陈琦
- 作品数：2 被引量：16H指数：2
- 供职机构：上海交通大学生命科学技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 代谢网络进化过程中拓扑结构与功能之间的关联被引量：4
- 2009年
- 代谢网络进化过程中酶的拓扑连接与它们的功能之间具有怎样的关联呢?这种关联在亲缘关系较近的物种间是否具有一定的相似性呢?以叶绿体和其内共生祖先蓝藻(Synechococcus sp.WH8102,syw)的代谢网络为对象,以大肠杆菌、拟南芥和红藻的代谢网络作为对照,研究酶的连接度与其功能之间的关联.结果表明,各个物种中不同代谢通路和性质分类(EC)的酶都具有不同的平均连接度,但是同一代谢通路或性质分类的酶在叶绿体和蓝藻syw中显示非常相似的连接度.另外,叶绿体与蓝藻syw之间的保守模块,如氨基酸代谢等,具有明显更高的平均连接度.而且,叶绿体和蓝藻中的同工酶都比其他酶具有更高的连接度,对应基础类代谢通路,并存于二者之间的保守模块中.因此,尽管内共生过程中叶绿体代谢组发生了较大的重组,但是网络拓扑结构与功能间的关联仍然与其祖先细菌蓝藻非常相似,说明这种关联可能用于衡量进化过程中物种间亲缘关系远近的程度.
- 王卓陈琦刘雷
- 关键词：代谢网络进化拓扑叶绿体蓝藻
- 代谢网络流分析进展及应用被引量：12
- 2010年
- 代谢网络的研究已经成为系统生物学研究的一个热门话题,基于代谢网络流分析的方法在寻求生物体代谢网络特征中具有很重要的作用.回顾了几种主要的代谢网络静态分析方法如:流平衡分析(FBA)、代谢调节最小化分析(MOMA)、调节的开关最小化(ROOM)、含有二次线性规划的动态流平衡分析方法(DFBA-LQR)等.另外,介绍了几种常用的代谢网络流分析软件,如FluxAnalyzer,COBRA Toolbox,PathwayAnalyser,并对这些软件的性能进行了比较.代谢网络的研究不仅能使人们更好地了解代谢网络性质,也在很多方面得到了应用,将代谢网络流分析和其他生化数据分析方法整合起来的理念逐渐形成并已有所进展,如代谢流与基因表达调控的结合、代谢流对蛋白质进化的影响、代谢流与拓扑特征的关联分析、代谢工程优化改造等.今后的研究方向可以将代谢流分析与网络拓扑特征分析以及动态建模等结合起来以获得更全面更准确的代谢网络性质.
- 陈琦王卓魏冬青
- 关键词：代谢网络基因调控拓扑特征
