姜亮
- 作品数：11 被引量：52H指数：4
- 供职机构：深圳大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省自然科学基金中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学理学自动化与计算机技术更多>>
- 硒蛋白的分子生物学及与疾病的关系被引量：33
- 2009年
- 硒蛋白是微量元素硒在体内存在和发挥生物功能的主要形式。因硒蛋白的活性中心硒代半胱氨酸由传统终止码TGA编码,故从基因组中预测硒蛋白以及用基因工程技术表达硒蛋白均很困难。有关硒抗氧化,对癌症、神经退行性疾病和病毒作用的报道较多,但结论并不一致。本文综述了硒蛋白基因预测、蛋白质表达调控以及硒和硒蛋白对癌症、神经退行性疾病和病毒的作用及机制等方面的近期进展,研究提高硒蛋白生物信息学预测准确率和基因工程表达量的方法,分析了解硒蛋白与疾病发生发展的关系和机制,探索不同硒蛋白作为预防药物开发、作为癌症治疗和药物筛选靶标的可能性。
- 刘琼姜亮田静倪嘉缵
- 关键词：硒硒蛋白硒代半胱氨酸癌症阿尔茨海默病
- 疟蚊基因组中新硒蛋白的计算机识别被引量：5
- 2006年
- 硒蛋白的生物合成取决于硒代半胱氨酸插入蛋白质的过程.TGA码既是终止码、又可翻译成硒代半胱氨酸,这使普通基因注释软件无法正确预测硒蛋白,导致现有数据库中许多物种的硒蛋白被错误注释或丢失.本研究基于已公布的疟蚊基因组预测信息、采用PERL语言编程,对疟蚊基因组中的硒蛋白进行了计算机检索与分析.结果表明:以TGA码终止的基因有11365条,其中具有SECIS结构的基因有918条,同时具有半胱氨酸同源类似物的基因58条.再经Sec侧翼序列比对,最终检索到具有硒蛋白全部特点的基因7条.从硒蛋白的基本生物功能推测,冈比亚疟蚊基因组中存在的新硒蛋白可能与疟蚊的氧化耐受特性及其相关蛋白的调控相关联.因此,研究疟蚊硒蛋白将为干涉疟蚊带菌能力、从蚊媒传播途径防止疟疾提供理论基础.
- 刘琼姜亮陈平高中洪徐辉碧
- 关键词：硒蛋白硒代半胱氨酸基因组生物信息学
- 高通量DNA测序数据压缩研究进展被引量：3
- 2013年
- 针对高通量DNA测序技术发展产生的DNA测序数据量猛增,数据压缩技术是解决存储和传输高通量DNA序列数据问题的重要方法之一.评述DNA测序数据传统压缩方法包括替代法和统计法,以及基于参考基因组的高通量DNA测序数据压缩方法,介绍并比较重测序数据压缩、从头测序数据压缩、质量分数压缩和压缩数据检索的代表性算法,研究高通量DNA测序数据压缩面临的挑战及对未来的展望.
- 朱泽轩张永朋尤著宏姜亮纪震
- 关键词：DNA测序下一代测序从头测序高通量测序数据压缩算法
- 蛋氨酸亚砜还原酶的结构特征及与神经退行性疾病的关系被引量：5
- 2014年
- 蛋氨酸易被氧化为蛋氨酸亚砜,使生物体中氧化还原平衡失调,诱发各种疾病.蛋氨酸亚砜还原酶(Msrs)能将蛋氨酸亚砜还原成蛋氨酸,恢复蛋白的结构与功能,对调控多种氧化应激相关疾病具有重要作用.本文结合本课题组的研究结果,介绍了Msrs的分类进化、结构特征、催化机理和基因工程表达;综述了Msrs与衰老、帕金森病和阿尔茨海默病的关系,以探讨有关Msrs研究的发展方向和应用前景.
- 王超姜亮王勇宋国丽刘琼杨思林宋云倪嘉缵
- 关键词：硒蛋白衰老阿尔茨海默病
- 微量元素锌、铁、铬和铅对细胞端粒长度作用的研究
- 本文旨在通过研究锌、铁、铬和铅对正常肚细胞和肝癌细胞端粒长度的作用,探讨微量元素与衰老和肿瘤关系的生物学基础。实验以人肝细胞株L-02和肝癌细胞株SMMC-7721为研究对象,在细胞培养介质中分别补充80μmol/L硫酸...
