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卢昕: 作品数：32 被引量：84H指数：5; 供职机构：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所更多>>; 发文基金：国家科技重大专项国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>; 相关领域：医药卫生生物学农业科学轻工技术与工程更多>>

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城市对海口市南渡江的微生物群落及其毒力因子与抗生素耐药基因组的影响: 2023年; 目的探讨河流流经海口市前后河水中细菌菌群结构、抗生素耐药基因组和病原菌毒力基因组的变化,及其传播扩散模式。方法从流经海口市前的南渡江上游至南渡江入海口划分前、中、后段3个研究区域,每个区域选择3个采样点,每个采样点平行采集6份样本并混合为1份,每份3 L。通过宏基因组测序和16S rRNA基因全长测序获得相关生物信息数据,分析前、中、后3段水体中微生物群落结构以及耐药基因、毒力因子和可移动遗传元件信息。运用主坐标分析、普氏分析和曼特尔检测等方法分析样本间菌群分布差异以及传播模式相关性。结果随着河水流经海口市,微生物的α多样性呈现逐渐降低趋势。其中变形菌门在前、中、后段的细菌群落中均占据主导地位,中、后段变形菌门相对丰度高于前段。抗生素耐药基因、毒力因子及可移动遗传元件的多样性和丰度在前段均处于较低水平,流经海口市后,均明显升高。同时,可移动遗传元件介导的水平传播在抗生素耐药基因和毒力因子扩散中发挥较大作用。结论城市化对河流中的微生物及其携带的耐药基因、毒力因子和可移动遗传元件产生显著影响。在海口市南渡江,河流流经城市受纳了人群排出的抗生素耐药菌和病原相关细菌,同时抗生素耐药基因和毒力因子在细菌中的富集,显示了城市人群排出的抗生素耐药菌和病原菌对环境健康和公共卫生的威胁。流经城市前后微生物组和抗生素耐药基因组的比较,也可成为有价值的抗生素耐药扩散监测预警指标。; 范宇峰李臻鹏遇晓杰李哲周海健张亚淋甘晓婷华德卢昕阚飙; 关键词：菌群结构耐药基因毒力因子

候鸟中细菌耐药情况及携带耐药基因的研究进展被引量：3: 2021年; 细菌耐药性是目前各领域使用抗生素面临的一个严峻的问题,也是一项紧迫的全球公共卫生难题。候鸟携带的耐药菌及耐药基因不仅与临床用抗生素相关,农药、兽药的使用以及药厂周围环境的污染也为主要原因。近年来,有关候鸟体内携带耐药基因的研究逐渐在全球各地报道。候鸟具有活动范围大、飞行距离远等特点导致候鸟中细菌耐药的复杂性。此外,受环境和人类活动的影响,细菌中携带的耐药基因通过可移动元件在人类、家畜、环境和候鸟之间形成物种间传播,但是候鸟相关的耐药问题常常被我们所忽视。本文总结当前各地候鸟携带耐药菌抗生素耐药情况、所携带的耐药基因情况以及候鸟耐药与环境和人类活动之间的关系。目前研究显示多种类型的候鸟体内都携带耐药菌,主要为大肠杆菌。候鸟体内的耐药菌已呈现出多重耐药性,并将含有的耐药基因随迁徙活动以及人为因素等影响传播到各地。因此,有必要监测候鸟的相关耐药问题。本文为探究候鸟作为宿主和载体在抗生素耐药性全球传播中的作用提供了理论依据。; 王梦玉卢昕阚飙陈盛恩范义兵; 关键词：候鸟细菌耐药耐药基因

全基因组关联研究理论及其在流行病中的应用被引量：1: 2011年; 全基因组关联研究（GWAS）利用遍布于全基因组范围的分子标记（主要为单核苷酸多态性，SNP）并借助强大统计学工具，对影响某些复杂性状如疾病易感的遗传变异进行鉴定和分析。; 卢昕阚飙刘剑锋张勤; 关键词：全基因组关联研究流行病

