熊燕
- 作品数：37 被引量：61H指数：5
- 供职机构：西南民族大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金四川省科技计划项目中央高校基本科研业务费专项资金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学文化科学经济管理更多>>
- 小鼠骨骼肌纤维类型定量PCR内参基因的筛选
- 2021年
- 旨在筛选定量PCR检测不同骨骼肌纤维类型的稳定内参基因,为骨骼肌的能量和糖代谢等功能研究提供基础数据。试验选用6周龄小鼠,采集腓肠肌(Gastrocnemius muscle,GAS)、比目鱼肌(Soleus,SOL)、胫骨前肌(Tibialis anterior muscle,TA)和趾长伸肌(Extensor digitorum longus,EDL)为试验材料。以荧光定量PCR法检测Gapdh、Actb、Rer1、Hprt1、Ppia、Rpl7、B2m、Sdha和Rpl27等9个内参基因的mRNA水平,并采用Delta CT、geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder五种方法对其表达稳定性进行评估。结果显示,Delta CT法分析稳定性前3个基因为Rpl7>Actb>Rer1,以NormFinder法分析稳定性前3个基因是Rpl7>Rer1>Actb,以BestKeeper法分析稳定性前3个基因是Rpl7>Gapdh>Actb,而以geNorm法分析稳定性前3个基因是Actb>B2m>Rpl27。最后通过RefFinder法综合分析Rpl7是最稳定的内参基因,且5种方法中Ppia均最不稳定。因此,Rpl7可作为小鼠骨骼肌纤维类型检测的稳定内参基因。
- 张静张静华永琳熊燕熊显荣字向东李键
- 关键词：小鼠骨骼肌纤维内参基因RT-PCR
- 一种山羊MTNR1A基因单核苷酸多态性的检测方法及其应用
- 本发明公开了一种山羊MTNR1A基因单核苷酸多态性的检测方法及其应用。根据山羊MTNR1A基因序列设计特异性引物，以待测山羊基因组DNA为模板，通过PCR扩增后将经过电泳验证的扩增产物测序，根据测序结果鉴定待测山羊MTN...
- 李艳艳林亚秋王瑞龙王永李志雄史海涛熊燕王友利陈娟
- 基于山羊肌内前体脂肪细胞RNA-seq数据的新基因发掘与分析
- 2024年
- 为挖掘山羊(Capra hircus)肌内前体脂肪细胞分化前后的新基因并对其进行GO功能和KEGG通路富集分析.利用转录组测序(Transcriptome sequencing,RNA-seq)技术对山羊肌内前体脂肪细胞分化前后的两组细胞cDNA样品(n=3)进行高通量测序,有效数据与山羊参考基因组比对后利用StringTie软件组装新基因.基于|log2foldchange|>0和P-adj<0.05筛选获得差异表达新基因,并利用clusterProfiler R包针对GO和KEGG数据库对新基因进行GO功能及KEGG通路注释.结果表明,组装获得的201个新基因可定位在山羊29对常染色体上,且在染色体2、3、5、11、18和29上定位富集.山羊肌内脂肪细胞分化前后表达上调的新基因共28个,表达下调的新基因共57个.在GO功能富集方面,共21个新基因注释到277个GO功能亚类中,其中GO功能条目中参与生物过程、细胞组成和分子功能的基因分别占73.65%、3.97%和22.38%,且3个条目中显著富集的GO功能亚类分别与代谢功能、病毒组装和分子结合相关.此外,共21个新基因富集到16条KEGG通路中,其中氨基酸生物合成通路富集的新基因最多,为3个.研究结果挖掘了山羊肌内脂肪细胞分化前后的新基因201个,为揭示山羊肌内前体脂肪细胞分化相关的新基因并进一步完善山羊功能基因组提供基础数据.
- 王友利王永李志雄李志雄朱江江李艳艳林亚秋
- 关键词：转录组测序新基因
- 牦牛PKN2基因克隆与组织表达特性的分析被引量：1
- 2022年
- 克隆牦牛蛋白激酶N2(Protein Kinase N2,PKN2)基因编码序列(Coding sequence,CDS),预测和分析PKN2基因的生物学特性,并探究在不同的组织中的表达规律.以牦牛的脂肪cDNA为模板,用PCR技术克隆PKN2基因;使用MEGA7.0、SOPMA和TMHMM等进行生物信息学分析;采用荧光定量PCR技术PCR分析牦牛PKN2基因在心脏、肝脏、脾脏等组织的mRNA水平的表达.结果显示,PKN2基因CDS区长942 bp,编码313个氨基酸,分子量为107315.25 u,分子式C_(4742)H_(7535)N_(1319)O_(1442)S_(38);PKN2蛋白为不稳定的亲水蛋白,具有101个磷酸化位点;跨膜结构预测显示不存在跨膜结构区和信号肽;PKN2的二级结构主要以α-螺旋(41.61%)为主;与其他物种的同源性分析结果显示,牦牛PKN2基因与普通牛的同源性最高(99.84%),与鸡的同源性最低(84.59%),符合物种进化规律.qPCR技术显示PKN2基因在牦牛脂肪组织中表达最高,极显著高于肝脏和睾丸组织(P<0.01),显著高于心脏、脾脏和肺脏(P<0.05).本研究结果为牦牛PKN2基因的功能研究提供了参考依据.