- 刘琼胡德聪王红丁朝建姜亮陶德定徐辉碧
- 文献传递
- 生物体内硒蛋白的计算机识别方法被引量：5
- 2006年
- 硒是人体必需的微量元素,在人体内主要形成硒蛋白。硒蛋白的计算机识别,不仅能预测生物体中硒的形态,而且可为硒的生化性质研究提供理论基础,以阐明硒的生物功能。本文以斑马鱼为研究对象,结合已有生物分析软件,采用PERL语言编程,建立了计算机识别硒蛋白的新方法。它根据硒蛋白基因的判断标准、以目前公布的不同物种的基因组注释信息为基础,将以TGA码终止的基因的再分析、3′-UTR区域中硒代半胱氨酸插入序列(SECIS)结构的检索、同源相似基因中硒代半胱氨酸/半胱氨酸的比对,以及硒蛋白基因编码区的识别等步骤,从已注释的基因组中用计算机寻找和鉴定硒蛋白的形态。当前,已有一些识别硒蛋白的方法,但只能识别专一物种,而本文提出的方法,克服了该缺陷,而且对计算机运算速度和容量无苛刻要求,尤其是发现不同物种新硒蛋白方面有优势。本方法普遍适用于不同物种基因组中,硒蛋白的计算机预测与识别。
- 刘琼陈平姜亮高中洪徐辉碧
- 关键词：硒代半胱氨酸
- 家蚕硒蛋白组的计算机识别被引量：1
- 2006年
- 硒是一种生物必需微量元素,主要以硒蛋白形式发挥生物学功能.硒蛋白的生物合成取决于硒代半胱氨酸插入蛋白质的合成过程.TGA码既是终止码,又可翻译成硒代半胱氨酸,这使普通基因注释软件无法正确预测硒蛋白,导致现有数据库中许多物种的硒蛋白被错误注释或丢失.本研究基于已公布的家蚕基因组预测信息、采用PERL语言编程,对家蚕基因组中硒蛋白进行了计算机检索与分析.结果表明,在家蚕数据库18510个已注释基因中,以TGA码终止的基因有6348条,其中含有SECIS结构的基因249条,兼含半胱氨酸同源类似物的基因52条.再经硒代半胱氨酸(Sec)侧翼序列比对,最终检索到完全具备硒蛋白特点的基因5条,其中谷胱甘肽硫转移酶(GST)是一种已知微生物硒蛋白,而其他4种则是新硒蛋白,分别在已有基因表中被注释为CG6024蛋白,CG5195蛋白,ATP-结合盒转运蛋白A型(ABCA)和核VCP相似蛋白.通过对GST,ABCA和VCP主要性质的分析,推测家蚕硒蛋白在氧化调节、硒储存运输和细胞凋亡等过程中起重要作用.
- 陈平段军姜亮刘琼赵萍夏庆友徐辉碧
- 关键词：硒蛋白硒代半胱氨酸
- 疟蚊、家蚕、蜜蜂基因组中硒蛋白的计算机预测
- 硒是生物体内的一种必需微量元素，与克山病、大骨节病、癌症等疾病密切相关，在细胞生长、增殖和衰老、以及病毒繁殖等过程中发挥重要作用。硒在蛋白中以第21 种氨基酸――硒代半胱氨酸（Sec）的形式存在。Sec 由UGA 密码子...
- 姜亮
- 关键词：硒蛋白硒代半胱氨酸基因组基因注释
- 文献传递
- 海豚基因组中硒蛋白基因的生物信息学预测被引量：1
- 2012年
- 硒蛋白中的硒以硒代半胱氨酸(Sec)的形式存在.Sec由传统的终止密码子TGA编码.由于在可读框中难以区分TGA密码子在硒蛋白中的功能,硒蛋白基因的预测非常困难.利用本实验室建立的真核生物硒蛋白基因预测系统,从海豚基因组中识别了包括含2个Sec的2型碘甲腺氨酸脱碘酶(DI2)、具有可变剪切编码区的1型碘甲腺氨酸脱碘酶(DI1)及谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)、硒蛋白P(SelP)等16个硒蛋白,从基因信息的角度探索了海豚中硒蛋白与其特殊生存环境及进化阶段的关系等问题.
- 陈华姜亮倪嘉缵刘琼张继红
- 关键词：硒蛋白海豚基因组基因识别
- 硒蛋白M及其与重大疾病的关系被引量：3
- 2013年
- 硒蛋白M(SelM)是2002年应用生物信息学方法发现的一种内质网硒蛋白,其二级结构中含有一个氧化还原调节基序CXXU,且该蛋白在脑中大量表达。SelM因具有维持机体氧化还原水平、保护神经细胞和调节钙稳态平衡等重要作用,近年成为研究热点。本文结合本课题组的研究结果,对硒蛋白M的最新研究进展、生物功能、与重大疾病的关系及今后研究方向等方面进行了综述和展望。
- 陈平姜亮刘琼杨思林宋云倪嘉缵
- 关键词：氧化应激钙稳态阿尔茨海默症
