谢海强
- 作品数：27 被引量：68H指数：4
- 供职机构：贵州大学动物科学学院更多>>
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- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 江口萝卜猪FABPs主要家族基因SNPs筛选及生物信息学分析被引量：16
- 2015年
- 以江口萝卜猪为试验材料构建DNA池,采用直接测序技术对猪L-FABP、I-FABP、H-FABP、A-FABP基因进行SNPs快速筛查,共检测出7个SNPs,分别为intron1-T1745C、exon2-T125C、exon2-A131C、exon2-C153A、exon2-A65T、exon2-G40A、intron3-C65T。其中intron1-T1745C、intron3-C65T位于内含子上;exon2-T125C、exon2-C153A为同义突变;exon2-A131C、exon2-A65T、exon2-G40A为错义突变,分别使编码氨基酸发生Glu→Ala、Lys→Met、Glu→Lys的改变,对其进行生物信息学分析表明,突变前后的等位基因频率估算,mR NA二级结构预测,蛋白质二级、三级结构预测分析均有差异。
- 盘道兴王振杨茂林廖乔平杨昌平吴宇萍谢海强刘若余
- 关键词：SNPS生物信息学
- 贵州本地山羊TFB1M基因启动子区多态性生物信息学分析
- 2014年
- 目的:采用DNA池结合PCR技术,筛选TFB1M基因启动子区SNP位点,并分析其对启动子区的影响。方法:利用多种生物信息学软件预测TFB1M基因核心启动子范围、转录因子结合位点、CpG岛。结果:TFB1M基因启动子区发现1个SNP位点G-234A。TFSEARCH软件预测结果显示TFB1M基因启动子区转录因子ADR1与Sp1位置调换,且ADR1位置的提前导致TFB1M基因转录效率增高。结论:G-234A位点可能影响TFB1M基因转录,试验结果为进一步分析TFB1M基因启动子区功能奠定基础。
- 孙岩岩罗卫星谢海强宋桃伟刘彬蔡惠芬
- 关键词：SNP启动子
- 贵州黑山羊STAT5A基因多态性及其与生长性状关联分析被引量：2
- 2014年
- 目的:探讨STAT5A基因SNP与贵州黑山羊生长性状关联性,旨在为山羊选种选育提供更好的科学依据。方法:以贵州黑山羊为研究对象,采用DNA池法及PCR-SSCP技术检测STAT5A基因单核苷酸多态性。结果:贵州黑山羊STAT5A基因内含子6和外显子7分别检测到1个SNP位点T-90C和C+69T,位点T-90C为2种基因型,分别命名为CC和TC。基因型与生长性状关联分析显示,贵州黑山羊TC基因型个体的胸围显著高于CC基因型个体(P<0.05),而其余4个指标均差异不显著(P>0.05);实验山羊群体基因频率和基因型频率处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05)。结论:研究结果提示:STAT5A基因可能是影响山羊胸围的主效基因或与主效基因连锁,T-90C位点可望作为提高山羊个体生长性能的分子遗传标记。
- 谢海强孙岩岩龚俞焦仁刚盘道兴杨永强刘若余
- 关键词：贵州黑山羊PCR-SSCP生长性状
- 家兔UCP2基因多态性的筛选和生物信息学研究被引量：5
- 2015年
- 本文研究兔的UCP2基因的多态性,为地方兔种的选种和选育提供一定的依据。分别以比利时兔、加利福尼亚兔和新西兰兔构建其DNA池,设计6对引物扩增3个兔种UCP2基因的外显子序列和部分内含子序列,用PCR产物直接进行双向测序快速的筛选出兔的UCP2的多态位点。结果表明:在兔UCP2基因中筛选到8个多态性位点:intron2-G2217T、exon3-A63C、exon3-G169A、intron5-C61A、exon6-C11G、intron6-C7T、intron6-C46T、intron6-C73A,其中exon3-A63C和exon3-G169A位于第3外显子上,且exon3-A63C为错义突变,导致编码的酪氨酸(Tyr)变为丝氨酸(Ser)。exon6-C11G在第6外显子上,其余的多态位点都在内含子中,除了intron6-C7T外,其余的多态位点在三种兔种中都有。结论:通过生物信息学对兔UCP2基因的分析发现m RNA二级结构、二级结构和蛋白质的三级结构在突变前后都发生变化。
- 李维刘若余冯艳青李思杜雪琴谢海强谢海强肖超能
- 关键词：比利时兔新西兰兔加利福尼亚兔SNPS
- 贵州本地山羊STAT5A基因第10外显子SNP研究被引量：1
- 2015年
- 利用黔北麻羊、贵州黑山羊和贵州白山羊构建DNA池,设计1对引物扩增其STAT5A基因第10外显子及部分内含子序列。PCR产物纯化后进行双向测序。DNAStar和BLAST分析确定多态性位点。利用生物信息学软件分析SNPs位点对STAT5A基因RNA二级结构、STAT5A蛋白二级及三级结构的影响。结果表明:在扩增的STAT5A基因中筛选到3个SNPs:C-32A、G+71A和G+158A,其中G+71A为错义突变,导致编码的丙氨酸(Ala)变为苏氨酸(Thr);C-32A和G+158A均在内含子区,不参与氨基酸编码。SNPs位点对STAT5A基因RNA二级结构和STAT5A蛋白结构均有一定影响。
- 谢海强孙岩岩盘道兴钱成康建兵胡玲玲龚俞焦仁刚刘若余
- 关键词：SNPS外显子
- 黄牛STAT3基因启动子区SNP及生长相关性状的关联分析
- 信号转导子和转录激活子3(STAT3)是JAK/STAT信号通路调控蛋白和胞质中潜在的转录因子,调控生长发育,但目前极少有研究报道其与肉牛生长性状的关联.贵州地方黄牛肉质优良,但生长发育慢、个体小,利用分子标记辅助选择提...
