公共文化服务平台

袁菊: 作品数：23 被引量：8H指数：1; 供职机构：西北农林科技大学更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划北京市科委重大项目更多>>; 相关领域：医药卫生生物学农业科学更多>>

合作作者

HBxAg蛋白反式激活基因5的生物信息学分析及真核表达载体的构建: 2007年; 目的对HBxAg蛋白反式激活基因5(XTP5)进行生物信息学分析,并构建其真核表达载体。方法利用生物信息学软件对XTP5基因进行CpG岛、启动子活性、转录终止信号和氨基酸的一、二级结构以及信号肽、跨膜特性和功能基序进行预测。构建XTP5基因的真核表达载体pcDNA3.1-XTP5和pGBKT7-XTP5。结果生物信息学分析发现XTP5基因有200bp左右的CpG岛,有高启动子活性序列、转录终止信号位点,二级结构以Helix为主,存在信号肽的概率为0.0000A,无跨膜区域信号,存在数个功能基序。成功构建了XTP5基因的真核表达载体pcDNA3.1-XTP5和pGBKT7-XTP5。结论为深入研究XTP5结构和功能、进一步探讨乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)发病机制创造了条件。; 蓝贤勇安纪红成军武会娟张丽娟陶明亮袁菊张黎颖洪源毛羽陈宏; 关键词：乙型肝炎病毒X蛋白生物信息学

新基因p7TP3剪切体1的克隆与亚细胞定位: 2007年; 利用RT-PCR技术扩增丙型肝炎病毒p7蛋白反式调节基因3剪切体1(p7TP3剪切体1)开放阅读框序列。将目的基因片段插入pGEM-T载体中,经双酶切和测序鉴定后,定向克隆至荧光表达载体pEGFP-C1,EcoRI及BamHI双酶切鉴定。脂质体法转染HepG2细胞,荧光显微镜下观察确定其亚细胞定位。结果表明,p7TP3剪切体1片断长度为381 bp,与预期结果一致;亚细胞定位结果表明,该蛋白定位于细胞浆中。; 陶明亮袁菊成军靳亚平; 关键词：克隆转染亚细胞定位

应用酵母双杂交技术筛选与乙型肝炎病毒e抗原结合蛋白2结合的肝细胞蛋白编码基因被引量：1: 2008年; 目的构建乙型肝炎病毒e抗原结合蛋白2(HBEBP2)的真核表达载体并筛选人肝细胞中与HBEBP2相互作用的基因。方法通过PCR扩增获得HBEBP2基因,构建真核表达载体pGBKT7-HBEBP2,转化酵母菌AH109并在其中进行表达。随后与预转化了人肝细胞文库质粒pACT2的酵母细胞Y187进行配合,在营养缺陷型培养基(SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade)和铺有X-α-gal的营养缺陷型培养基(SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade)上进行双重筛选获得阳性克隆。提取文库质粒pACT2-DNA并与pGBKT7-HBEBP2共同转化AH109酵母菌株,于铺有X-α-gal的营养缺陷型培养基(SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade)上进行筛选以排除假阳性克隆。挑取真阳性克隆送测序,并进行生物信息学分析。结果筛选出6种与HBEBP2相互作用的蛋白,其中包括人类线粒体蛋白、人类α-2-糖蛋白1、人类磷酸甘露糖-p-长醇利用缺陷1和人类丝氨酸蛋白酶抑制剂等4个已知功能蛋白及2个未知功能序列。结论筛出人肝细胞中一组与HBEBP2相互作用的蛋白,为进一步探讨HBEBP2在HBV致病过程中的作用奠定了基础。; 梁赟磊成军邢卉春王琦李越张斌樊万虎袁菊张黎颖洪源; 关键词：双杂交系统技术蛋白质相互作用

