公共文化服务平台

共 7 条记录，以下是 1-7

全选清除导出

排序方式：

一种基于HMM的蛋白质侧链旋转异构体构造方法被引量：1: 2011年; 蛋白质侧链预测是蛋白质结构预测以及蛋白质设计中非常重要的子问题,而旋转异构体库的构造是进行侧链预测的基础,为预测提供搜索空间.现有的旋转异构体库考虑的是单个氨基酸的统计信息,没有考虑与之相邻的氨基酸对其构象产生的影响.本文提出一种基于隐马尔科夫模型的旋转异构体库构造方法,将相邻氨基酸的构象信息也考虑进来,产生与序列相关的旋转异构体库.并采用蛋白质预测程序Rosetta对CASP8中的12个自由建模蛋白质在本文提出的旋转异构体库基础上进行侧链预测,与基于经典的旋转异构体库的侧链预测结果相比,在预测精度上有了一定的提高.; 温炜吕强杨鹏杨凌云吴进珍黄旭; 关键词：隐马尔科夫模型

1种蛋白质Loop片段结构的概率生成模型: 2010年; 在计算生物学中,根据蛋白质的氨基酸序列预测蛋白质的结构是尚未解决的重要问题之一,而其中的1个难点是预测蛋白质中Loop片段的结构。本文用1阶马尔可夫模型为基础,通过对其训练,可根据氨基酸串和2级结构信息为蛋白质Loop片段概率建模和采样。其中用Ramachandran图示法的二面角对描述蛋白质结构,模型的训练和推理通过工具包Mocapy来完成。并使用KL交叉熵和角度差异值作为实验检验标准来完成Loop分布情况的测试实验,同时在从头预测Loop结构实验中预测CASP8中8个自由建模的蛋白质结构。与最流行的方法相比,本文提出的模型因为改进了Loop段的预测精度,从而可使得到的二面角对更加接近真实Loop结构中分布,同时在从头预测中提高整个蛋白质结构的预测精度。并且由于本文的模型具有概率推理特性,故在理论上也更具有无偏见性。; 杨鹏吕强杨凌云吴进珍温炜

基于能量的蛋白质结构聚类距离加权策略: 2010年; 在对蛋白质预测结构进行聚类的过程中,常用的均方根偏差、TM-score、GDT-TS等相似性度量方法仅反映了结构之间的距离关系而未考虑结构之间的能量关系。针对上述问题,对候选结构进行距离度量,计算两两之间的能量差异,并以此设置权重,对相似性矩阵进行修改。通过在13个数据集上的实验表明,采用能量差异对相似性矩阵进行加权后的聚类结果优于加权之前。; 黄旭吕强吴进珍钱培德; 关键词：蛋白质结构预测聚类算法

从头预测蛋白质骨架的一种并行蚁群方法及其在CASP8/9中的应用被引量：7: 2012年; 从低同源关系的氨基酸序列预测蛋白质的三维结构被称为从头预测,它是计算生物学领域中的挑战之一.蛋白质骨架预测是从头预测的必要先导步骤.本文应用一种基于共享信息素的并行蚁群优化算法,在现有能量函数指导下,通过不同能量项之间的定性互补,构建具有最低能量的蛋白质骨架结构,并通过聚类选择构象候选集合中具有最低自由能的构象.在CASP8/9所公布的从头建模目标上应用了该方法,CASP8的13个从头建模目标中,模型1中有2个目标的预测结果超过CASP8中最好的结果,7个位列前10名;CASP9的29个从头建模目标中,候选集中的最佳结果中有20个进入Server组的前10名,模型1中有11个进入前10名.本文的结果说明融合多个不同的能量函数指导并行搜索,可以更好地模拟天然蛋白质的折叠行为.同时,在本算法载体上实现了不同种类搜索策略的融合并行,对于用非确定性算法解决类似的优化问题来说也是一种新颖的方法.; 吴宏杰吕强吴进珍黄旭罗小虎钱培德; 关键词：蛋白质折叠启发式算法

并行蚁群优化在蛋白质结构预测中的应用研究: 蛋白质三维结构对于生物学和医学来说意义重大,利用生化手段测定蛋白质结构代价高,耗时长,因此利用计算手段预测蛋白质三维结构逐渐成为计算生物学的重要课题。在巨大的构象空间中如何有效的搜索,是该课题的重大挑战之一。本文研究将并...; 吴进珍; 关键词：蛋白质结构蚁群算法; 文献传递

一个识别蛋白质折叠模式的SVM分类器被引量：2: 2010年; 蛋白质折叠模式识别是一种分析蛋白质结构的重要方法。以序列相似性较低的蛋白质为训练集,提取蛋白质序列信息频数及疏水性等信息作为折叠类型特征,从SCOP数据库中已分类蛋白质构建1 393种折叠模式的数据集,采用SVM预测蛋白质1 393种折叠模式。封闭测试准确率达99.612 2%,基于SCOP的开放测试准确率达79.632 9%。基于另一个权威测试集的开放测试折叠准确率达64.705 9%,SCOP类准确率达76.470 6%,可以有效地对蛋白质折叠模式进行预测,从而为蛋白质从头预测提供参考。; 郭海娟吕强吴宏杰吴进珍杨鹏黄旭; 关键词：SVM

一个基于蚁群优化解决2D packing问题的算法: 2010年; 2D packing问题是一种二维变量的打包问题,是典型的组合优化问题.本文首先通过贪婪方法得到一个初始解,然后利用经典的最大、最小蚂蚁算法作为解决问题的主要框架,并针对该问题将一种特定的局部搜索算法整合到主算法框架中.通过实验结果表明,该算法在解决此类问题上具有一定的优势.; 吴进珍吕强; 关键词：PACKING 蚁群优化局部搜索

全选清除导出

共1页<1>

吴进珍