一株精氨酸双水解酶阴性河弧菌的分子遗传学分析: 2014年; 目的赖氨酸、鸟氨酸脱羧酶阴性、精氨酸双水解酶阳性和阿拉伯糖发酵实验是区分河弧菌和其他非凝集弧菌的特征性化学指标。本研究对发现的1株精氨酸双水解酶阴性的河弧菌Ma-2531进行了分子遗传学分析。方法利用多对特异性引物对精氨酸双水解酶代谢通路的arc操纵子区基因簇进行普通聚合酶链反应(PCR)扩增,并对产物进行测序分析,同时比较Ma-2531和精氨酸双水解酶阳性菌株EF85003的生长曲线和培养液pH值的变化。结果针对arcBCA基因簇序列的3对引物arc-F/arc-R、arc-F/arc-rev和arc-ck-up/arc-R均为阴性扩增,而其上下游序列特异性的引物对arc1-up/arc1-dn和arc72695-up/arc75219-dn分别扩增出预期大小的目的条带。arc1-dnRev/arc72695-upRev引物对的扩增产物序列分析显示该扩增片段包含transposase IS4序列,进一步的对比分析表明包括精氨酸双水解酶系统arcBCAD基因簇及上游的天冬氨酸氨甲酰转移酶调节亚基和催化亚基编码基因在内的约8.6 kb的大片段发生了缺失。生长曲线和pH值测定显示菌株Ma-2531和EF85003没有明显差异。结论菌株Ma-2531中插入序列的转座导致了该菌株精氨酸双水解酶这一鉴定生化指标阴性的结果,但这种变化应只是随机和罕见的,使河弧菌生化代谢表现出多样性。; 吴睿梁璞卢昕阚飙梁未丽; 关键词：河弧菌精氨酸

云贵高原地区甲型副伤寒沙门菌优势克隆群的研究: 2018年; 目的分析2005-2012年我国云贵高原(广西壮族自治区、贵州省、云南省)临床甲型副伤寒沙门菌分离株分子分型和群体结构。方法收集2005-2012年我国三个伤寒副伤寒高发省份分离自临床的甲型副伤寒沙门菌分离株145株。采用两种酶切(XbaI和SpeI)进行脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分型分析。分析描述我国云贵高原近8年来的甲型副伤寒沙门菌优势克隆群及克隆群变迁。结果 145株甲型副伤寒沙门菌采用XbaI酶切可以得到38个PFGE型;采用SpeI酶切可以得到42个PFGE型;利用两种酶切结果联合分析,可以得到71个型别,其中2个型别所含菌数均超过10株。结论有些型别仅分布于某个省份某一年份,有些型别却可以在某一省份长期存在并逐年传播,成为优势型别。不同省份间优势型别有所不同,呈现一定的地域差异。; 李臻鹏杜小莉刁保卫闫梅英阚飙徐嘉良卢昕; 关键词：甲型副伤寒沙门菌云贵高原脉冲场凝胶电泳分子分型

猪2、7和8号染色体上影响血常规指标的数量性状基因座(QTL)检测被引量：5: 2008年; 以3个品种(长白猪、大白猪、松辽黑猪)16个公猪家系共计368头仔猪组成资源群体,在猪2、7和8号染色体上共选取35个微卫星标记,采用基于线性混合模型的方差组分分析方法,对影响与猪白细胞、红细胞和血小板相关的共计18项血常规指标的数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)进行了检测.通过似然比检验,并以自由度为2的卡方分布作为检验统计量的分布,共发现22个在P<5%水平下显著的QTL,其中在2号染色体上有9个,分别影响白细胞总数、中性粒细胞数、平均红细胞体积、血红蛋白含量、平均红细胞血红蛋白浓度、血小板总数、平均血小板体积、血小板分布宽度和血小板压积,在7号染色体有7个,分别影响白细胞总数、中性粒细胞数、平均红细胞血红蛋白浓度、血红蛋白含量、血小板总数、平均红细胞体积和红细胞分布宽度变异,在8号染色体上有6个,分别影响中性粒细胞百分比、淋巴细胞百分比、平均红细胞血红蛋白浓度、血小板总数、血小板压积和平均红细胞体积.为尽可能地避免由于多重检验所造成的假阳性率的升高,我们采用了控制假检出率(false discovery rate,FDR)的方法来对这22个QTL进行进一步检验,发现有14个达到FDR<5%显著水平,其中又有9个达到FDR<1%显著水平.; 巩元芳卢昕王志鹏李珊邱小田张勤; 关键词：血常规指标

