艾华水
- 作品数：49 被引量：375H指数：12
- 供职机构：江西农业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划江西省自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生天文地球更多>>
- 全基因组关联分析鉴别白色杜洛克×二花脸F_2资源家系中猪阴囊疝易感基因位点的鉴定
- 2014年
- 【目的】通过基于单倍型的病例-对照全基因组关联分析(GWAS)鉴别白色杜洛克×二花脸F2资源家系中影响猪阴囊疝的易感位点及位置功能候选基因,并在远缘纯种猪阴囊疝三联体核心家系(Trio)群体中进行重复验证。【方法】利用Illumina porcine 60K SNP芯片对1 020头白色杜洛克×二花脸F2资源家系阴囊疝群体(包含19个阴囊疝患病个体)进行扫描获取基因型。通过Plink v1.07软件对基因型数据进行质量控制;剔除个体基因型检出率<90%的个体,剔除SNP位点检出率<90%、哈迪温伯格平衡卡方检验P≤10-3和最小等位基因频率<0.05及性染色体上和无法定位的SNP位点。质控合格的SNP位点用PHASEBOOK构建出F2资源家系中每个个体的单倍型,并采用隐马尔可夫模型将其归类到数目预先定义的祖先单倍型中。使用基于广义线性混合模型的GLASCOW软件进行利用祖先单倍型的病例-对照全基因组关联分析。采用保守的Bonferroni校正方法得到基因组显著水平和染色体显著水平的阈值。对F2资源家系中达到染色体显著水平的易感SNP位点在包含237个患病个体的远缘纯种猪阴囊疝三联体核心家系(Trio)群体中进行同样的质控,并利用Haploview软件对质控合格的SNP位点分别展开基于单点和基于单倍型的传递不平衡分析(TDT),进行重复验证。【结果】白色杜洛克×二花脸F2资源家系中全部个体的38 033个SNP标记通过质控。在GWAS分析中,共发现108个达染色体显著水平(P<2.63×10-5)的猪阴囊疝关联SNP位点,分别位于染色体2、8和17上,最强相关的SNP位点位于17号染色体上。在远缘三联体核心家系群中,724个个体的96个SNP位点通过质控。对质控合格的SNP位点进行基于单点的TDT分析,结果发现5个显著相关的SNP位点得到重复验证(P<0.05),其中2号染色体上有1个SNP位点和17号染色体上有4个SNP位点,分别位于IQGAP2,CHMP4B,SERINC3,ZNF334等4个基�
- 宿英阮国荣龙毅杨斌张志燕邓玮芸吴丽花吕显山艾华水肖石军任军黄路生丁能水
- 关键词：传递不平衡分析阴囊疝易感基因
- 猪黑素皮质素受体1(MC1R)基因与毛色表型的研究被引量：29
- 2003年
- 猪的毛色表型虽然与经济性状没有直接相关 ,但它却对经济效益产生重要影响 ,在猪育种实践、商品猪生产等方面都有应用。结合PCR AccⅡ RFLP、PCR BspHⅠ RFLP及PCR SSCP技术 ,分析了 16个全同胞家系和金华猪、嘉兴黑猪、玉山黑猪、乐平花猪、上高两头乌猪及嵊县花猪等 6个地方猪种随机采样个体的黑素皮质素受体 1(MC1R)基因型。结果显示 ,地方猪种在MC1R位点携带高频率的显性黑等位基因ED1 ,表明我国地方猪种的黑毛色可能主要由显性黑等位基因ED1 调控。通过对嵊县花猪MC1R位点的分析 ,首次发现PCR SSCP证据的新序列 ,与已知的其他 5个等位基因带型不同。家系个体的分析结果进一步验证了ED1 对EP、e为完全显性 ,EP
- 邓素华高军任军陈克飞丁能水艾华水林万华王文君刘宝生赖芬菊黄路生
- 关键词：PCR-SSCP毛色
- 猪精子黏合分子1(SPAM1)基因SNPs的搜寻、鉴别及其遗传变异研究
- 精子黏合分子1(SPAM1)是一种在受精过程中起重要作用的精子抗原,本研究以10个中外猪种的20个无相关公猪个体基因组DNA为模板,扩增猪SPAM1基因第二外显子、第四外显子和第二内含子区域的3个DNA片段,经PCR产物...
