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土壤微塑料与微生物的相互作用关系被引量：8: 2022年; 作为新兴污染物,微塑料的生态和环境影响受到广泛关注.本文以近十年发表的文献为基础,系统分析和综述了土壤微塑料与微生物的相互作用关系.分析结果发现微塑料与微生物存在复杂的相互作用关系,例如微塑料携带外源微生物进入土壤环境,并通过释放添加剂和吸附物对土壤微生物产生影响,且微塑料通过改变土壤理化性质、土壤动物肠道微生物和植物根际微生物间接改变土壤微生物,包括改变土壤微生物的生物量、群落结构和功能,此外,土壤微生物对微塑料的降解也起到了一定的作用.基于这些分析结果,文章还展望了未来应该深入研究的关键科学问题,旨在促进土壤微塑料对生态系统和健康影响评估研究.; 黄艺贾薇茜李康杨云锋; 关键词：土壤微生物生态效应降解

基因芯片数据预处理方法(LnMR和RAln)的评估和比较被引量：3: 2015年; 【目的】评估并比较两种基因芯片数据预处理方法(Ln MR和RAln)。【方法】以西藏高寒草甸草原夏季放牧实验和中国东部农田土壤移栽与玉米种植交互作用实验的两套基因芯片数据为例,利用等级-丰度曲线、均匀度指数、单因素方差分析、Q-Q图、α多样性和响应比等统计方法评估预处理效果。【结果】两种方法均能有效缩小极值和信号差异,改善信号分布,减小随机误差,提高数据正态性,增强实验结果的趋势,使芯片数据更适于进一步统计分析。两种预处理方法各有特点,Ln MR法更适合检测不同处理间微生物结构差异,RAln法可以一定程度上消除基因芯片测定的系统误差。【结论】Ln MR法和RAln法是两种行之有效的基因芯片预处理方法,在实际分析中研究者应根据研究需要合理选择。; 郑乔舒岳淏伟杨云锋; 关键词：基因芯片微生物生态 LN MR

中高温污泥厌氧消化系统中微生物群落比较被引量：14: 2016年; 【目的】结合中温与高温消化两者优势的两相厌氧消化工艺可能是推进污泥厌氧消化发展的重要方向,因此,探究和比较中温和高温污泥厌氧消化系统中微生物群落组成的异同具有重要意义。【方法】利用高通量测序技术检测中温和高温厌氧消化系统中细菌与古菌的16S r RNA基因序列信息和真菌的内转录间隔(ITS)序列信息,利用基因芯片(Geo Chip 5.0)检测病毒和病原菌致病基因的信息,以对比中温和高温条件下微生物群落在物种组成和功能基因层面上的异同。【结果】中温和高温条件下细菌和古菌在群落物种组成上存在显著差异,病毒和病原菌毒性基因也显著不同,而两种系统中真菌群落的物种组成相似且丰度相对较低。中温条件下产甲烷古菌和未分类微生物相对丰度较高,而高温条件下产酸及嗜热菌相对丰度较高,且高温消化后病毒和病原菌毒性基因相对丰度下降。微生物群落结构与COD、TS和VS有着显著相关性。【结论】微生物群落组成和功能基因在中高温的污泥厌氧消化系统中显著不同,从而解释了两个系统功能的差异。微生物群落的形成与进水参数相关,说明微生物对进水条件敏感。; 王腾旭马星宇王萌萌禇厚娟左剑恶杨云锋; 关键词：污泥厌氧消化微生物微生物生态

基于分子生态学网络探究西藏草地放牧对土壤微生物群落的影响（英文）被引量：10: 2015年; 【目的】揭示西藏地区放牧对在功能基因层面上的微生物相互作用的影响。【方法】利用最近发明的网络工具(基于随机矩阵理论的分子生态学网络)分别在对照和放牧条件下分析基因芯片中碳循环和氮循环基因。【结果】碳和氮循环基因网络在对照和放牧条件下都具有无标度、小世界、模块性和层次性的拓扑学特征。放牧条件下的网络关键基因(模块枢纽和连通者)与对照显著不同。放牧导致网络变得小而紧密,暗示环境压力的存在。地上植物生物量与微生物基因网络显著相关(P=0.001),证实了研究样地地上植物与地下微生物紧密相连。【结论】放牧显著改变了西藏草地在功能基因层面上的微生物相互作用关系。; 孙欣汪诗平林巧燕周集中杨云锋; 关键词：功能基因碳氮循环