- 马妍熊燕熊燕赵丹范依琳赵丹冯欣欣李键
- 关键词：牦牛基因克隆
- 牦牛GnIH基因生物学特征分析及其在卵巢颗粒细胞中亚细胞定位的研究
- 2023年
- 为探究促性腺激素抑制激素(gonadotropin-inhibitory hormone, GnIH)基因的序列特征及其在牦牛卵巢颗粒细胞中的表达与定位,试验从牦牛卵巢组织cDNA中克隆了GnIH基因,利用在线软件进行生物信息学分析,并采用实时荧光定量PCR(qPCR)检测GnIH基因在牦牛各器官中的表达情况,通过免疫组织化学和免疫荧光法检测GnIH在组织中的表达及定位。结果表明:GnIH基因编码序列(CDS)区大小为591 bp,编码196个氨基酸;牦牛GnIH基因与黄牛和野牦牛同源性最高;GnIH前体为不稳定亲水酸性蛋白,且无跨膜结构,在第26,27个氨基酸间有信号肽区域,同时GnIH前体包含了3个磷酸化位点,二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成。GnIH基因在卵巢中的相对表达量显著高于其他组织(P<0.05);随着卵泡的增长发育,GnIH基因在卵泡颗粒细胞中的表达量呈上升趋势,大卵泡(≥6 mm)中GnIH基因相对表达量最高,显著高于中(>3~<6 mm)、小卵泡(≤3 mm)(P<0.05),而中、小卵泡之间差异不显著(P>0.05)。GnIH在卵巢颗粒细胞的细胞核及细胞质中均有表达。说明牦牛GnIH基因参与了牦牛的卵泡发育调控。
- 胡宇磊杨满珍于海玲朱艳锦潘帮婷付伟熊燕李键熊显荣
- 关键词：牦牛颗粒细胞
- 鸡血藤提取物对藏鸡精子低温及冷冻保存效果的研究
- 2024年
- 为探究鸡血藤提取物对藏鸡精液低温及冷冻保存的作用,本实验采集健康的25周龄藏鸡精液,在精液中添加浓度为0.01、0.03、0.05、0.1 mg/mL的鸡血藤提取物进行低温与冷冻保存,对照组用不含鸡血藤提取物的稀释液稀释,检测保存后精子的活率、超氧化物歧化酶(Superoxide Dismutase,SOD)活力、丙二醛(Malondialdehyde,MDA)含量等指标。结果表明:在4℃保存条件下,与对照组相比,添加终浓度为0.01mg/mL的鸡血藤提取物可显著提高保存24、48h时的精子活率、精液中SOD活力,显著降低精液中MDA含量。在精液冷冻保存中,与对照组相比,添加0.01 mg/mL的鸡血藤提取物可显著提高解冻后精子活率、精液中SOD活力,而显著降低精液MDA含量。本实验结果证明在藏鸡精液低温或冷冻保存时添加0.01 mg/mL的鸡血藤提取物可有效提升精子质量。
- 赵特郭玉平措李键李志雄吴锦波熊燕
- 关键词：藏鸡冷冻保存
- 一种动物精液冷冻保护剂及提高冷冻精液质量的方法
- 本发明提供了一种动物精液冷冻保护剂，它包括0.2mM青蒿琥酯。本发明还提供了一种提高牦牛冻精质量的方法。本发明研究发现青蒿琥酯，可使牦牛冷冻精子活力、质膜完整性得到提升，减少和预防冷冻造成的牦牛精子损伤。
- 熊燕范依琳赵特李键李小伟格日万玛熊显荣兰道亮何翃闳付伟殷实何小强王燕文
- 金川牦牛CIDEA基因克隆及其在脂肪组织与脂肪细胞的表达被引量：3
- 2021年
- 旨在克隆牦牛诱导细胞凋亡DNA片段化45样效应因子A(CIDEA)基因序列、分析其生物学特性及检测CIDEA基因在牦牛不同组织及脂肪细胞分化中的表达模式。以金川牦牛皮下脂肪组织的cDNA为模板,采用PCR技术克隆CIDEA基因的CDS序列(Coding sequence),对CDS区进行相关的生物信息学分析;设计特异引物,检测该基因在金川牦牛肺脏、心脏、肾脏、脂肪等组织的表达情况;同时分离原代前体脂肪细胞,分析CIDEA基因在脂肪细胞分化过程中的表达趋势。