- 杨永强谢海强刘若余
- 关键词：黄牛信号转导子基因启动子
- 文献传递
- 贵州本地山羊STAT5A基因多态性及其与生长性状关联分析被引量：10
- 2014年
- 本研究通过探讨STAT5A基因SNP与山羊生长性状关联性,旨在为山羊选种选育提供更好的科学依据。实验以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究对象,采用DNA池法及PCR-SSCP技术检测STAT5A基因单核苷酸多态性。结果发现,在贵州白山羊和贵州黑山羊STAT5A基因内含子10均检测到1个SNP位点G127A,表现为3种基因型,分别命名为GG、GA和AA。基因型与生长性状关联分析显示,贵州黑山羊基因型GA个体的胸围和体重指标显著高于基因型GG个体(p<0.05),而其余3个指标均差异不显著(p>0.05);贵州白山羊基因型GA个体的体斜长、胸围和管围指标显著高于基因型GG个体(p<0.05),而其余指标均差异不显著(p>0.05)。研究结果提示:STAT5A基因可能是影响山羊体重、体斜长、管围和胸围的主效基因或与主效基因连锁,G127A位点可望作为提高山羊个体生长性状的分子遗传标记。
- 谢海强龚俞焦仁刚孙岩岩盘道兴杨永强刘若余
- 关键词：山羊PCR-SSCP生长性状
- 牛α_(s2)酪蛋白、κ酪蛋白基因启动子区多态性研究被引量：2
- 2013年
- 为研究牛CSN1S2、CSN3基因启动子多态性。选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,设计特异性引物分别扩增2个牛种CSN1S2、CSN3基因5’调控区及第1外显子部分序列。结果表明:CSN1S2基因5’调控区存在3个SNPs位点:A-253T、A-317G、A-407G,CSN3基因5’调控区发现4个SNPs:T-79G、G-415G、T-421C、T-658G,2个牛品种在不同位点的多态性有显著差异。生物信息学软件预测CSN1S2、CSN3基因核心启动子区及转录因子结合位点,CSN1S2基因A-253T、A-317G位于预测核心启动子区。SNP位点造成CSN3基因7个转录因子结合位点消失,而产生10个新的转录因子结合位点。对于CSN1S2、CSN3基因,突变前后RNA二级结构有明显改变,目标序列均未发现CpG岛。研究结果为进一步确定其启动子功能奠定试验基础。
- 杨永强龚俞焦仁刚惠嫣婷谢海强肖超能刘若余
- 关键词：SNP启动子
- 加利福尼亚兔和新西兰兔UCP1基因第5外显子多态性和生物信息学研究被引量：1
- 2016年
- 本试验以加利福尼亚兔和新西兰兔为研究对象,分别用磁珠法动物基因组DNA抽提试剂盒提取新西兰兔和加利福尼亚兔的DNA,通过构建DNA池,扩增UCP1基因的第5外显子及第4内含子部分序列。扩增产物进行双向测序,利用DNAStar和BLAST分析测序结果。结果发现:在加利福尼亚兔中没有发现SNP位点,在新西兰兔中有4个多态性位点,分别为G743T、A744G、C819A和G849T,其中G743T为同义突变,A744G为错义突变,导致编码的苏氨酸(Thr)变为丙氨酸(Ala);C819A、G849T突变位点位于内含子区。多态位点的出现对UCP1基因的RNA二级结构产生的影响表现在其最小自由能由-1.93 MJ/mol变为-1.932 MJ/mol,同时SNPs位点对UCP1基因蛋白结构也有一定影响。
- 李维林家栋刘若余谢海强李思杜雪琴肖超能
- 关键词：新西兰兔加利福尼亚兔SNPSRNA二级结构
- 贵州本地山羊JAK2基因5'调控区SNP生物信息学分析被引量：1
- 2014年
- 本实验旨在从贵州本地山羊JAK2基因启动子区查找SNP,并分析其在启动子区中的作用。以贵州当地优良品种贵州白山羊、贵州黑山羊及黔北麻羊3种山羊构建不同DNA池,双向测序筛选SNP位点,降低测序误差。结果表明:JAK2基因5'调控区存在5个SNPs位点,分别为G-278C、G-275C、C-265G、A-193G和G-43T;各生物信息学在线软件预测获得JAK2基因核心启动子范围及CpG岛位置,单核苷酸多态性位点导致附近大量转录因子新位点产生和原来结合位点消失,但并不改变CpG岛大小。结果提示,JAK2基因5'调控区存在5个对启动子功能元件有较大影响的SNP位点,该结果为进一步了解JAK2基因启动子区功能元件奠定基础。
- 谢海强孙岩岩杨永强龚俞焦仁刚刘若余
- 关键词：SNP贵州白山羊贵州黑山羊黔北麻羊