我国东南沿海地区副溶血弧菌O3：K6血清型耐药分析被引量：9: 2018年; 目的对分离自我国东南沿海地区的77株O3∶K6血清型副溶血弧菌携带毒力基因情况及其耐药状况进行分析。方法对2002-2016年分离自上海市、深圳市、江苏省、浙江省的77株O3∶K6型副溶血弧菌tdh和trh基因进行PCR扩增检测,并用K-B纸片法检测菌株对15种抗生素的药敏情况。结果 77株O3∶K6型副溶血弧菌tdh和trh基因的携带率分别为94.81%和1.30%。受试菌株对氨苄西林、链霉素、卡那霉素、磺胺异恶唑、环丙沙星的敏感率较低,分别为7.79%、18.18%、31.17%、49.35%、54.55%,其中对氨苄西林、磺胺异恶唑和链霉素的耐药率最高,分别为84.42%、36.36%、32.47%;对头孢曲松、头孢西丁、头孢吡肟、庆大霉素、阿奇霉素的敏感率较高,分别为96.10%、87.01%、81.82%、97.40%、93.51%;所有菌株对亚胺培南、复方新诺明、萘啶酸、多西环素、氯霉素均敏感。本研究中共分离到11株多药耐药菌株,全部为致病株,多药耐药率高达14.29%。结论我国东南沿海地区分离的77株O3∶K6型副溶血弧菌tdh携带率较高,trh携带率较低;对氨苄西林、磺胺异恶唑、氨基糖苷类、环丙沙星的敏感性较差,对其他临床常用抗生素比较敏感,同时存在多药耐药现象。; 陈美玲卢昕赵林李杰阚飙逄波; 关键词：副溶血弧菌毒力基因耐药

检测气单胞菌属的SYBR Green荧光PCR方法的建立和评价: 2020年; 目的建立一种检测气单胞菌的SYBR Green荧光PCR方法。方法使用文献报道的气单胞菌属16S rRNA基因扩增引物,建立SYBR Green荧光PCR检测方法,评价其特异性、灵敏度和实际应用价值。结果SYBR Green荧光PCR方法的检测下限为10^-7 ng/ml,检测的21株气单胞菌均为阳性,检测的弧菌、大肠埃希菌、沙门菌、小肠结肠炎耶尔森菌、志贺菌均为阴性。针对104份健康人群粪便样本,8.65%的样本分离到气单胞菌,28.85%的样本SYBR Green荧光PCR方法检测阳性。其中8份标本采用2种方法检测均为阳性。样本核酸检测阳性后再进行病原菌的分离,会漏检1份样本(11.11%),但可以减少71.15%(74/104)的分离培养及鉴定工作。结论SYBR Green荧光PCR方法具有很好的特异性和敏感度,用于大样本的早期筛查可以减少70%左右的工作量,适合应用于气单胞菌感染和携带的监测。; 杜小莉刘九银洪颖王利江良梁陈谨卢昕阚飙周海健崔志刚; 关键词：气单胞菌荧光PCR 分子检测

用于追踪携带mcr-1质粒水平转移的双荧光报告系统的构建: 2023年; 通过自杀质粒介导的同源重组方法将绿色荧光报告基因(GFP)标记至含mcr-1基因多黏菌素耐药质粒pSH13G841上,形成可发出绿色荧光的质粒pSH13G841-GFP;通过改造大肠J53菌株,构建带有红色荧光报告基因(RFP)标记的大肠杆菌J53-RFP。随后利用pSH13G841-GFP自发接合的能力,将pSH13G841-GFP质粒转化入J53-RFP菌体中,构建出双荧光标记的耐药质粒供体菌模型,能够稳定且自发地发出红色荧光和绿色荧光。构建的双荧光标记系统可用于耐药质粒水平转移的可视化追踪,为动态监测耐药基因mcr-1在生物体内的接合转移规律提供了可能。; 彭遥王鲁彦张格刘佳琦曾薇李哲卢昕

中国El Tor生物型霍乱弧菌流行株中非溶血变异菌株分布及进化特征被引量：1: 2019年; 目的分析第7次霍乱大流行期间中国O1群El Tor型霍乱弧菌流行菌株中非溶血变异菌株的流行分布特征以及进化特征。方法选择1961年以来不同霍乱流行期的O1群El Tor型产毒菌株,测定溶血表型并分析其时间分布特点。比较菌株溶血素基因hlyA的序列变异及不同序列型的分布,构建这些菌株的核心基因组进化树,分析非溶血株在进化分支中的分布及克隆化特征。结果在第7次霍乱大流行的中国霍乱流行中,溶血素基因hlyA在第1次流行高峰期后,出现了明显的序列型转换。非溶血株主要出现在始于20世纪70年代的第2次流行中,并成为多见的变异型。非溶血菌株分布在不同流行期和流行克隆中,没有形成单一的克隆化。但部分非溶血菌株克隆引起数年的流行扩散。结论 O1群El Tor型菌株的非溶血变异独立于基因组逐年累积的克隆进化,很可能是一种随机性较强的变异。; 范宇峰赵林卢昕李旭孙惠惠王嘉正刘鸣李杰逄波阚飙; 关键词：霍乱弧菌生物型单核苷酸多态性分析

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