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新型二氟甲基磷酸类酪氨酸蛋白磷酸酯酶1B抑制剂的分子动力学模拟和结合自由能计算(英文)被引量：2: 2009年; 通过分子对接建立了一系列含二氟甲基磷酸基团(DFMP)或二氟甲基硫酸基团(DFMS)的抑制剂与酪氨酸蛋白磷酸酯酶1B(PTP1B)的相互作用模式,并通过1ns的分子动力学模拟和molecular mechanics/generalized Born surface area(MM/GBSA)方法计算了其结合自由能.计算获得的结合自由能排序和抑制剂与靶酶间结合能力排序一致;通过基于主方程的自由能计算方法,获得了抑制剂与靶酶残基间相互作用的信息,这些信息显示DFMP/DFMS基团的负电荷中心与PTP1B的221位精氨酸正电荷中心之间的静电相互作用强弱决定了此类抑制剂的活性,进一步的分析还显示位于DFMP/DFMS基团中的氟原子或其他具有适当原子半径的氢键供体原子会增进此类抑制剂与PTP1B活性位点的结合能力.; 崔巍张怀计明娟; 关键词：分子动力学模拟

中药活性成分对血栓素A2受体抑制作用的分子模拟被引量：7: 2010年; 中药中黄酮类化合物和白藜芦醇等活性成分对血栓素A2受体具有抑制作用,但具体机理不详.本研究通过同源模建方法,以墨鱼视紫红质蛋白为模板,构建血栓素A2受体的蛋白质结构模型.并使用分子对接方法研究中药活性成分白藜芦醇和芹菜苷元与血栓素A2受体模型的作用方式,据此建立药效团模型,筛选其他潜在的血栓素A2受体抑制剂.结果表明:白藜芦醇等中药活性成分能与血栓素A2受体活性口袋中的残基发生氢键作用,结合方式与血栓素相似.血栓素与Ser201、Leu198、Arg295和Thr298发生氢键作用,白藜芦醇等活性成分与Ser201、Leu198和Arg295发生氢键作用.建立的药效团模型由7个药效元素以及排斥性空间元素组成,经测试对高活性的血栓素A2受体抑制剂有比较好的选择性.使用该药效团模型对中药天然产物数据库进行筛选,命中了一批可能具有血栓素A2受体抑制作用的活性化合物.其中一些已经报道有抑制血小板凝聚活性.本研究表明血栓素A2受体可能是活血化瘀类中药的一个潜在的靶点.; 刘海波崔巍徐峻彭勇周家驹肖培根; 关键词：中药药物靶标活血

葡萄糖苷酶抑制剂作用机理的分子动力学模拟和自由能计算(英文)被引量：5: 2012年; 含有锍离子的葡萄糖苷酶抑制剂如kotalanol(SK)和它除去磺酸基团后的衍生物(DSK),是潜在的毒副作用较小的治疗Ⅱ型糖尿病的候选药物.α-葡萄糖苷酶抑制活性实验显示,DSK活性比SK略高,而将二者环上的S原子替换成NH后(分别称为DSN和SN),DSN的活性要比SN高1500倍左右.本文用分子动力学模拟,结合自由能计算和自由能分解的方法对上述四个抑制剂的作用机理进行了研究.研究结果表明活性的巨大差异是由NH基团取代效应和磺酸基团立体效应共同作用的结果,由于N―C键长比S―C键长短,NH基团取代导致烷基链的翻转,同时,磺酸基团限制了链的翻转,因此改变了抑制剂的结合模式.计算结果与实验基本一致.本文的研究结果有助于进一步理解含锍离子的葡萄糖苷酶抑制剂的结合机理,并为设计更有潜力的葡萄糖苷酶抑制剂提供了有价值的信息.; 罗芳高剑成元华崔巍计明娟; 关键词：葡萄糖苷酶抑制剂分子动力学模拟

马来酰胺类糖原合成酶激酶-3β抑制剂的分子对接和三维定量构效关系(英文)被引量：5: 2009年; 通过分子对接和三维定量构效关系(3D-QSAR)两种方法来确定两类马来酰胺类的糖原合成酶激酶-3β(GSK-3β)抑制剂的结合方式.首先,用分子对接确定抑制剂与GSK-3β的结合模式及其相互作用;然后用比较分子力场分析法(CoMFA)与比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)对48个化合物做三维定量构效关系的分析.两种方法得出的交互验证回归系数分别为0.669(CoMFA)和0.683(CoMSIA),证明该模型具有很好的统计相关性,同时也说明该模型具有较高的预测能力.根据该模型提供的信息,设计出9个预测活性较好的分子.; 魏卓张怀崔巍计明娟; 关键词：糖原合成酶激酶3Β 三维定量构效关系分子对接

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崔巍