罗美中
- 作品数：16 被引量：17H指数：3
- 供职机构：华中农业大学生命科学技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金公益性行业(农业)科研专项国家重点实验室开放基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学轻工技术与工程建筑科学更多>>
- 基于克隆DNA混合池的全基因组测序方法
- 本发明公开了一种基于克隆DNA混合池的全基因组测序方法。该方法首先构建BAC文库并构建BAC克隆DNA混合池，再对混合池DNA进行高能量测序；解析出克隆的特征序列集合与k-mer集合，利用克隆的特征序列构建出克隆重叠群，...
- 罗美中潘永龙
- 文献传递
- PAN(pooling-based assembly of NGS):一种全基因组测序新方法
- 全基因组序列犹如解析各物种生物学功能的词典，其完整性和准确性至关重要。没有物理图谱作框架的第二代全基因组序列拼装非常困难，然而，原有物理图谱构建方法非常昂贵。我们发明了一种方法，称为PAN(Pooling-based A...
- 潘永龙王晓明刘琳王皓罗美中
- 关键词：PANNGSBAC物理图谱
- 1个水稻产量QTL区段及品系特异性重复序列的比较分析被引量：1
- 2011年
- 为克隆1个水稻产量QTL,对遗传作图亲本珍汕97和明恢63物理图谱上与该QTL相对应的区段进行了比较分析,关闭了2个物理图谱在该区段的物理缺口,对该区段珍汕97和明恢63 BAC末端序列分别与日本晴参考序列之间的预测单核苷酸多态性SNP位点进行了检验,发现大部分预测SNP序列正确,而有一部分预测SNP为BAC末端测序错误。验证了的SNP将是基因和QTL克隆的重要分子标记。同时对代表性的推测水稻中花11基因组特有重复序列进行了验证。
- 夏鹏林海艳罗美中
- 关键词：水稻物理图谱比较基因组学单核苷酸多态性
- 水稻培矮64S(PA64S)基因组BAC文库的构建与分析被引量：1
- 2010年
- 9311和培矮64S(PA64S)分别是我国超级杂交稻两优培9(LYP9)的父母本,9311的基因组已由北京基因组研究所测序,而PA64S至今仍无任何可供公众使用的基因组资源,对PA64S基因组的研究将有助于对9311和PA64S这对亲本基因组的比较研究和其上优良基因的克隆,为LYP9的基因组研究提供帮助。以水稻PA64S的幼嫩叶片作为材料,为该品种构建了第一个高覆盖率、高质量的BAC文库。该文库一共有37632个克隆,平均插入片段为138kb,覆盖水稻全基因组12倍左右,空载率仅为1.5%,线粒体和叶绿体污染率仅分别为0.35%和1.85%。该文库克隆被存放于98个384孔板中并储存在-80℃冰箱中,将作为公共基因组资源向研究者开放。
- 毛丹青罗美中
- 关键词：水稻细菌人工染色体基因组文库
- 一个高质量BAC资源的创建和应用平台
- BAC(Bacterial Artificial Chromosome,细菌人工染色体)及其相关资源仍然在完整基因克隆分析、功能基因原位克隆、基因组比较研究、全基因组和目标区段测序等方面起着重要的作用.我们已建立起一个从...
