离纯化并进行Ion Torrent高通量测序获得H7N9禽流感病毒全基因组8个基因片段。使用生物信息学软件将RNA序列与Gen Bank得到序列进行多重比对,并对病毒关键位点的分子变异情况进行分析,使用MEGA 7.0软件中最大似然法绘制遗传进化树进行基因进化分析。结果A/Guangdong/SZ17/2015(H7N9)、A/Guangdong/JM51/2015(H7N9)、A/Guangdong/ZH57/2015(H7N9)这3株人感染H7N9禽流感病毒的HA和NA基因与2014年广东省汕头、东莞等地的H7N9禽流感病毒进化距离最近,A/Guangdong/SW20/2015(H7N9)病毒的HA、NA基因与2014—2015年浙江温州、江苏淮安等地的H7N9禽流感病毒进化距离最近。ZH57病毒除NP基因与深圳H9N2亚型病毒高度同源(99.4%)以外,其余7个基因片段均与2013—2014年广东省内H7N9亚型禽流感毒株高度同源;其余3株病毒除HA和NA基因外,其余6个基因片段均与江西、安徽、江苏等地H9N2亚型病毒高度同源。分析相关致病位点得知,4株毒株中均出现可导致宿主特异性改变、病毒传播力、致病力、毒力及复制能力增强的位点突变,其中,4株病毒的HA蛋白受体结合区均发生G186V和Q226L这2个关键氨基酸位点的变异,对人呼吸道上皮细胞SAα-2,6Gal受体的结合能力增加,提示广东省H7N9禽流感病毒更容易感染人类。4株病毒的NA蛋白茎杆区69~73位氨基酸均出现缺失,这是禽流感病毒由野生水禽适应陆生家禽(鸡、鹌鹑等)的结果。4株病毒的M2蛋白均发生S31N突变,该突变会使流感病毒对M2离子通道抑制剂(金刚烷胺类药物)产生耐药性。所有毒株均保留了病毒对神经氨酸酶抑制剂的敏感性。结论 2015年广东省人感染H7N9病毒株具有遗传多样性及复杂性、致病力增强、对M2离子通道抑制剂的耐药性位
- 林慕蕾梁丽君宋颖超邹丽容武婕袁润余陆靖张欣柯昌文
- 关键词：基因特征
- 2013-2017年广州市住院儿童呼吸道合胞病毒流行特征及分子生物学分析被引量：17
- 2020年
- 目的分析广州人呼吸道合胞病毒(HRSV)的流行特征及遗传变异特征。方法2013—2017年在广州两家哨点医院(广东省妇幼保健院和中山大学孙逸仙纪念医院)采集0~6岁急性呼吸道感染住院儿童的鼻咽拭子作为标本。采用逆转录PCR和巢式PCR方法进行HRSV的检测和分型,通过MEGA 6.0、NetNGlyc 1.0等软件对HRSV序列进行基因亲缘性分析以及N?糖基化位点的预测。结果共收集鼻咽试子标本1225份,其中男性783份,女性442份;月龄M(P25,P75)为8(3,24)月。共检出HRSV儿童感染者209例(17.06%),其中HRSV?A为117例(55.98%),HRSV?B为92例(44.02%)。2岁以下儿童HRSV检出率为18.83%(196例),占总阳性标本的93.78%。209例检出HRSV儿童中,32例(15.31%)还感染了至少1种其他呼吸道病毒。进化树分析显示,62株HRSV?A属于ON1基因型,2株属于NA1基因型,53株HRSV?B全部属于BA基因型。G蛋白的第二高变区在氨基酸替换,终止密码子的使用以及糖基化位点方面均具有多态性。结论广州2岁以下儿童是感染HRSV的高发人群,ON1为HRSV?A主导基因型,BA为HRSV?B的主导基因型。多样化的氨基酸替换,某些糖基化位点的缺失与插入,体现了G蛋白作为主要保护性抗原的多样性。