结果表明,金川牦牛CIDEA基因的序列长度为696 bp,其中CDS序列为684 bp,编码227个氨基酸;金川牦牛CIDEA基因与普通牛的同源性最高,核苷酸序列同源性为94.14%,氨基酸序列同源性为99.54%,与鸡的同源性最低,核苷酸序列同源性仅为63.38%,氨基酸序列同源性仅为59.05%,利用MEGA 5.0软件构建进化树显示金川牦牛与牛的亲缘关系最近,与鸡的亲缘关系最远。蛋白理化性质分析结果表明,CIDEA蛋白是一个不稳定的碱性亲水蛋白,不存在跨膜结构与信号肽;二级结构预测显示CIDEA蛋白中α螺旋占33.92%,无规则卷曲占51.98%。实时荧光定量PCR结果表明,CIDEA基因在金川牦牛脂肪组织中表达量最高,肺脏中表达量最低;在金川牦牛脂肪细胞分化过程中呈现上升的趋势。由此可推测金川牦牛CIDEA基因可能参与牦牛脂肪细胞分化与脂肪沉积。
- 霍文韬周婷余越杨清澜常馨丹李键熊显荣熊显荣
- 关键词：基因克隆脂肪组织脂肪细胞
- 基于全基因组重测序的山羊产羔数性状关键调控基因的筛选被引量：2
- 2022年
- 【目的】对产羔数不同的山羊进行全基因组重测序分析,挖掘参与调控川中黑山羊产羔数性状关键调控基因,为解析山羊产羔数性状遗传机制及分子遗传改良提供理论依据。【方法】选择6只产4—6羔的川中黑山羊为高繁组(high fecundity,HF)和6只产单羔的川中黑山羊为低繁组(low fecundity,LF),采集颈静脉血液样本提取基因组DNA,构建350 bp双末端测序文库,利用Illumina HiSeq PE150平台对12个文库进行全基因组重测序。测序产出的净数据经BWA软件比对至山羊参考基因组ARS1,所获得的高质量SNPs通过两种全基因组扫描分析方法(Fst、Hp)的综合分析确定候选区域,候选区域的注释基因分别利用g:Profiler和KOBAS在线数据库进行GO分析与KEGG通路分析,以筛选调节川中黑山羊产羔数性状候选基因。为了进一步鉴定调节山羊产羔数目的关键遗传标记,根据基因组重测序变异分析,对繁殖候选基因的同义与非同义SNPs进行定位筛选,后续将12个山羊样本的扩增产物进行Sanger测序以验证重测序结果。【结果】12只山羊共获得431.50 Gb净数据,经变异检测与注释发现,HF组山羊共发现7771417个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs),LF组山羊检测到8935907个SNPs,且LF组各类SNPs均多于HF组。设置同时达到top 5%最大ZFst值和top 5%最小ZHp值的窗口为候选区域,在低杂合性、高遗传分化的区域共注释130个强选择信号,其中HF组、LF组以及共享窗口的注释基因分别为84、59和13个,经GO富集与KEGG通路分析发现,19个候选基因参与川中黑山羊的繁殖、繁殖过程和胚胎发育等调控,包括11个HF组特异性候选基因(ADCY10、DRD1、HS6ST1、IGFBP7、MSX2、NOG、NPHP4、PAPPA、PRLHR、TDRP和XYLT1),5个LF组特异性候选基因(ANXA5、IGF1、EDNRA、FANCL和TAC1)和3个HF组与LF组共享窗口基因(AKR1B3、HDAC4和OPRM1)。同时,大多数GO分析,如G蛋白偶联受体活性、激素反
- 李恒字向东王会熊燕吕明杰刘宇蒋旭东
- 关键词：候选基因
- 一种鸡血藤提取物的应用、精液保存剂及精液的保存方法
- 本发明公开了一种鸡血藤提取物的应用、精液保存剂及精液的保存方法，属于生物技术领域。本发明提供的精液保存剂包括基液和鸡血藤提取物，其中，所述鸡血藤提取物为鸡血藤的乙醇提取物，鸡血藤提取物在保存精液时的较佳终浓度为0.01m...
- 熊燕郭玉李键李志雄吴锦波林亚秋熊显荣付伟岳永起赵丹马妍范依琳
