王翼飞
- 作品数：78 被引量：250H指数：10
- 供职机构：中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划上海市教育委员会重点学科基金更多>>
- 相关领域：理学生物学自动化与计算机技术医药卫生更多>>
- 基于信噪比的蛋白质相互作用的预测被引量：4
- 2008年
- 蛋白质间的相互作用在生命体中扮演着关键的角色.将改进的共鸣识别模型应用于预测酵母蛋白质间的相互作用,并改用信噪比为判别参数.此判别参数与之前的判别参数——峰值相比,在保证较高预测精度的基础上,还可以很好地区分阳性数据和随机数据,从而也就能较好地处理过度拟合的问题.
- 冯铁男江浩王翼飞
- 关键词：离散小波变换酵母蛋白质信噪比
- 双模糊渐进直推式支持向量机算法被引量：10
- 2009年
- 直推式支持向量机(TSVM)是支持向量机与直推式学习相结合的重要算法.文中为TSVM中的临时标签样本引入双模糊隶属度以及样本修剪策略,构建一种双模糊渐进直推式支持向量机(BFPTSVM)算法.该算法可有效降低TSVM的计算复杂度及核存储量.模拟实验表明该算法可取得比其他算法更好的分类性能,并且具有较快的收敛速度.
- 彭新俊王翼飞
- 关键词：直推式学习
- 基于残基序列信息的蛋白质相互作用位点预测(英文)被引量：2
- 2008年
- 蛋白质相互作用位点在细胞进程中有着非常重要的作用.尽管利用高通量方法发现蛋白质相互作用位点取得很大的成功,仍需要计算方法辅助预测实验中的相互作用位点.本文提出了基于残基序列谱、进化率和疏水性的预测异源蛋白质复合物作用位点的两种向量表示方法并以支持向量机实现预测.其中,提出新的向量表示法取得更好的预测性能.文中的数据集由66个异源复合物蛋白质链组成.
- 彭新俊王翼飞
- 关键词：支持向量机疏水性向量表示
- 混合高阶隐马氏模型的EM算法被引量：2
- 2013年
- 提出了一类混合高阶隐马氏模型.基于模型降阶法,通过Hadar等价变换方法将混合高阶隐马氏模型分别转换为与之等价的两个混合一阶隐马氏模型,然后利用混合一阶隐马氏模型的EM算法建立了混合高阶隐马氏模型的EM算法,给出了混合高阶隐马氏模型的参数重估公式,并使用一阶隐马氏模型的标准技术来计算这些参数重估公式.该研究推广了Rabiner,Hadar和杜世平等人的结果.
- 叶飞王翼飞
- 关键词：EM算法
- GenExtractor:一个基于Web的生物信息挖掘系统被引量：2
- 2005年
- GenExtractor是一个新的基于Web的生物信息挖掘系统,该系统通过Internet对网上生物学数据库中的生物序列数据和基因表达数据进行挖掘,在指定的人染色体区域内搜寻具有特定功能的基因.该系统可为分子生物学家寻找候选基因、收集相关信息等提供有效帮助.通过对人DNA修复基因的查寻,验证了该系统的实用效果.
- 忻健陆巍朱景德王翼飞
- 关键词：WEB生物学数据库文本分类向量空间模型
- 蛋白质折叠的三维计算机模拟被引量：14
- 2000年
- 介绍了计算机模拟蛋白质的三维模型．利用混合遗传算法对模型问题进行了模拟计算，获得了由２７个氨基酸残基组成的肽链的能量最小的折叠构象．计算结果表明，对于蛋白质折叠的三维晶格模型而言，混合遗传算法是很有效的．
- 解伟王翼飞
- 关键词：混合遗传算法
- 基于离散小波变换的膜蛋白跨膜螺旋区段预测被引量：2
- 2008年
- 基因组计划所产生的大量蛋白质序列迫切需要从理论上预测跨膜螺旋区段.文中采用基于离散小波变换的方法预测膜蛋白跨膜螺旋区段的数目和位置.以PDB代码为1KQG的膜蛋白为例,描述了该方法对跨膜螺旋区段的数目和位置的预测分析过程.从最新的MPtopo数据库中随机抽取80条三维结构已知的膜蛋白序列作为测试集(含325个跨膜螺旋区),采用该方法对跨膜螺旋区段进行预测,其中312个跨膜螺旋区被准确预测到,预测准确率为96.6%.并将预测结果与7种常用预测方法的主要预测结果进行了比较.结果表明,该文提出的方法具有较高的预测准确度.
- 于彬王广彬王翼飞
- 关键词：离散小波变换膜蛋白疏水性
- 生化反应系统的加速τ-Leap模拟算法
- 2011年
- 该文重新定义了临界反应,以更合理地界定可能出现负分子组分的反应.在此基础上提出了加速τ-leap算法,使系统中某些反应物数目较少时也可以采用τ-leap方法进行模拟,同时提高了模拟速度.以两个生化反应系统模型为例,分别用精确的随机模拟算法、修正τ-leap算法和加速τ-leap算法进行模拟运算,结果表明加速τ-leap算法在保证精度的同时能有效提高模拟速度.
- 衣娜庄刚王翼飞
- 关键词：随机模拟算法生化反应系统
- 内吞复合体蛋白HCRP1在肝癌中的异常表达及功能研究
- 肝细胞癌的发生是一个缓慢的多阶段、多步骤的过程,是环境因素与遗传因素相互作用的结果。基因组中不断积累的遗传变异,如染色体的杂合性缺失(loss of heterozygosity,LOH),可导致抑癌基因失活和肿瘤发生。...
- 王宏飞王士友王翼飞赵慕钧
- 关键词：肝细胞癌恶性转化
- 应用于蛋白质折叠模拟的三种新蒙特卡罗方法的比较被引量：3
- 2004年
- 新蒙特卡罗方法是一类随机算法的统称.这类算法已被应用于蛋白质折叠的模拟计算,并取得了较好的结果.该文将并行回火与遗传算法的混合算法、群体模拟退火方法以及群体模拟退火方法与遗传算法的混合算法这3种改进的蒙特卡罗方法应用到蛋白质折叠模拟计算,并就二维网格模型比较了这3种方法搜索最小能量构象的能力以及计算了得到最小能量构象所花费的时间.计算机模拟计算的结果表明,3种方法对于短序列蛋白质折叠结构的预测都较为有效,而群体模拟退火方法与遗传算法的混合算法则比其它两种算法所花费的计算时间要少,也就更为有效.
- 方茜朱正佑王翼飞
