袁丽娜
- 作品数：4 被引量：2H指数：1
- 供职机构：中国科学院北京基因组研究所更多>>
- 发文基金：中国科学院科研装备研制项目国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学电子电信更多>>
- 肺炎克雷伯菌临床分离株泛基因组学研究
- 目的收集足够的DNA序列信息并且对其遗传特征进行系统分析,从而探索不同临床表现下潜伏的基因组特征及致病机制。方法共收集24株肺炎克雷伯菌(KPN)。运用第二代测序平台进行全基因组测序。SOAPdenovo初步拼接序列;G...
- 张奕杰康禹任鲁风陈愉生袁丽娜安树昌楚亚男张伟胡成平杜娟万欢英魏立平王思勤杨敬平于军高占成
- 类SCC样甲氧西林敏感性金黄色葡萄球菌的基因组学分析
- 2013年
- 金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,S.aureus),作为一种常见的致病菌常可导致严重感染性疾病.金黄色葡萄球菌的主要特点是易产生耐药性.临床上运用多重PCR方法对S.aureus耐药菌株进行分型.SCC作为一种mecA基因的转运载体,介导金黄色葡萄球菌产生耐药性.本研究报道了一株新甲氧西林敏感性金黄色葡萄球菌的全基因组序列信息,即类SCC样MSSA463菌株,经多重PCR方法,该菌株被误鉴定为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌,结果与药敏结果相冲突.为此,运用焦磷酸测序方法完成了该菌株的全基因组测序,并与已知金黄色葡萄球菌的基因组序列信息不同,发现可读框(CZ049;AB037671)存在于attL,attR反向重复序列的临近下游.这些结果提示,在金黄色葡萄球菌与其他微生物之间可能存在一种水平基因转移,并改变了金黄色葡萄球菌对药物的敏感性,推测attL,attR反向重复序列可能作为外源性基因的插入部位而存在.
- 李德志楚亚男任鲁风李欣刚袁丽娜康禹张伟杨宇王绪敏Baillie J.Kenneth于军高占成
- 关键词：金黄色葡萄球菌基因组学焦磷酸测序
- 应用BIGIS-4测序系统完成Glaciecola mesophila sp.nov.的全基因组测序和组装被引量：1
- 2011年
- BIGIS-4是中国新一代基于焦磷酸测序技术的测序仪.本实验利用BIGIS-4完成了对Glacielola mesophila sp.nov.(Gmn)的全基因组测序.Gmn是一株从海洋无脊椎动物体内分离到的革兰氏阴性菌.BIGIS-4测序得到152043个高质量的测序片段,平均读长406bp.测序片段由BIGIS-4系统后处理模块组装.除单核苷酸同聚体引起的测序错误外,测序结果中没有检测到其他低质量错误.Gmn基因组全长5144318bp,共注释得到4303个基因,其中有大量的代谢基因,与菌种在海洋表面非脊椎动物的生长环境相关.Gmn的冷适应和信号转导相关基因为其对海洋低温环境的适应提供了依据.
- 袁丽娜任鲁风李运涛韩伟静俞勇楚亚男刘贵明于丹滕明静王亮王绪敏周晓光俞育德于军
- 关键词：SP.NOV
- 一种应用于高通量生物检测的皮升级微反应池芯片被引量：1
- 2013年
- 基于高通量皮升级微反应池的焦磷酸测序技术以其测序读长长的优势,在测序领域有着不可替代的位置.在高通量焦磷酸测序过程中,微反应池之间的光学串扰以及微反应池中的化学残留严重影响测序原始图像的信噪比,限制了测序的读长及准确性.本研究通过在微反应池侧壁分别选择性蒸镀钛和铝金属膜,有效地将相邻微反应池之间的平均光学串扰率降低约一个数量级.此外,通过在微反应池表面蒸镀二氧化硅层,显著地改善了微反应池表面物理形貌,有效地减少了微反应池中的化学残留.表面蒸镀钛-二氧化硅的微反应池光学串扰低、化学残留少,可应用于高通量焦磷酸测序等相关领域.
- 韩伟静袁丽娜魏清泉李运涛任鲁风周晓光于军俞育德
- 关键词：表面镀膜