- 戴钊钊刘家栋邵凌云陈波王皓刘德芳李佳栋李道勇施少鹏杨学罗美中
- 关键词：BAC全基因组测序
- 稻曲病菌UV-2菌株细菌人工染色体文库构建及分析被引量：5
- 2013年
- 【目的】稻曲病(Rice false smut)是由稻曲病菌[Villosiclava virens(Cooke)Tak.]引起的严重危害水稻的真菌病害。构建稻曲病菌UV-2的大片段DNA细菌人工染色体(Bacterial artificial chromosome,BAC)文库,为致病相关基因的鉴定及在图位克隆、比较基因组学等方面的研究奠定基础。【方法】以幼嫩菌丝为材料制备大分子基因组DNA包埋块,用Hind III部分酶解后经脉冲凝胶电泳筛选,回收大片段DNA并与pIndigoBAC536-S载体连接,连接产物转化大肠杆菌菌株DH10B T1 Phage-Resistant细胞后进行蓝白斑筛选,白色菌落捡入384孔板置于80°C低温保存。【结果】成功构建UV-2菌株的高质量、高覆盖度的BAC文库,该文库共含10 368个克隆,平均插入片段为124.4 kb,空载率小于1%,约覆盖该菌基因组的36.8倍。【结论】克服了真菌大分子基因组DNA制备难控制的技术难题,建立了首个稻曲病菌的BAC文库。该文库已作为一种公共基因组资源向研究者开放(http://GResource.hzau.edu.cn)。
- 刘庆丽王晓明王革娇罗朝喜谭新球罗美中
- 关键词：细菌人工染色体稻曲病稻曲病菌
- 高抗黑胫病烤烟BAC文库的构建及分析
- 2020年
- 烟草是重要的模式植物。本研究利用pIndigoBAC536-S载体及Hind Ⅲ限制性内切酶酶解烟草基因组DNA的方法,构建了烟草新品系14-60的细菌人工染色体(BAC)文库。该文库共包含414,720个克隆,保存在1080块384板中。随机挑选的120个烟草BAC克隆检测结果表明,外源插入片段大小为97.0~145.5 kb,平均约为123 kb,空载率极低(0),覆盖烟草基因组11倍。用烟草hem A基因、eIF4E-1基因、NtFT基因的特异引物进一步验证,该文库质量高、可用性强,为烟草黑胫病抗性基因的克隆以及其他重要农艺性状和品质性状等功能基因克隆研究提供了基础资源。
- 董庆园马德清杨学刘勇黄昌军袁诚方敦煌于海芹童治军沈俊儒许银莲罗美中李永平曾建敏
- 关键词：基因组DNA基因筛选
- OsVIP1 RNAi转基因水稻植株的构建被引量：2
- 2012年
- 为进一步阐明农杆菌介导的遗传转化分子机制,进而利用分子生物学方法提高农杆菌转化水稻效率,以水稻品种中花11为遗传转化受体材料,利用RNAi技术对水稻中拟南芥AtVIP1蛋白的同源蛋白进行了功能研究。通过同源性比对得到水稻中拟南芥AtVIP1蛋白的同源蛋白序列,命名为OsVIP1,构建了该蛋白基因2个片段(R1和R2)的RNAi表达载体pDS1301-2-R1和pDS1301-2-R2,通过农杆菌介导的方法分别转化水稻中花11。对转基因抗性愈伤进行统计,结果表明,由携带pDS1301-2-R1和pDS1301-2-R2载体转化的抗性愈伤的形成受到一定程度抑制。经PCR检测,证明2个片段R1和R2均成功整合到再生水稻植株基因组中;半定量RT-PCR分析显示部分RNAi转基因植株中OsVIP1基因表达被成功抑制。
- 娄丽娟史雪罗美中
- 关键词：水稻RNAI转基因
- 基于克隆DNA混合池的全基因组测序方法
- 本发明公开了一种基于克隆DNA混合池的全基因组测序方法。该方法首先构建BAC文库并构建BAC克隆DNA混合池，对混合池DNA进行双末端的高通量测序；解析克隆的特征序列集合与k-mer集合，利用克隆的特征序列构建克隆重叠群...
- 罗美中潘永龙
- 文献传递
- 阿维链霉菌BAC文库的构建及分析被引量：3
- 2016年
- 为进一步阐明阿维菌素的生物合成路径和调控途径,提高阿维菌素的产量,采用BamHⅠ限制性内切酶酶解阿维链霉菌基因组DNA的方法,构建了阿维链霉菌的细菌人工染色体(BAC)文库。该文库共包含2 304个克隆,平均插入片段为101kb,空载率约9%,覆盖了该菌基因组的25.9倍。该文库的成功构建可以为其他微生物尤其是基因组具有磷硫酰化修饰的微生物的文库构建提供参考。
- 刘家栋王革娇罗美中
- 关键词：阿维链霉菌阿维菌素