- 邹丽容李振翠钟志锋梁丽君宋颖超武婕
- 关键词：流行病学基因型
- 流感pH1N1病毒血凝素基因进化特征及选择性被引量：2
- 2014年
- 目的 分析广东地区2012-2013年新型H1N1（pH1N1）病毒血凝素（HA）基因、表位和受体结合位点（receptor binding sites,RBS）进化特征和选择性。方法 检测广东地区2012-2013年分离的pH1N1毒株HA基因核苷酸序列,与GenBank中全球相应毒株序列比对,应用MEGA 6.05构建进化树,通过Chimera v1.8.1建模并标记,应用DATAMONKEY筛选HA选择性位点。结果 与疫苗株A/California/07/2009的HA基因比较,广东地区2012-2013年pH1N1毒株的HA基因同源性为98.1%~98.7%;变异位点H155Q、K180Q/N和S202T分别位于HA抗原的Ca2、Sa和Sb表位,S220T和R222K均位于HA抗原的Ca1表位区域;位点A151V位于RBS的140环上。正向选择位点为AA202位点。广东毒株A/Guangdong/64/2013与其他毒株相比,发生6个氨基酸位点变异,包括V6I、N55S、S101G、A151V、H155Q和V267A。结论 广东2012-2013年pH1N1毒株HA基因变异导致了HA抗原表位和RBS 140环位点变异将分别影响毒株的抗原性和受体功能;正向选择位点AA202位点承受着较大的免疫压力;毒株A/Guangdong/64/2013的抗原表位Ca2和RBS位点变异可能是下个流感流行季节优势毒株的分子基础。
- 黄钟洲梁丽君邹丽容黄平宋颖超
- 关键词：H1N1亚型血凝素表位选择性
- 广东省接触猪职业人群血清中猪流感病毒抗体研究被引量：1
- 2016年
- 目的研究广东省接触猪职业人群携带抗猪流感病毒抗体情况,为及时预警和防控新型流感病毒从猪到人的传播提供科学依据。方法随机选取广东省内5个地级市(广州、中山、清远、江门和佛山)的5个屠宰加工场和10个猪养殖场的接触猪职业人群作为调查对象,采用血凝抑制试验检测血清中抗猪H1、H3、H4和H9等4种猪流感病毒抗体。结果共检测职业人群血清样本354份,检出抗猪H1、H3亚型抗体阳性218份,总阳性率为61.58%;其中抗猪H1抗体阳性率为8.76%,抗猪H3抗体阳性率为52.82%,两者差异有统计学意义(P<0.01);未检出抗猪H4和H9亚型抗体阳性者。养殖、屠宰、检疫及后勤这3类不同工种人群的抗猪H1抗体和抗猪H3抗体阳性率差异均无统计学意义(均P>0.05)。结论广东省接触猪职业人群普遍携带抗猪流感病毒抗体,应长期开展对该人群的流感病毒血清学监测,及时预警和防控新型流感病毒由猪向人的传播。
- 武婕倪汉忠张宏斌邹丽容梁丽君张桂红宋颖超张欣钟豪杰龙遗芳陈济档何剑锋林锦炎廖明柯昌文
- 关键词：流感病毒A型抗体病毒
- 2012-2015年广东省活禽市场外环境禽流感病毒污染状况研究被引量：24
- 2016年
