郑杨
- 作品数：2 被引量：0H指数：0
- 供职机构：中国科学院北京基因组研究所更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 9个大熊猫BAC的注释和进化分析
- 郑杨
- 关键词：大熊猫BAC文库注释进化
- 大熊猫9个BAC的测序、注释和进化分析
- 2009年
- 本文构建了相当于大熊猫10倍基因组覆盖度的BAC文库,并随机挑选了其中9个BAC进行测序和组装,9个BAC的选择满足更多基因更少重复序列的原则.这9个BAC的组装将为评估基于新一代IlluminaGA测序技术的大熊猫全基因组测序及组装的准确性提供有效资源.运用同源比对和从头预测的方法,对9个BAC,共约878kb的序列进行了基因和重复序列的注释以及进化分析.一共预测到12个蛋白编码基因,其中,7个基因匹配到同源基因的功能注释.这7个基因平均大小约41kb,编码区平均大小约1.2kb,每个基因平均约含6个外显子.同时预测到7个tRNA基因.大约27%的序列被注释为重复序列.同时,基于邻接法,构建了包含人、小鼠、狗、猫以及大熊猫5个物种的物种进化树,结果显示狗的基因与其他4个物种相比距大熊猫最近.本实验结果提供了大熊猫9个BAC的详细序列及注释信息,为对大熊猫的研究提供了数据资源.
- 郑杨蔡晶李建文李波林润茂田凤王晓玲王俊
- 关键词：大熊猫BAC文库注释进化
