严繁妹
- 作品数：9 被引量：4H指数：1
- 供职机构：国防科学技术大学计算机学院并行与分布处理国家重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金湖南省自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学理学更多>>
- 同源RNA序列搜索的并行化研究与实现
- cmsearch程序是目前最流行的同源RNA搜索工具之一,其最大的缺陷在于搜索速度过慢,严重影响了其应用范围.本文在细致分析cmsearch串行程序的基础上,基于序列划分策略采用两级工作池方式实现同源RNA的并行搜索,并...
- 严繁妹骆志刚管乃洋丁凡王金华
- 关键词：同源RNA序列并行化
- 文献传递
- 一种新的基于两序列比对的ncRNA基因识别模型
- 2007年
- 利用上下文相关隐Markov模型建立ncRNA基因基本二级结构模型,从两序列比对结果中提取序列相似性信息,并把该信息引入基本的上下文相关Markov模型中,从而构建出新的ncRNA基因识别模型。
- 管乃洋骆志刚严繁妹王金华
- 关键词：生物信息学非编码RNA基因识别
- 一种基于最小自由能和协变信息预测带伪结RNA二级结构的迭代化方法
- 多数RNA分子的结构在进化申是高度保守的，其中很多包含伪结。而RNA伪结的预测一直是一个棘手问题，很多RNA二级结构预测算法都不能预测伪结。本文提出一种基于迭代法预测带伪结RNA二级结构的新方法。该方法在给潜在碱基对打分...
- 王金华骆志刚管乃洋严繁妹靳新张雯
- 文献传递
- 基于最小自由能和协变信息预测带伪结RNA二级结构的迭代化方法被引量：3
- 2007年
- 多数RNA分子的结构在进化中是高度保守的,其中很多包含伪结。而RNA伪结的预测一直是一个棘手问题,很多RNA二级结构预测算法都不能预测伪结。文章提出一种基于迭代法预测带伪结RNA二级结构的新方法。该方法在给潜在碱基对打分时综合了热力学和协变信息,通过基于最小自由能RNA折叠算法的多次迭代选出所有的碱基对。测试结果表明:此方法几乎能预测到所有的伪结。与其他方法相比,敏感度接近最优,而特异性达到最优。
- 王金华骆志刚管乃洋严繁妹靳新张雯
- 关键词：RNA二级结构
- 基于并行的同源RNA序列快速搜索算法
- cmsearch程序是目前最流行的同源RNA搜索工具之一,其最大的缺陷在于搜索速度过慢,严重影响了其应用范围。文章基于序列划分策略采用两级工作池方式实现同源RNA的并行搜索,并对其中所涉及的通信和负载平衡问题进行了优化。...
- 严繁妹骆志刚管乃洋丁凡王金华
- 关键词：同源RNA序列并行化
- 文献传递
- 基于并行的同源RNA序列快速搜索算法被引量：1
- 2006年
- cmsearch程序是目前最流行的同源RNA搜索工具之一,其最大的缺陷在于搜索速度过慢,严重影响了其应用范围。文章基于序列划分策略采用两级工作池方式实现同源RNA的并行搜索,并对其中所涉及的通信和负载平衡问题进行了优化。测试结果表明,此文方法具有良好的可扩展性,在120个处理器时,并行效率可达86.3%,能够用于全基因组范围内的大规模同源RNA序列搜索。
- 严繁妹骆志刚管乃洋丁凡王金华
- 关键词：同源RNA序列并行化
- 同源RNA搜索并行算法研究
- 同源性搜索是生物信息学研究的基础课题之一。通过同源性搜索,生物学家可以从数据库中获得与查询序列相似的序列,从而快速获得大量有价值的参考信息,有助于进行更准确的深入分析。传统的基于序列的同源性搜索方法已经得到很好的发展,但...
- 严繁妹
- 关键词：生物信息RNA并行计算
- 文献传递
- 一种新的非编码RNA基因识别模型
- 本文介绍了上下文相关的隐Markov模型的概念,并在此基础上提出了一种新的基于比较基因组的隐Markov模型,以用于非编码RNA基因的识别。
- 管乃洋骆志刚严繁妹张雯王金华
- 关键词：基因测序基因识别
- 文献传递
- RNA二级结构预测中协变信息的检测
- 实现了一种RNA二级结构预测中协变信息检测的方法。该方法利用的是建立在进化树上的马尔可夫概率模型。它充分挖掘了序列的进化信息,是一个比较合理地反映两序列间进化关系的模型。
- 王金华骆志刚管乃洋严繁妹靳新
- 文献传递
