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杆状病毒-昆虫细胞系统表达的戊型肝炎病毒衣壳蛋白p495的纯化、结构解析以及免疫原性分析被引量：4: 2016年; 本研究目的是利用杆状病毒-昆虫细胞表达系统建立戊型肝炎病毒(HEV)p495蛋白的高效稳定表达和可放大纯化的方法,研究其理化性质和解析三维结构,与上市戊肝疫苗益可宁(Hecolin)进行免疫原性的比较。本研究选择基因1型HEV毒株的开放读码框2(ORF2)的aa112-606片段构建杆状病毒,感染昆虫细胞进行重组蛋白的表达,经过PEG沉淀和阴离子交换层析的纯化,获得纯度为95%以上的p495蛋白,每升细胞培养液最终获得15mg的目的蛋白。经ELISA、分析超离、分子排阻色谱和电镜负染等分析显示p495蛋白具有良好的抗原性且呈现为均一的病毒样颗粒(VLP),沉降系数为51.3S,颗粒直径约20nm。冷冻电镜三维结构解析获得分辨率为3.8的三维结构,揭示p495形成了T=1的等二十面体结构,与已报道的晶体结构相一致。小鼠免疫实验表明p495蛋白与益可宁中p239抗原的免疫原性相当。本研究为进一步开展HEV的受体鉴定、表位结构研究以及疫苗改进等奠定良好的基础。; 林庆山蒋婕李婷婷张玉云张振勇郑明华王凯航郑清炳俞海顾颖夏宁邵李少伟; 关键词：戊型肝炎病毒病毒样颗粒真核表达系统免疫应答

戊型肝炎病毒新潜在中和性表位的发现被引量：1: 2010年; 目的探讨戊型肝炎病毒（HEV）衣壳蛋白是否存在除主要免疫优势中和表位aa459～606以外的其他中和表位。方法通过对几株单克隆抗体及其表位的性质进行分析，对比位于主要免疫优势表位区aa459—606和位于该表位N端序列aa394～458区域的数个表位的中和活性。结果发现位于aa423～437的表位对应的单抗具有潜在中和活性，不同于已知的HEV中和性表位（aa459～606），该表位是一个线性非免疫优势表位。结论HEV ORF2 aa423～437为新的潜在的线性非免疫优势中和表位，该发现丰富了对HEV衣壳结构的认识，为HEV预防与治疗提供了新的针对靶点。; 郑子峥唐明苗季赵敏黄慧李婧娴俞海李少伟张军夏宁邵; 关键词：戊型肝炎病毒衣壳

病毒学的生物信息学研究: 第一部分、Grp78的同源模建及其HEV衣壳蛋白E2s的分子对接研究　　背景和目的：戊型肝炎病毒是急性肝炎的重要病因，并且在孕妇感染时很容易导致重症肝炎，具有较高的死亡率，死亡率高达20％。HEV基因组中的ORF2编...; 俞海; 关键词：戊型肝炎病毒急性肝炎 GRP78

一种人乳头瘤病毒56型L1蛋白的突变体: 本发明涉及一种突变的HPV56L1蛋白(或其变体)，其编码序列和制备方法，以及包含其的病毒样颗粒，所述蛋白(或其变体)和病毒样颗粒能够诱发抗至少两个型别的HPV(例如，HPV56和HPV66，或者HPV56、HPV53和...; 俞海王大宁魏双萍郑清炳李少伟夏宁邵; 文献传递

分子对接预测病毒表位的研究进展被引量：7: 2019年; 分子对接技术是基于相互作用分子的结构特征,预测蛋白质或酶与配体相互作用细节和反应机制的方法。与一般的实验方法比较,其具有快捷、自动化、高通量、低成本和信息丰富等特点。至今,由于局限于有限的结构信息,特别是分子的相互作用,人们对诸多病毒被受体识别并感染细胞过程和产生免疫保护仍然缺乏详细的理论基础,同时许多病毒导致的疾病仍缺乏有效的疫苗或药物。另一方面利用实验方法进行病原体的研究需要消耗大量的资源和时间,如何加速病毒学相关的基因组学信息分析和新发突发病毒的药物开发等过程,分子对接技术起到了不可或缺的作用。本文主要概述了分子对接技术的理论、搜索算法、打分函数、准确性及其在病毒表位预测中的应用,为计算机模拟的病毒表位预测及疫苗或药物研发提供参考。; 李子真黄洋俞海李少伟夏宁邵; 关键词：分子对接搜索算法打分函数表位预测肽疫苗

计算机模拟预测治疗性抗体聚集倾向性的进展及应用: 2017年; 由于具有靶向性高、不良反应少等优势,治疗性抗体已成为生物技术产业的重要研究领域。诸多重大疾病如肿瘤、自身免疫性疾病、心血管疾病、糖尿病、老年性痴呆等都有望用抗体药物进行治疗,以抗体为基础的分子设计和靶向治疗也是近年生物医药产业的最大增长点。但目前在抗体药物的研发和生产过程中仍然存在一些问题亟待解决。其中,抗体分子聚集是影响药物成药性的关键因素之一,筛选和设计稳定高效的抗体药物是药物研发早期阶段的重要目标。相较于传统筛选方法,应用计算机模拟技术预测蛋白质的聚集倾向为抗体药物的稳定性和高度可溶性提供了重要参考信息,将有效地提高药物的研发效率。本文重点介绍了已成功应用于治疗性抗体领域的聚集预测方法,并对这些方法的原理与应用前景进行总结,为基于计算机模拟的抗体研究提供参考。; 毕行建洪奇阳俞海李少伟夏宁邵; 关键词：治疗性抗体计算机模拟药物研发 DNA重组技术生物信息学

一例硫胺素代谢功能障碍综合征5型患儿的临床特点及遗传学分析: 2021年; 目的报告1例硫胺素代谢功能障碍综合征5型患儿的临床表现及基因特征。方法收集患儿的临床表现、实验室检查和家族史等资料,并采集患儿及其父母外周血样,进行全外显子组高通量测序,并验证该位点变异后对其TPK1酶活性的影响。结果患儿为4岁男孩,学龄前起病,以共济失调为首发症状。高通量测序发现其携带TPK1基因c.382G>A(p.Leu128Phe)纯合变异,既往未见报道,患儿父母分别携带该变异。人工合成的该TPK1变异序列显示,与对照组相比,TPK1基因在该位点的变异导致TPK1酶活性下降了30.9%。结论确诊了1例硫胺素代谢功能障碍综合征5型患儿,丰富了TPK1基因变异数据库。; 李少维周立志俞海陈先睿; 关键词：基因变异

转录组测序技术研究进展被引量：10: 2017年; 伴随高通量测序技术的快速发展,转录组测序（RNA-Seq）技术在各个研究领域已经得到广泛的运用.RNA-Seq通过分析不同细胞或者组织转录组的表达情况来揭示细胞的基因表达情况,结构特点和调控规律.近年来基于高通量测序技术的RNA-Seq分析方法发展迅速,涌现出一大批相关的分析方法和工具,如何根据实际需求选择合适的工具和分析流程,成为广大科研人员面临的问题.本文参照近几年在RNA-seq技术研究领域发表的文献,综述了RNA-Seq应用实际过程中涉及的分析方法、软件工具及其选用标准,为相关的研究和应用提供信息和参考.; 洪奇阳毕行建王大宁李子真俞海夏宁邵李少伟; 关键词：转录组高通量测序数据处理与分析

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俞海