环境微生物学的组学技术应用和突破短标题:环境微生物学的组学技术(英文)被引量：5: 2013年; 由于研究环境变化和微生物群落的需要,近年来高通量组学技术得到了迅猛开发和应用。其中,基于测序和芯片技术的宏基因组学是一个关键的、最成熟的组学技术,为大多数的其它组学技术提供了支撑。相比较而言,宏转录组学、宏蛋白质组学和宏代谢组学也取得了少数的有限成功,但已经显示出可喜的潜力。所有的组学技术都有赖于生物信息学,使得后者成为组学技术应用的一个主要的技术瓶颈。这些新的组学技术对环境微生物学领域产生了革命性的影响,极大地丰富了我们对于环境微生物基因资源和功能活性的了解。; 杨云锋; 关键词：宏基因组学碳循环氮循环

全球变化背景下的土壤生物学研究进展被引量：17: 2015年; 本文基于中国科学院学部学科发展战略研究项目"土壤和土壤生物学发展战略研究"和国家自然科学基金专项基金项目"土壤生物学发展战略研究"的部分研究成果。系统综述了土壤生物对全球变化的调节作用,全球变化背景下土壤生物网络的响应与反馈,全球变化敏感区域的土壤生物群落特征与演变等方面的国内外研究进展,并提出了未来研究将面临的主要挑战和发展方向。; 陆雅海傅声雷褚海燕杨云锋刘占锋; 关键词：全球变化土壤生物学温室气体

环境微生物的宏基因组学研究新进展被引量：56: 2013年; 宏基因组学以环境中微生物的基因组的总和为研究对象,从而规避了传统方法中绝大部分微生物不能培养的缺陷,因此近年来在环境微生物学研究中得到了广泛应用。本文重点介绍了宏基因组学技术中关键的两类技术:即以罗氏454及Illumina为代表的高通量测序技术和以基因芯片(GeoChip)为代表的基因芯片技术在微生物研究中的应用。测序技术可以发现新物种和新基因,但由于测序深度有限,定量性差,不易发现低丰度物种,且易受污染物干扰。芯片技术很好地克服了这些局限,但不易于发现新基因。本文介绍了这些技术近年来在气候变化、水处理工程系统、极端环境、人体肠道、石油污染修复、生物冶金等方面取得的部分代表性成果。在此基础上,对宏基因组技术在环境微生物研究方面的未来发展方向提出了预判和展望。我们认为由于两种技术各自的优缺点,今后将两类技术结合起来的综合研究会越来越多。另外,由于大量数据的处理方法已成为制约宏基因组学发展的瓶颈,相应的生物信息学技术开发将是未来科研的热点和难点。; 孙欣高莹杨云锋; 关键词：宏基因组学生物信息学高通量测序基因芯片

从功能基因到土壤功能过程:基于基因芯片的解析: 本报告将集中汇报在工作中发现的土壤微生物群落的功能基因和碳氮循环的关系。通过农田土壤移栽模拟气候变化的实验，发现植被对微生物群落的影响大于气候变化。微生物功能基因与土壤呼吸的相关性只在农田裸土中可以检测到，而微生物氮循环...; 杨云锋; 关键词：土壤功能微生物群落基因芯片碳氮循环; 文献传递

污水中包膜病毒离心超滤浓缩方法研究: 2022年; 针对污水中包膜病毒高效富集浓缩方法缺乏的问题,以Phi6噬菌体为模式包膜病毒,系统考察了超滤浓缩方法对污水样本中Phi6噬菌体的富集浓缩效果。结果表明,超滤筒的截留分子质量越小,对污水中Phi6噬菌体的回收率就越高,但所需浓缩时间也会增加。综合考虑回收率和耗时,推荐采用截留分子质量为10 ku的超滤筒,在4℃条件下3000g正向离心28 min、1000g反向收集5 min,浓缩倍数为110倍,回收率可达到(32±3.7)%。; 李方旭杨伊菡周小红杨云锋刘锐平陆韻刘艳臣黄霞; 关键词：包膜病毒污水超滤

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杨云锋

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