陈娟
- 作品数：6 被引量：31H指数：3
- 供职机构：扬州大学信息工程学院计算机科学与技术系更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技攻关计划国家重点实验室开放基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术理学更多>>
- 多重序列比对的蚁群算法被引量：8
- 2006年
- 序列多重比对是生物信息学特别是生物序列分析中的一个重要的操作。提出了一种解决多重序列比对的蚁群算法,利用了人工蚂蚁逐个选择各个序列中的字符进行配对。在算法中,蚂蚁根据信息素、字符匹配得分以及位置偏差等信息决定选择各序列中的字符的概率,通过信息素的更新与调节相结合的策略,以及参数的动态自适应调节方法,较为有效地解决了局部收敛的问题,加强了算法寻求全局最优解的能力。实验显示,该算法可以有效解决多重序列比对问题。
- 陈娟陈崚
- 关键词：生物信息学蚁群算法
- 求解频率分配问题的自适应的多种群蚁群算法.被引量：13
- 2006年
- 提出一种自适应的多种群蚁群算法用于求解频率分配问题.算法将蚂蚁群体划分为若干个子群体,每个子群体的蚂蚁并行地进行优化.在寻优过程中,算法为每个蚂蚁子群体定义一个收敛系数,根据收敛系数来决定子群体内部的路径的选择和信息量的更新.算法同时根据各个子群体的解的质量和分布情况来自适应地决定信息交流策略,包括选择信息交流的对象和调节信息交流的周期以及信息更新策略,以取得各蚂蚁子群体中解的多样性和收敛性之间的动态平衡.对固定频率分配和最小跨度频率分配问题在并行计算机上的实验结果表明,本文算法不仅具有较快的全局收敛速度,而且有高质量的解和高的效率.
- 章春芳陈崚陈娟
- 关键词：多种群自适应
- 求解多重序列比对问题的蚁群算法被引量：3
- 2007年
- 多重序列比对是生物信息学特别是生物序列分析中一个重要的基本操作。提出求解多重序列比对问题的蚁群算法,利用人工蚂蚁逐个选择各个序列中的字符进行配对。在算法中,蚂蚁根据信息素、字符匹配得分以及位置偏差等信息决定选择各序列中字符的概率,通过信息素的更新与调节相结合的策略较为有效地解决了局部收敛的问题,加强了算法寻求全局最优解的能力。另外在该算法的基础上,提出了基于分治策略的多序列比对蚁群求解算法,不但减少了原算法的计算时间,而且显著改善了算法所求得的解的质量。
- 陈娟陈崚
- 关键词：生物信息学蚁群算法分治策略
- 用自适应的多种群蚁群算法求解频率分配问题被引量：6
- 2005年
- 提出一种自适应的多种群蚁群算法求解移动通信中的频率分配问题。该算法改变了传统蚁群算法只有一个蚂蚁群体的做法,使用多个蚂蚁子群体同时进行优化处理。为每个蚂蚁子群体定义一个收敛系数,根据收敛系数来决定子群体内部的路径选择和信息量更新、子群体间的信息交流策略,同时采用自适应的信息更新策略以取得各蚂蚁子群体中解的多样性和收敛性之间的动态平衡。通过对固定频率分配和最小跨度频率分配问题进行仿真的实验,表明此算法不仅具有较强的全局收敛性,而且有更快的寻优速度。
- 章春芳陈崚陈娟
- 关键词：蚁群算法多种群自适应
- 渐进方法结合蚁群算法求解多序列比对问题被引量：3
- 2006年
- 在所有多重序列比对算法中,渐进比对方法由于简单的算法和高效的计算在生物信息学中得到了广泛的应用。但是渐进方法最大的缺点是在早期阶段形成的错误不能在后期的计算中纠正过来。针对这个问题,我们设计了ProAnt比对算法,即渐进方法和蚁群算法相结合来求解多重序列比对问题。首先,对输入的多个序列进行预处理,用蚁群算法和概率一致性更新计算出所有字符对在最终比对中出现的概率,称为“后验概率”,计算后验概率是为了预防早期错误的发生。然后我们将后验概率作为字符对之间的匹配得分,用渐进方法得到最终的比对结果。用BAliBASE数据库对算法进行测试,实验结果显示,该算法能够在保持合理的运算时间的前提下显著改善渐进比对方法的正确性。
- 陈娟陈崚
- 关键词：多序列比对蚁群算法后验概率
- LARPBS上的快速可扩放的序列比对算法
- 本文给出了一种在LARPBS上进行基于求最大值操作的O(1)时间的前缀和算法。在此算法的基础上,给出了在LARPBS上的快速序列比对算法,对于长度为m、n的两个序列,该算法使用p个处理机可以在O(mn/p)时间完成,这里...
- 陈娟刘维陈崚
- 关键词：并行计算模型
- 文献传递
