索荔
- 作品数：4 被引量：26H指数：4
- 供职机构：齐齐哈尔大学生命科学与农林学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金黑龙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 砂藓生长素受体基因RcTIR1的克隆及表达分析被引量：7
- 2015年
- 本研究我们试图利用PCR技术从砂藓中克隆TIR1基因的cD NA全长序列,对其进行了生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR分析该基因在复水和干旱过程的表达情况。我们将砂藓转录组测序获得的生长素受体蛋白基因序列命名为Rc TIR1,基因cD NA全长为1 110 bp,开放阅读框(ORF)长度为615 bp,共编码204个氨基酸。生物信息学分析显示,该基因所编码蛋白理论等电点为5.70,不稳定指数为32.85,总平均亲水性为-0.027,无跨膜区和信号肽,亚细胞定位在细胞核。利用实时荧光定量PCR方法检测对该基因在砂藓复水和快速干旱过程中的表达模式显示在砂藓的复水过程和干旱处理中该基因均有差异性表达。通过研究砂藓生长素受体蛋白基因Rc TIR1与砂藓干旱胁迫的关系,为植物逆境胁迫机制的研究以及该基因的实际应用奠定基础。
- 张春蕾沙伟张梅娟索荔周伯
- 关键词：基因克隆
- 基于生物信息学预测的番鸭细小病毒和鹅细小病毒免疫交叉反应研究被引量：6
- 2011年
- 通过生物信息学软件开展了基于表位预测的番鸭细小病毒（MDPV）和鹅细小病毒（GPV）免疫交叉反应研究。番鸭细小病毒非结构蛋白线性抗原表位预测结果表明：AA248~252、503~509和545~554可能是线性表位优势区域,与已知的鹅细小病毒非结构蛋白线性抗原表位区进行比较,可能具有交叉反应性的区段为AA503~509。番鸭细小病毒衣壳蛋白线性抗原表位预测结果表明：肽段AA27~33、39~50、67~75、111~115、149~155、260~264、321~325、426~430、448~452、485~489、521~525、540~544和685~691等区域可能是线性表位优势区域,与已知的鹅细小病毒衣壳蛋白线性抗原表位区进行比较,可能具有交叉反应性的区段为AA321~325、426~430、540~544和685~691。
- 黎明于天飞徐爽索荔王傲姚宇彭亮
- 关键词：番鸭细小病毒鹅细小病毒
- 砂藓ATP合酶Ⅱ亚基基因的克隆及表达分析被引量：6
- 2015年
- ATP合酶是光合作用中光合磷酸化和呼吸作用中氧化磷酸化反应的关键酶,影响着细胞生命活动所需的ATP的产生。为研究ATP合酶在苔藓植物中的生物学功能,本研究克隆得到砂藓ATP合酶Ⅱ亚基基因,命名为Rcatp G。生物信息学分析表明,砂藓的c DNA序列长为1 220 bp,其中开放阅读框(ORF)为756 bp,编码251个氨基酸的多肽序列;预测分子质量为27.48 k D,等电点为9.20,含有ATP-synt_B保守结构域;推测Rcatp G蛋白为不稳定蛋白,不属于跨膜蛋白且不存在信号肽。系统发育分析显示,Rcatp G蛋白与小立碗藓atp G蛋白亲缘关系最近。实时荧光定量PCR分析显示,Rcatp G基因在复水过程和脱水胁迫处理中均能表达。因此,推测Rcatp G基因在砂藓的复水过程和脱水胁迫处理中起着一定的作用。
- 周伯沙伟张梅娟张春蕾索荔
- 关键词：ATP合酶基因克隆生物信息学分析实时荧光定量
- 砂藓MYB转录因子基因RcMYB的克隆及表达分析被引量：14
- 2015年
- 以砂藓(Racomitrium canescens)转录组测序获得的一条与抗旱相关的MYB转录因子基因为基础,采用RT-PCR技术克隆得到该基因的cDNA全长序列,命名为RcMYB。该序列全长为862bp,开放阅读框为726bp,共编码氨基酸241个。该基因的蛋白相对分子质量为28.8 kD,等电点为7.77,不稳定系数为70.03,是不稳定性蛋白,平均亲水数为-0.548,预测分析该蛋白具有强亲水性。蛋白结构域分析表明,RcMYB蛋白含有Myb-DNA结合结构域和MYB-CC结构域。实时荧光定量PCR研究表明,在复水过程和干旱处理的条件下RcMYB基因均有所表达。上述研究结果为基因RcMYB的功能研究奠定基础。
- 沙伟索荔张梅娟张春蕾周伯
- 关键词：MYB转录因子基因克隆
