张少强
- 作品数：23 被引量：18H指数：3
- 供职机构：天津师范大学计算机与信息工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金天津市自然科学基金天津市应用基础与前沿技术研究计划更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术理学生物学电子电信更多>>
- 基于大量ChIP数据集的果蝇顺式调控模块的从头预测
- 2018年
- 通过整合果蝇已有的ChIP数据集,采用模体发现算法FisherNet及高性能并行的模体聚类算法CLIMP对果蝇的顺式调控模块进行从头预测.与已知的顺式调控模块进行比对分析,结果表明该方法预测结果覆盖了数据集中已知顺式调控模块的82.93%,证明该方法具有一定的普适性.与较新的DePCRM算法进行比较,结果表明本算法在从头预测顺式调控模块上速度更快、精度更高.
- 李婷张少强
- 关键词：果蝇
- SuperLLEC:全新的链读和长读测序组装纠错算法
- 2022年
- 为了解决第三代测序数据较高的错误率和提高基因组组装精度,基于10X Genomics链读测序数据设计了一种针对PacBio长读数据的组装和纠错算法SuperLLEC。该算法使用Wtdbg2算法将PacBio长读测序数据拼接成支架序列,运用Bowtie2比对工具将链读序列比对到支架序列,并根据链读条码进一步组装支架序列;对不匹配的比对位点采用Fisher精确检验预测该位点为单核酸多态性或是PacBio测序错误的碱基。通过三组人类细胞的长读数据和链读数据的算法比较实验,证明该方法能够较明显地提高基因组组装的准确度、NG50长度和单核酸多态性位点预测精度。
- 崔雅轩张少强
- 关键词：纠错FISHER精确检验
- WDM网络中的排序与波长分配问题的一个多项式时间近似方案(英文)
- 2004年
- 本文考虑基于波分复用技术 (WDM)的光学网络中的排序与波长分配问题 .在波长数目固定的情况下 ,我们证明此问题是NP 困难问题 ,并且给出一个多项式时间近似方案 .若波长数目不固定 。
- 张少强李国君
- 关键词：WDM网络波分复用技术波长分配无线通信
- 求带释放时间的半导体煅烧排序的最短交付时间的一个高效PTAS(英文)被引量：3
- 2006年
- 本文研究一个目标是最小化最大交付时间的能分批处理的非中断单机排序问题.这个问题来源于半导体制造过程中对芯片煅烧工序的排序.煅烧炉可以看成一个能同时最多加工B(
- 张少强马希荣
- 关键词：排序多项式时间近似方案
- 基于异构并行计算的单细胞测序数据聚类算法被引量：1
- 2022年
- 随着单细胞RNA测序技术的发展,目前单细胞测序通量由上千细胞发展到主流上万细胞的规模。基于单细胞RNA测序数据的细胞分型是研究细胞的重要问题之一,该问题主要运用无监督聚类方法。现有针对大规模单细胞测序数据的聚类方法通过简化细胞关系网络来降低时间复杂度,从而导致细胞分型准确度降低。而常见较高准确度的细胞分型方法无法处理大规模数据。为此,采用将k最近邻与细胞相似度阈值结合构建全新的细胞关系网络,并采用CPU+GPU异构并行计算提高运算速度,通过改进的马尔科夫聚类算法进行细胞聚类。通过在七个较大规模单细胞数据集上实验,发现该算法比现有主要算法具有更好的聚类准确度,从而适合基于主流单细胞测序技术数据的细胞分型。
- 谢林娟李荔瑄张少强
- 关键词：无监督聚类并行计算细胞分型
- 一个求外平面图最小顶点赋权反馈点集的线性时间算法(英文)
- 2004年
- 若从一个图中去掉某些顶点后得到的导出子图是无圈图,则所去的那些顶点组成的集合就是原图的反馈点集.本文主要考虑外平面图中的反馈点集并给出了一个求外平面图最小顶点赋权反馈点集的线性时间算法.
- 张少强王骁力李国君
- 关键词：外平面图线性时间算法
- 平面图最小对分问题的一个O(logn)近似算法
- 2003年
- 研究对象仅限于平面图的最小对分问题 ,研究方法是借鉴U .Feige和R .Krauthgamer的“分解 -组合”思想 ;在算法的设计上有新的较大的改进 。
- 王继强张少强
- 关键词：标号
- 一个求分批排序最小时间表长的多项式时间近似方案被引量：4
- 2004年
- 给定一个批处理系统 {pi,ri:i=1,… ,n} ,pi,ri 分别代表工件i的加工时间和释放时间 ,该系统至多可以同时处理B(批容量 )个工件 .一个批次的加工时间是此批次所包含所有工件的加工时间的最大者 .最后一个被加工完工件的完工时间常被称为时间表长 (makespan) ,主要给出了一个求分批排序最小时间表长的多项式时间近似方案 (PTAS) .
- 孙锦萍李曙光张少强
- 关键词：排序释放时间
- 任务长度可变的多机排序问题被引量：1
- 2005年
- 把由Czumaj等人提出的用于网络信息搜索的任务长度可变的排列问题推广到任务长度可变的多机排序问题,证明该问题的判定形式是NP困难的,而且对任务最大完成数目的优化形式给出了一个近似比α小于4的近似算法.
- 陈勇张少强
- 关键词：排序网络搜索
- 一种基于信息容量的模体比较非比对度量算法
- 2014年
- 为了有效度量2个模体的相似度,提出一种带有信息容量的用于模体比较的非比对度量算法ICBSM.该算法通过将一个模体的位置频率矩阵在另一个模体的带有信息容量的位置赋权矩阵上滑动,计算出2个模体间的相似度,算法依赖参数少,计算效率高.与其他7种度量法进行比较分析,结果表明:ICBSM可以在数据库查找中更准确地匹配模体,并且能够更有效地聚类相似模体,区分出不相关的模体,为找回模体和分组密切相关模体等方面的研究工作提供有效的计算工具.
- 郭丽娟张少强花季伟
- 关键词：信息容量转录因子结合位点