- 陈蓉蓉陈从英任军丁能水艾华水郭源梅麻骏武黄路生
- 关键词：SNPS
- 文献传递
- FS2M01.pl,转换片段大小表为0/1矩阵的Perl脚本被引量：1
- 2006年
- 用Perl语言编写了一个脚本———FS2M01.pl来实现片段大小表向0/1矩阵的转换,解决了由人工方法将遗传图谱的位点信息转换成0/1矩阵的问题。
- 艾华水黄路生
- 仔猪断奶前腹泻抗病基因育种技术的创建及应用被引量：12
- 2012年
- 产肠毒素大肠杆菌(ETEC)F4ac造成的断奶前仔猪腹泻病是养猪生产中的常见病,给世界养猪业造成了巨大经济损失。本研究面对这一现状,通过全基因组连锁定位分析、目的区域的重组断点事件分析和远缘群体高通量SNP标记的关联性分析等严谨的遗传学分析手段,确定了决定仔猪ETECF4ac腹泻易感性的基因为MUC13基因,并发现了能准确鉴别易感个体和抗性个体的分子标记(准确率>97%),相关研究论文已分别发表于相关国际专业学术期刊,由此首次在国际上创建了高精准度的断奶前仔猪腹泻抗病育种新技术,并利用所创建的分子育种新技术进行大面积推广应用,实现了我国种猪遗传改良研究的重要自主创新。
- 任军晏学明艾华水肖石军丁能水黄路生
- 关键词：ETEC抗病育种
- 鉴别显著影响猪背膘厚性状的硬脂酰辅酶A去饱和酶基因单核苷酸多态位点及应用
- 本发明公开了一个鉴别显著影响猪背膘厚性状的硬脂酰辅酶A去饱和酶基因单核苷酸多态位点及应用，它先进行PAC文库的筛选，再经过猪全长SCD基因的克隆、猪全长SCD基因mRNA的分离、外显子2上SNP C3101T的鉴别，最后...
- 黄路生任军丁能水艾华水麻骏武郭源梅陈从英高军
- 文献传递
- 凡纳滨对虾抗WSSV选育家系的抗病与生长特性被引量：6
- 2011年
- 从引进的无特定病原(SPF)凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)亲虾生产的子代中挑选出生长快、体格健壮等性状良好的个体作为亲本建立16个第一代选育家系,并经223d饲养和感染实验从中挑选出抗病力强、生长快的家系建立21个第二代家系.抗WSSV实验的结果表明:第一代选育各家系经感染WSSV(投喂)后的成活率在0～61.5%之间,平均成活率为30.0%±16.5%;第二代选育家系成活率在14.5%～70.0%之间,平均成活率为37.3%±15.2%,比第一代提高24.3%.21个第二代选育家系经28 d的生长实验显示:21个选育家系体长特定生长率在0.001 5～0.014 2之间,体重特定生长率在0.005 3～0.027 9之间;两代选育家系抗病与生长的结果表明:抗病较强的家系生长快,抗病差的家系生长慢,但抗病最强或生长最快的家系,其对应的生长或抗病性能则不理想.
- 黄永春艾华水殷志新黄仙德李色东翁少萍何建国
- 关键词：海洋生物学凡纳滨对虾家系选育
- 两个增加猪肋骨数的主效标记及其在猪育种中的应用
- 本发明公开了一个位于猪7号染色体上的增加猪肋骨数的主效标记及其在种猪遗传改良中的应用。本发明采用实时定量TaqMan PCR技术和PCR扩增后直接电泳的技术分别对g.103458678_103458679ins291主效...
- 任军黄路生幸宇云张志燕艾华水
- 文献传递
- 生长激素基因(GH2)多态性与猪部分生产性能的关系被引量：39
- 2002年
- 采用PCR -RFLP对南昌白猪 (117头 )和大约克夏猪 (36 1头 )的GH 2基因 - 119～ +486bp的片段进行了扩增 ,并用ApaⅠ酶切 ,产生了 2个等位基因A(44 9+10 1+5 5bp)和B(316 +133+10 1+5 5bp)。分析了不同基因型对个体初生重、2月龄重、4月龄重、6月龄重、校正背膘厚、平均背膘厚、瘦肉率和料重比等生产性能的影响。结果表明 ,在南昌白猪中 ,不同GH 2基因型间在所测的生产性能上差异不显著 (P >0 0 5 ) ;在大约克夏猪中 ,AA型猪的瘦肉率最低、与BB型猪相比 ,差异显著 (P <0 0 5 )。
- 王文君陈克飞任军丁能水林万华高军艾华水黄路生
- 关键词：生长激素基因PCR-RFLP多态性
- 决定仔猪F4ac腹泻易感/抗性的MUC13基因及其应用
- 本发明公开了一种决定仔猪F4ac腹泻易感性/抗性的MUC13基因及其在种猪遗传改良中的应用，它是利用大规模白色杜洛克×二花脸资源群体和15个中外猪种的远缘群体，通过全基因组扫描连锁定位、目的区域高密度SNP多点连锁精细定...
- 黄路生任军晏学明艾华水张志燕
- 文献传递
