屈武斌
- 作品数：26 被引量：111H指数：4
- 供职机构：军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术自然科学总论更多>>
- TPM:基于Taverna的PCR引物设计与评估工作流系统被引量：2
- 2009年
- PCR引物设计是PCR实验中关键而重要的一步,而引物的特异性情况直接影响着PCR实验的成败.首先,设计了基于多因素(序列相似性,引物3′末端自由能,Tm等)的PCR引物特异性评估工具-MFEprimer;其次,在MFEprimer的基础上,结合引物设计软件primer3,在Taverna工作流平台上构建了PCR引物设计(primer3)与评估(MFEprimer)一体的工作流系统-TPM(Taverna-Primer3-MFEprimer),实现了从引物设计到评估的自动化分析流程,使用简单方便.
- 屈武斌杭兴宜申志勇李稚锋张成岗杨毅
- 关键词：TPMPCR引物设计工作流系统工作流平台WORKFLOW
- 利用单线虫多重PCR技术快速制备DNA分子量标准被引量：1
- 2012年
- 基于单只线虫6对染色体及多重PCR技术建立一种特异性扩增特定长度核酸片段的方法,进而探索其在常规核酸分子量标准制备中的应用。利用多重PCR引物设计及特异性评估软件以秀丽线虫6对染色体为模板,分别设计扩增不同长度核酸片段的特异性引物对,并直接对单只秀丽线虫进行多重PCR扩增,采用20g/L琼脂糖凝胶电泳进行分离鉴定并采集图像,通过系统研究优化获得特异性高的1～6重PCR扩增产物,产物大小经鉴定与预期目的条带一致,6重PCR扩增产物条带与常规分子量标准DL 2 000相应条带完全吻合,说明采用该方法能够有效制备特定片段大小的分子量标准。
- 韩荣荣吴永红屈武斌刘虎岐张成岗
- 关键词：多重PCR秀丽线虫染色体DNA
- PCR引物特异性核查系统(PSC)的构建与应用被引量：3
- 2010年
- 聚合酶链式反应(PCR)虽已广泛用于分子生物学研究中,然而PCR实验中的非特异性产物问题将直接影响PCR的效率,在多重PCR实验中更是如此。为了最大限度地降低非特异性产物的出现率,同时避免用户频繁使用Blast比对检查非特异性,我们开发了基于NCBI-Blast的引物评估和模板DNA特异性结合能力评估的核查系统PSC(Primer Specificity Checking,http://biocompute.bmi.ac.cn/PSC),并基于虚拟PCR实验确定了用于引物质量核查计算的多种参数,能够在线提供多个物种的引物特异性核查结果。该系统可以有效地对引物序列可能产生的所有非特异性扩增进行预测,有助于实验前引物优化或者对非特异扩增结果进行解释,最终达到提高PCR效率的目的。
- 申志勇屈武斌李稚锋杭兴宜张成岗
- 关键词：引物多重PCR
- 人类管家基因和非管家基因microRNA绑定密度的比较及与3′UTR进化保守性关系的分析
- 2013年
- 目的该研究从整体水平比较microRNA(miRNA)对管家基因和非管家基因的调控差异并研究3'UTR的进化保守性与miRNA对两类基因调控差异之间的相关性。方法通过对3个基于序列的miRNA靶基因预测软件整合分析,并结合基于miRNA-靶基因的表达谱数据相关性分析,以获得miRNA对两类基因的调控情况,同时利用phastCons保守性分值对两类基因的3'UTR区域进行多物种进化分析。结果研究发现miRNA在管家基因的3'UTR上有显著地高密度绑定,管家基因的3'UTR区域具有相对较高的序列保守性。结论该研究结果突出了miRNA对管家基因表达调控的重要作用,对于重新理解miRNA对真核生物基因表达调控作用具有一定的参考价值。
- 刘哲言卢一鸣屈武斌张成岗
- 关键词：管家基因MICRORNA进化分析
- A First Look at the Co-evolution Modules in Drosophila Genome
- The prediction of protein-protein interaction (PPI) has become a major issue of bioinformatics,and many method...
