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卜东波: 作品数：45 被引量：840H指数：8; 供职机构：中国科学院计算技术研究所更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>; 相关领域：自动化与计算机技术理学医药卫生生物学更多>>

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FALCON@home:a high-throughput server for protein structure prediction using low-rank and sparsity decomposition and deep learning?: Strategies for correlation analysis in protein contact prediction often encounter two challenges, namely, the ...; 卜东波

一种糖结构鉴定方法及糖结构鉴定装置: 本发明公开了一种糖结构鉴定方法及糖结构鉴定装置，所述糖结构鉴定方法包括：步骤一：利用多级质谱信息进行待测糖结构谱峰对应的子结构预测，所述子结构作为对应谱峰的候选子结构；以及步骤二：利用De Novo糖结构鉴定技术，根据质...; 孙世伟卜东波杨飞王耀军李岩黄纯翠陈润生高枫刘亚名; 文献传递

直接利用蛋白质多序列联配信息构建蛋白质结构的方法: 本发明提出一种直接利用蛋白质多序列联配信息构建蛋白质结构的方法和系统，包括：使用第一编码器为蛋白质多序列联配信息中每个残基位置提取上下文表示作为该残基位置所处的结构环境；使用聚合器根据该结构环境聚合每个残基对编码特征向量...; 卜东波鞠富松朱建伟; 文献传递

一种第二代、三代基因组测序数据联用的拼接方法及系统: 本发明涉及生物信息技术和计算生物学领域，特别涉及一种第二代、三代基因组测序数据联用的拼接方法及系统，该方法包括获取第二代基因组测序数据，通过所述第二代基因组测序数据中部分碱基序列reads的质量信息，对所述第二代基因组测...; 卜东波张仁玉陈挺李帅成孙世伟刘兴武许情郑全刚王超; 文献传递

金黄色葡萄球菌类肠毒素W的超抗原活性位点预测与克隆表达: 2023年; 目的预测金黄色葡萄球菌类肠毒素W(SElW)与T细胞受体(TCR)的对接和超抗原活性位点,并对SElW进行克隆表达和纯化。方法利用AlphaFold对SElW蛋白单体进行三维结构预测,借助SAVES在线服务器使用ERRAT、拉氏图和Verify_3D等软件对蛋白模型进行评估。用ZDOCK服务器模拟SElW与TCR的对接构象,并对SElW与其他肠毒素的氨基酸序列进行比对。设计引物扩增selw基因,将该片段重组于pMD18-T载体中并进行测序;经限制性内切酶BamHⅠ和HindⅢ双酶切后将目的片段重组于表达质粒pET-28a(+)中,重组质粒鉴定后用IPTG诱导表达;用亲和层析法对表达于上清中的SElW蛋白进行纯化,用BCA法对蛋白进行定量。结果三维结构预测结果显示,SElW蛋白由氨基末端和羧基末端两个结构域组成,其中氨基末端结构域由3个α-螺旋和6个β-片层组成,羧基末端结构域由2个α-螺旋和7个反向平行的β-片层组成。SElW蛋白模型的整体质量因素得分为98.08,其中93.24%的氨基酸Verify_3D得分≥0.2,且无氨基酸位于不允许区。模拟对接预测选择评分最高的对接构象(评分值为1521.328)作为分析对象,采用PyMOL软件分析SElW与TCR之间形成的19个氢键。结合序列比对和既往研究结果,本研究预测发现了SElW蛋白的5个重要超抗原活性位点,分别是Y18、N19、W55、C88和C98。通过克隆表达和蛋白纯化,获得了高纯度的可溶性重组蛋白SElW。结论研究预测了SElW蛋白中5个可能的超抗原活性位点,成功构建并表达了SElW蛋白,为进一步探索SElW免疫识别机制奠定了基础。; 杨玉花库鑫宫雅楠孟凡亮卜东波郭亚慧魏销玥龙丽瑾范佳铭张茂俊张茂俊张建中; 关键词：金黄色葡萄球菌肠毒素分子对接克隆表达

基于全基因组比较的SARS冠状病毒种系进化分析被引量：4: 2003年; SARS(severe acute respiratory syndrome)冠状病毒已被世界卫生组织确认为SARS传染病的病原体,它的全基因组测序工作分别由中国、加拿大、美国等国的研究小组完成。然而它的起源仍是一个谜为了探寻SARS冠状病毒的来源,基于FDOD(function of degree of disagreement)方法,对12个SARS冠状病毒分离株和12种以往发现的冠状病毒进行了全基因组比较,构造出种系进化无根树。结果表明,这两类病毒(分别由12个SARS冠状病毒分离株和12种以往发现的冠状病毒构成)虽然都来自冠状病毒属,但它们位于两个不同的进化分支上。冠状病毒属中的3个组被准确地重构。根据得到的结果,推测SARS冠状病毒更类似于第一组中的冠状病毒。根据种系进化树的拓扑结构和各SARS冠状病毒分离株与造成香港Metropole饭店疫情的SARS冠状病毒株之间的联系,推测各SARS冠状病毒分离株分别位于进化树上两个大的分支,这为SARS的流行病学研究提供了辅助信息。; 齐震狐昱李蔚陈燕俊张治华张治华孙世伟卢宏超张京芬卜东波凌伦奖; 关键词：SARS冠状病毒传染途径

超大规模真实原始数据的浓缩方法: 白硕王珏赵凯卜东波余智华; 对数据浓缩的优化本质有了更进一步的认识，并积累了一系列面向结构化和非结构化海量数据的聚类、分类和规则提取等数据浓缩操作的有实用价值的理论、方法和算法，在网络信息服务、数字图书馆等领域得到了初步的应用。直接使用“规则+例外...; 关键词：; 关键词：数据浓缩 SETS

聚类/分类理论研究及其在文本挖掘中的应用: 该文的目标就是在信息检索的背景下,从理论、算法和应用三个层次来讨论聚类和分类技术.该文首先全面分析了聚类和分类算法的关键技术,总结了在统计、机器学习和模式识别等领域的聚类/分类算法.该文随后从理论的层面来剖析聚类/分类算...; 卜东波; 关键词：聚类算法信息粒度拓扑结构; 文献传递

“面向深度测序大数据量的计算模型与体系结构研究”立项报告被引量：2: 2016年; 新一代测序的发展和推广应用使生物序列数据增长速度远远超过了摩尔定律对计算机处理能力增长的预期。该研究人员将深入分析各种基因组数据的特点,针对性地研究高效数据压缩和传输的方法,研究新型的数据存储系统构架;研究在压缩空间上进行数据处理的方法,将存储、压缩和处理、应用结合起来考虑,发展适应超大规模基因组数据的搜索方法;深入分析测序数据的特点和测序数据常见处理任务对计算资源的需求特点,探索新的软硬件模型和可能的新型体系结构,探索新的计算服务模型在测序数据存储、传输和处理上的应用,从计算技术上为迎接个体基因纽时代的到来做好充分准备,同时推动我国相关信息技术和产业的创新发展。; 张佩珩卜东波熊劲谭光明; 关键词：大数据体系结构

文摘自动生成中权重计算的对偶性策略: 在指示性文摘自动生成系统中,核心工作是设置语句的权重,以合理地表示出语句在文章中的重要程度.我们发现在权重计算中,存在一种对偶性的现象,并利用迭代的方法来处理和利用这种对偶性,获得了语句的隐含概念.实验结果表明,直接摘取...; 卜东波白硕; 关键词：向量空间模型特征抽取对偶性

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