酵母双杂交技术筛选p7TP2蛋白结合肝细胞蛋白的编码基因: 2007年; 目的筛选HCVp7蛋白反式调节蛋白p7TP2的结合蛋白,探讨HCV的致病机制及新蛋白p7TP2的生物学功能。方法应用酵母双杂交系统3,将多聚酶链反应(PCR)法扩增的p7TP2基因连接入酵母表达载体pGBKT7中构建诱饵质粒,转化单倍体酵母细胞AH109并在其内表达,然后与转化了人肝细胞文库质粒pACT2的单倍体酵母细胞Y187进行配合,在营养缺陷型培养基和X-α-半乳糖(X-α-gal)上进行双重筛选,提取阳性酵母菌落的质粒转化大肠埃希菌氨苄青霉素-LB平板上选择并测序,结果在GenBank中进行生物信息学分析。然后将阳性文库质粒与诱饵质粒回交,以证实其相互作用。结果筛选出与p7TP2结合的蛋白基因10个,其中包括金属硫蛋白2A、载脂蛋白H、蛋白C、果糖二磷酸醛缩酶B、配对免疫球蛋白样2型受体α、CTL1基因类胆碱运输蛋白等已知功能蛋白基因相互作用,回交试验已经证实其相互作用。结论由本研究结果发现p7TP2蛋白可以结合一系列不同功能的肝细胞蛋白,作为一种新基因,对它的进一步作用机制的研究将为阐明HCV感染及慢性肝炎、肝纤维化和肝癌的病理机制提出新的思路。; 袁菊成军洪源靳亚平韩莉陶明亮李越王琦; 关键词：酵母双杂交抗凝血

HCV p7蛋白反式调节新基因3及其剪切体克隆化和生物信息学分析: 2006年; 目的:筛选HCV p7病毒蛋白反式调节的新靶基因p7TP3,克隆p7TP3基因及其不同剪切体基因序列,并进行功能分析,探讨丙型肝炎病毒(HCV)p7病毒蛋白在HCV致病过程中的作用．方法:依据我们构建的真核表达载体pcDNA 3．1(-)-p7转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取总RNA,逆转录为cDNA后进行基因表达谱芯片分析,利用生物信息学技术获得新基因 p7TP3及其可变剪切体的编码序列,设计特异性引物,并对其进行克隆化研究. 结果:经测序鉴定获得新基因p7TP3的编码序列,并发现了p7TP3的不同剪切体,对 D7TP3基因组进行分析,获得剪切体的编码序列,并进行了克隆化研究及生物信息学分析．p7TP3(416 bp)编码蛋白质序列比 p7TP3(477 bp)少TQNTDVYPGLAVFFQNAL IFFSTLIY 26个氨基酸残基,其余序列相同．结论:HCV p7蛋白是一种典型的病毒基因组编码的具有反式调节作用的蛋白．利用分子生物学技术与生物信息学分析,发现并鉴定了HCV p7TP3反式调节作用的新的靶基因 p7TP3及其剪切体,为阐明HCV p7蛋白的反式调节作用及其机制开辟了新的研究方向．; 陶明亮成军王春花郭江袁菊靳亚平毛羽; 关键词：丙型肝炎病毒剪切体生物信息学

HCV p7蛋白反式调节基因p7TP2的克隆化及生物信息学分析被引量：6: 2006年; 目的:克隆HCV p7蛋白反式调节未知功能新基因p7TP2,构建其真核表达载体,并应用生物信息学初步探讨其结构及功能．方法:应用PCR技术从HepG2细胞提取的 cDNA扩增p7TP2基因,选用pGEM-T载体进行TA克隆,通过PCR,限制性酶切分析及测序进行鉴定,再将其亚克隆到真核表达载体 pcDNATM3．1／myc-His A,通过PCR,限制酶切分析进行鉴定,并应用生物信息学初步分析其物理化学性质、蛋白质结构域、功能及染色体定位．结果:成功从HepG2细胞提取的cDNA中扩增出p7TP2基因,编码区为495核苷酸(nt),编码产物为164氨基酸残基(aa),经核苷酸序列数据库(GenBank)同源序列的搜寻,与已知基因序列和蛋白序列之间没有显著同源性,属于未知功能新基因,并成功进行TA克隆,酶切、测序均正确,并进一步亚克隆至pcDNATM3．1／ myc-His A真核表达载体,生物信息学分析此基因位于8q24．3,Mr17 146．5,理论pI:9．26,半衰期为30 h(体外哺乳类网状细胞),属于不稳定蛋白,疏水指数较高,含有潜在的三个螺旋区域,四个β折叠,四个蛋白激酶C磷酸化位点, 一个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,5个N-肉豆蔻酰位点,预测可能为具有不紧密的球蛋白结构,具有信号肽及两个跨膜结构域．结论:发现了HCV p7反式调节新的靶基因, 构建了pcDNATM3．1／myc-HisA真核表达载体．; 袁菊郭江成军陶明亮蓝贤勇洪源靳亚平毛羽; 关键词：HCV 反式调节基因克隆化