- 研究广东省活禽市场外环境禽流感病毒污染状况并及时发现人流感发病潜在的危险因素,为人流感防治提供科学参考依据。应用传染病技术监测平台信息管理系统数据,采用描述性流行病学方法分析各种亚型病毒感染的流行病学特征,研究2012-2015年广东省活禽市场外环境禽流感病毒污染。共采集检测广东省21个地市级样本33 079份,Flu A总阳性率为24.23%,H5、H7和H9型高致病性禽流感病毒阳性率分别为3.70%、3.89%和13.53%;除2012年阳性率呈现季节性增加外,其他年份Flu A核酸检测阳性率均在冬春季出现一个高峰。不同部位或地点采集的标本中,宰杀或摆放禽肉案板表面阳性率最高(Flu A39.49%,H5 8.41%,H7 7.41%,H9 23.84%),而采集的粪便标本阳性率最低(Flu A14.99%,H5 1.73%、H7 2.38%、和H9 7.23%);所采集的标本所对应的相关动物种类中,鸡(64.08%)、鸭(55.84%)和鸟类(51.92%)的禽流感病毒阳性率都达到50%以上,H5、H7和H9在各禽类中均可以检出。同时发现,在环境中检出H7亚型多的地区分布与其相应地区H7N9感染的病例数呈显著相关性,(r=0.689,P<0.05);对2 322份样本进行H6亚型核酸检测,总阳性率为2.58%,并选取H5、H6和H9亚型标本153份进行N亚型检测,检测出H5N1、H5N2、H5N6、H6N2和H9N2等多种亚型。2012-2015年广东省21个地市活禽市场均存在HA亚型(H5、H7、H9和H6)和NA亚型(N1、N2、N6)等多种亚型的污染,污染程度呈现季节性分布,不同样本类型和禽类其禽流感病毒分状况不同,H7亚型的污染严重程度与H7N9的病例感染数呈正相关性。
- 邹丽容毛小晓武婕宋颖超张欣倪汉忠梁丽君柯昌文
- 关键词：活禽市场污染状况调查流行病学研究
- 2011—2015年广东省H3N2亚型流感病毒血凝素基因变异和进化分析被引量：4
- 2015年
- 目的揭示2011-2015年广东地区甲型H3N2毒株血凝素（HA）基因进化特征和变异特点。方法采用时空抽样方法抽样，测定2011—2015年广东甲型H3N2毒株HA核苷酸序列，同时检索全球HA序列作为对照，采用MEGA5．05、BEAST v1．7．0和BioEdit7．1．3软件对HA基因核苷酸序列进行比对和分析。结果广东48株H3N2流感病毒的HA序列核苷酸同源性为96．4％-100．00％，2013-2015年广东H3N2亚型流感病毒HA基因与南半球疫苗株A／Switzerland／9715293／2013的同源性为97．8％～98．7％，抗原性较为接近。序列系统进化分析显示，其进化规律都是沿着树枝主干随着时间推移向上延伸，广东毒株主要分布在3C．3a分支，2015年部分毒株出现在3C.2a分支。2011—2015年HA基因共出现116个氨基酸位点突变，其中12个氨基酸位点突变涉及4个抗原表位，N241D（N225D）和K192C突变发生在受体结合部位和其中的190螺旋区内。结论2011-2015年广东甲型H3N2毒株HA抗原变异明显，抗原变异的积累可能出现抗原漂移和流感暴发，应该加强流感病原学监测，及时发现新的流感变异株，为流感防控和降低流感对公众健康危害提供科学依据。
- 梁丽君倪汉忠张欣曾宪鍫邹丽容李来庆宋颖超黄平武婕
- 关键词：流感病毒H3N2亚型血凝素
- 2006-2018年广东省By系流感病毒血凝素蛋白基因进化特点
- 目的分析2006-2018年广东省流行的By系流感病毒血凝素蛋白基因进化特点,部分阐明2017年冬季流感流行的病原学原因。方法采用时空抽样方法对2006-2018年广东省流行的By系流感病毒进行抽样、鉴定、分离和HA基因...
