董蕴源
- 作品数：11 被引量：16H指数：3
- 供职机构：中国人民解放军军事经济学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金湖南省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术文化科学更多>>
- 基于计算思维能力培养的文科类军队院校计算机课程体系建设被引量：2
- 2014年
- 针对如何利用有限的时间和有限的教学内容培养文科类军队院校学员的计算思维能力的问题,分析了文科类军队院校当前计算机课程的教学现状,提出了文科类军队院校计算机课程体系建设和教学内容改革的建议。
- 董蕴源阳亮
- 关键词：计算思维课程体系教学内容
- 为何在蛋白质相互作用网络中伪hub没有致命性?（英文）
- 2014年
- 在系统生物学中,中心性-致命性法则的机制至今仍是一个有争议的问题。但是,在蛋白质-蛋白质相互作用网络中,存在很多伪hub,它们并不具有致命性。为了解释这一现象,作者提出了三个新的度量标准:n-neighbor、n-ip和n-ibep,并从拓扑和功能两方面将伪hub与致命性hub进行比较,发现两者所有的区别都具有统计学意义。实验结果显示伪hub具有更高的进化速率,参与了较少的子图且倾向于与非致命性蛋白质发生相互作用。
- 董蕴源王勇献
- 关键词：致命性
- 蛋白质相互作用网络的拓扑结构特征与功能致命性研究
- 随着人类基因组计划及多种模式生物测序项目的完成，生物信息学的研究也步入后基因时代。各种高通量技术的广泛发展和海量生物学数据的产出，使得基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等“组学”越来越成为人们研究的热点，并孕育了系...
- 董蕴源
- 关键词：蛋白质相互作用网络系统生物学
- 文献传递
- 基于流处理的生物序列数据库搜索多层次加速方法
- 本发明公开了一种基于流处理的生物序列数据库搜索多层次加速方法，目的是在保证搜索准确性、较低成本的前提下，加快生物序列数据库搜索速度。技术方案是先构建由多台个人计算机组成的集群系统，指定一个主控节点机器；主控节点机器将数据...
- 王勇献王正华董蕴源车永刚徐传福彭宇行王意洁邢座程
- 文献传递
- 一种基于KEGG数据库重构代谢网络的新方法被引量：6
- 2010年
- 从代谢物、酶和生化反应信息重新构建正确的代谢网络是各项代谢网络相关研究非常关键的第一步。针对以往重构方法存在的数据难以及时更新、数据有冗余、获取数据慢等问题,本文采用分而治之的递归策略,提出了一种基于KEGG数据库自下而上重构全物种代谢网络的新方法。与以前的方法相比,本方法的优点在于:使用KEGG的Web服务获取数据,以保证数据的准确性和及时更新;依靠KEGG/PATHWAY库的数据选择机制选取数据,以保证构建网络的数据无冗余;整个方法基于Java实现,保证程序的跨平台通用性;通过构建MySQL本地数据库将远程数据本地化,大大降低数据读取的时耗。评估结果显示,该方法不仅能够保证重建网络数据的准确性和及时更新,而且有效地提高了多物种多次重构情况下的网络重构效率。
- 周婷婷容健锋王正华董蕴源王勇献朱云平
- 关键词：代谢网络网络构建WEB服务MYSQL
- 啤酒酵母、秀丽线虫和大肠杆菌蛋白质相互作用网络的近似二分模式分析被引量：2
- 2008年
- 在深入分析啤酒酵母、秀丽线虫和大肠杆菌的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络模式的基础上,针对近似二分模式的挖掘,改进已有模型并提出了二分系数这一评价标准.实验结果表明,在相同条件下,所提出的模型比先前的模型效果略好,可以有效地挖掘出PPI网络中的近似二分模式.
- 董蕴源王正华王勇献
- 利用基于Normal矩阵的谱平分法挖掘酵母蛋白质相互作用网络中的社团被引量：4
- 2008年
- 蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络是生物网络的重要组成部分,也是后基因组时代的热点研究问题。揭示PPI网络中的社团结构,对于理解其复杂相互作用的结构和动态特征,了解活体细胞的结构和功能都有很大作用。但目前对于PPI网络结构的分析带有很强的试探性,还没有成熟可靠的方法。传统的谱平分法需要预先知道社团的个数,为了克服这一缺点,在无向无权的PPI网络中使用改进后的基于Normal矩阵的谱平分法,得到了55个有生物学意义的社团。实验结果表明:尽管PPI网络中的社团结构不是很明显,基于Normal矩阵的谱平分法依然可以有效地挖掘出其中具有生物学意义的社团结构。
- 董蕴源王正华王勇献
- 关键词：PPI网络社团结构谱平分法
- 基于流处理的生物序列数据库搜索多层次加速方法
- 本发明公开了一种基于流处理的生物序列数据库搜索多层次加速方法，目的是在保证搜索准确性、较低成本的前提下，加快生物序列数据库搜索速度。技术方案是先构建由多台个人计算机组成的集群系统，指定一个主控节点机器；主控节点机器将数据...
- 王勇献王正华董蕴源车永刚徐传福彭宇行王意洁邢座程
- 文献传递
- 蛋白质相互作用网络的几种聚类方法综述被引量：4
- 2009年
- 蛋白质相互作用网络是后基因组时代系统生物学研究的重要内容。针对蛋白质相互作用网络中的聚类问题,介绍了几种代表性的聚类分析方法,初步分析了这些方法的特点,指出了当前研究工作的困难与挑战,并对今后的研究方向作了展望。
- 王正华董蕴源王勇献
- 关键词：蛋白质相互作用网络谱聚类
- 基于谱方法的蛋白质相互作用网络分析
- 人类基因组及多种模式生物测序项目完成后,生物信息学的研究也随之步入后基因时代。后基因时代的热点研究领域之一是蛋白质组学。其中,蛋白质相互作用网络又是蛋白质组学研究中的重点。蛋白质相互作用网络分析对蛋白质组学的研究乃至人类...
- 董蕴源
- 关键词：蛋白质相互作用网络社团结构