HCV NS5A反式激活基因NS5ATP13对肝癌细胞生长的影响被引量：1: 2011年; 目的验证HCV NS5A对NS5ATP13基因反式激活作用,并检测NS5ATP13基因表达产物对Huh-7细胞系生长的影响。方法应用实时定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法验证HCV NS5A对NS5ATP13基因的反式激活作用,构建NS5ATP13与绿色荧光蛋白(GFP)的融合蛋白表达载体,用荧光显微镜观察NS5ATP13-GFP融合蛋白在细胞的分布。结果 HCV NS5A可反式激活NS5ATP13基因的表达,NS5ATP13-GFP融合蛋白荧光主要集中在细胞核质,转染细胞出现大量双核及多核现象,活细胞发光法检测NS5ATP13具有促进细胞增殖的作用。结论 NS5ATP13基因生物学功能的研究,为HCV致肝纤维化和肝癌的病理机制研究提供新的思路。; 袁菊成军洪源陶明亮李康石磊; 关键词：反式激活细胞定位细胞增殖

HCV p7下调基因p7TP2启动子序列的克隆及转录活性检测: 2008年; 【目的】克隆p7TP2基因的启动子区域,并检测HCV p7TP2启动子的转录活性。【方法】通过分析确定p7TP2基因翻译起始密码子ATG上游1 203 bp至下游147 bp的基因组DNA序列作为启动子,克隆启动子片段并构建载体pCAT3-p7TP2-p和pGLB-p7TP2-p,转染HepG2细胞,应用CAT表达系统和双荧光素酶系统检测启动子活性。【结果】克隆了预测具有启动子活性的片段,成功构建了pCAT3-p7TP2-p和pGLB-p7TP2-p载体,转染pCAT3-p7TP2-p的HepG2细胞,CAT表达活性是转染pCAT3-Basic细胞的5.98倍;转染pGLB-p7TP2-p的HepG2细胞,双荧光素酶表达活性是转染pGLB细胞的9.67倍。【结论】克隆的p7TP2启动子序列与预测的序列一致,并且具有启动子转录活性。; 袁菊陶明亮靳亚平成军洪源; 关键词：启动子转录活性

丙型肝炎病毒E2蛋白结合蛋白E2-BP3剪切体的基因克隆及生物信息学分析: 2007年; HCV感染致肝细胞损伤的机制，很大程度上与病毒蛋白和肝细胞蛋白间的相互作用有关。因此，研究HCV各抗原成分与肝细胞内蛋白的相互作用及其机制能在一定程度上解释HCV的致病机制，为寻找有效防治HCV的方法提供新线索。HCV基因组含有1个长的开放阅读框架（ORF），编码一个约3010个氨基酸残基组成的多蛋白，它被细胞和病毒蛋白酶切至少产生10个病毒产物：核心蛋白（core）、E1、E2、p7、NS2、NS3、NS4A、NS4B、NS5A和NS5B蛋白等。HCV包膜蛋白E2的生物学特性与HCV感染的慢性化和抗病毒免疫关系极为密切。张健等采用酵母双杂交系统，在酵母细胞融合蛋白表达型人肝cDNA文库中进行筛选，得到76个与E2特异性结合的阳性克隆，包括人类肝细胞癌相关抗原、硒结合蛋白、核苷传送系统、果糖磷酸激酶等26种已知的功能蛋白基因和14个未知的功能基因，包括E2-BP3基因，为揭示E2潜在的生物学功能提供依据。为进一步探讨未知的功能新基因E2-BP3的生物学功能及其作用，我们对该基因或其剪接体进行分子克隆，期望对其生物学功能进行预测分析，为今后更广泛深入地研究新基因的生物学功能打下基础，并为研究HCV E2的调节作用、丙型肝炎发病机制创造条件。; 蓝贤勇张黎颖成军袁菊陶明亮洪源毛羽陈宏; 关键词：E2蛋白酵母双杂交系统剪切体 HCV感染

丙型肝炎病毒p7蛋白反式调节基因p7TP2的克隆化及生物信息学分析: 目的:克隆丙型肝炎病毒(HCV)p7蛋白反式调节未知功能新基因p7TP2,构建其真核表达载体,并应用生物信息学初步探讨其结构及功能。方法:应用PCR技术从HepG2细胞提取的cDNA扩增p7TP2基因,选用 pGEM-T...; 袁菊郭江成军陶明亮蓝贤勇洪源靳亚平毛羽; 文献传递

袁菊

合作作者

文献类型

领域

主题

机构

作者

传媒

年份

用户反馈

袁菊

合作作者

文献类型

领域

主题

机构

作者

传媒

年份

用户登录

用户反馈