- 宋颖超袁润余武婕
- 关键词：血凝素蛋白基因进化
- 文献传递
- 广东省新型冠状病毒全基因组序列测定及其影响因素分析被引量：4
- 2020年
- 目的:对呼吸道标本中新型冠状病毒进行二代测序(NGS),获取基因组序列并分析测序影响因素。方法:2020年1月,收集广东省新型冠状病毒感染病例的上呼吸道和下呼吸道标本共计8份,运用RNA建库的方法进行测序,获得新型冠状病毒的基因组序列,采用生物信息学软件包(CLC Genomics Workbench 12.0)对基因组序列进行分析比较。结果:从8例呼吸道标本中获得5个新型冠状病毒基因组序列,其中2份来自下呼吸道标本。与新冠病毒的核苷酸同源性为97.74%~99.90%。Ct值低的样本,测序深度、覆盖度和相对丰度高。结论:标本中新型冠状病毒的Ct值低,测序质量好。
- 梁丽君李柏生刘哲李振翠郭前方宋颖超庄雪邹丽容庾健祥武婕
- 关键词：新型冠状病毒影响因素
- 2009―2011年广东省急性呼吸道感染者病毒病原学分析被引量：9
- 2016年
- 目的了解广东省2009―2011年急性呼吸道感染（ARI）患者病毒病原体的感染状况,为临床诊断和制定治疗措施提供依据。方法 2009―2011年在广州、珠海、湛江、韶关和汕头市各选取1家医院,收集ARI患者发病1~3 d内的鼻咽拭子,采用荧光定量PCR方法检测样本中流感病毒A型和B型（Flu A、Flu B）、腺病毒（ADV）、鼻病毒（HRV）、呼吸道合胞病毒（RSV）、副流感病毒1、2、3型（HPIV1、HPIV2、HPIV3）、人偏肺病毒（h MPV）、冠状病毒229E型（HCo V-229E）、冠状病毒OC43型（HCo V-OC43）、人博卡病毒（HBo V）等12种病毒的核酸,采用描述性流行病学方法分析各种病毒感染的流行病学特征。结果共采集1 234份样本,检出病毒核酸阳性555份,病毒总阳性检出率为45.0%,其中检出HRV阳性数最多为168份,占阳性总数的30.3%,其次为Flu A 145份,占阳性总数的26.1%。不同年龄组病毒检出率差异有统计学意义（P〈0.01）,以0~4岁组人群检出率最高,为62.1%（185/298）。男性检出率为45.5%（326/716）,女性检出率为44.2%（229/518）,差异无统计学意义（P〉0.05）。除HRV外,其他病毒感染均有明显的季节特征。27份样本存在混合感染情况,混合感染率为2.2%（27/1 234）。结论 HRV和Flu A是引起广东省ARI的主要病毒病原体,各种病毒的感染率有明显的年龄和季节分布特征,ARI患者中部分存在混合感染情况。
- 邹丽容武婕宋颖超张欣倪汉忠梁丽君曾宪锹柯昌文
- 关键词：呼吸道感染病原学病毒学
- 2009—2018年广东省新甲型H1N1流感病毒奥司他韦耐药性分析被引量：12
- 2019年
- 目的了解广东省2009-2018年分离到的新甲型H1N1[A(H1N1)pdm09]流感病毒对奥司他韦(商品名达菲)的耐药情况,为流感的临床治疗用药提供一定的指导,同时监测流感流行株的变异趋势。方法选取2009-2018年广东省网络实验室分离到的A(H1N1)pdm09流感病毒(每个网络实验室每年至少送检1~2株毒株),用化学荧光为基础的中和抑制实验检测各病毒株的IC50值,筛选出奥司他韦的可疑耐药株;同时提取112株A(H1N1)pdm09流感病毒核酸,用RT-PCR方法扩增流感病毒的神经氨酸酶(NA)基因,通过病毒核酸测序并用生物信息学软件分析NA基因与耐药性有关的氨基酸位点及其基因变异情况。结果广东省分离到的A(H1N1)pdm09流感病毒有1.76%(5/284)对奥司他韦耐药,其H275Y位点(按N1编码序列)发生变异,即氨基酸275位点均由275H(组氨酸)变异为275Y(酪氨酸),确定为奥司他韦的耐药株。2009-2018年广东省分离的甲型H1N1毒株的NA基因按年份成簇分布,随着时间发展不断出现新的进化簇,具有一定的时段倾向性。结论 2009-2018年广东省的A(H1N1)pdm09流感病毒对奥司他韦的耐药比例低,奥司他韦对广东省的A(H1N1)pdm09流感病毒仍然敏感,病毒株的NA基因随时间发展不断出现新的进化簇,具有一定的时段倾向性,需继续开展抗流感病毒耐药性的监测,为临床抗流感病毒药物的使用提供科学依据。
- 刘丽儿邹丽容武婕宋颖超梁丽君郭前方庾健祥庄雪
- 关键词：流感病毒A型奥司他韦耐药性基因