- 卢一鸣屈武斌周扬张成岗
- 文献传递
- 一种基于双重PCR结合毛细管电泳验证转录组测序结果的新方法
- 2014年
- 目的将双重PCR与毛细管电泳技术相结合,建立一种验证转录组测序结果的新方法。方法根据前期进行转录组测序的分析结果,挑选8个差异基因作为靶基因,分别使用双重PCR结合琼脂糖凝胶电泳、双重PCR结合毛细管电泳以及实时荧光定量PCR进行验证,比较三者的验证率。结果双重PCR结合琼脂糖凝胶电泳的验证率为50%;双重PCR结合毛细管电泳和实时荧光定量PCR的验证率均为100%。结论双重PCR结合毛细管电泳可作为转录组测序结果验证的一种有效方法。
- 易健明高艳李志慧张艳春屈武斌张成岗
- 关键词：转录组测序双重PCR毛细管电泳实时荧光定量PCR
- Comparison of 12 different melting temperature calculation methods for short oligonucleotides
- Motivation:Melting temperature(Tm) of oligonucleotide is the key factor for the success of several popular mol...
- 屈武斌卢一鸣周扬张成岗
- 文献传递
- 锚定多重PCR技术的建立及其在核酸相对分子质量标准制备中的应用被引量：2
- 2010年
- 目的利用5'端锚定引物及多重聚合酶链反应(PCR)技术建立高效、特异性扩增核酸片段的方法,并探讨其在核酸相对分子质量(Mr)标准(DNA标志物)制备中的应用。方法针对常用的pMD19-T载体(2692 bp)序列,利用命令行程序pd4marker.py,结合Primer3及多因素引物特异性评估软件MFEprimer,设计5'端锚定的上游引物和7对扩增不同目的片段的下游引物;其次,以转化有pMD19-T载体的大肠杆菌DH5α菌液为模板,分别进行一至七重PCR扩增;并将扩增产物经2%琼脂糖凝胶分离及凝胶成像仪采集图像分析;最后,评估该方法在核酸Mr标准制备中的应用。结果制备了特异性较好的一至七重PCR扩增产物,可针对不同实验目的进行不同核酸Mr标准的制备。结论建立了一种快速、特异性扩增核酸片段的锚定多重PCR方法,可根据不同实验目的,快速制备出不同Mr标准大小的核酸片段,进一步拓展了PCR技术的应用范围。
- 严瑞芬屈武斌吴永红刘虎岐张成岗
- 关键词：多重PCR核酸扩增技术大肠杆菌
- 基于微信公众平台的文献定制服务被引量：1
- 2015年
- 文献学习是科研人员跟踪领域进展,思考课题发展的必要途径。为了解决移动端跟踪文献的繁琐问题,本文借助移动互联网即时性、便捷性、个性化等特性,开发了基于微信公众平台的文献定制服务。该服务通过解析用户输入,动态匹配自构建的期刊名表,索引Pub Med数据库,实现期刊个性化订阅、文献查询、影响因子查询等便捷功能。对于提高科研人员的文献学习效率,降低追踪文献的时间成本具有较大的价值。
- 单光宇卢一鸣屈武斌张成岗
- 关键词：文本挖掘文献查询
- 实时定量PCR阵列技术在规模化检测基因表达中的应用被引量：3
- 2010年
- 实时定量PCR阵列技术(RQ-PCR-array)以实时定量PCR(RQ-PCR)技术为核心并结合阵列(array)技术,能够比较可靠、准确地检测信号转导、疾病相关通路等过程相关的基因表达图谱,在规模化检测基因表达方面具有高通量的显著优势,已广泛应用于基础研究和临床。如能够结合多重PCR技术,有可能进一步达到超高通量基因表达检测水平。本文对该技术在规模化检测基因表达中的研究进展进行综述。
- 张艳春任长虹高艳屈武斌张成岗
- 关键词：基因表达高通量信号转导
