张宝花
- 作品数：32 被引量：11H指数：2
- 供职机构：中国科学院计算机网络信息中心更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划中国科学院信息化专项项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术理学文化科学动力工程及工程热物理更多>>
- 大分子及团簇体系分块计算负载均衡方法及系统
- 本发明提出一种大分子及团簇体系分块计算负载均衡方法及系统，涉及计算化学、高性能计算、大分子及团簇体系的计算与模拟领域，沿用分片方法中流行的“先分块，再计算”的计算策略，对于分块后的各个分子片，采用化学信息学及机器学习的手...
- 马英晋马硕张宝花刘倩金钟
- 文献传递
- 一种分子性质预测方法及系统
- 本发明提出一种分子性质预测方法及系统，涉及量子化学/计算化学、化学信息学、机器学习/人工智能领域，在化学多世界阐释的框架下，使用密度泛函理论、化学信息学、机器学习/人工智能的手段，以分子结构、基组和泛函等信息作为输入，通...
- 马英晋马硕张宝花刘倩金钟
- 文献传递
- NWChem与GAMESS-US软件在有机小分子计算中的性能分析
- 2014年
- 本文围绕13个不同规模的有机小分子体系,考察了NWChem与GAMESS-US软件在DFT/B3LYP理论级别及不同基组下计算的能量和结构变化、优化步数及自洽迭代时间等,探讨了优化算法及处理技巧。同时,本文对NWChem软件并行性能分析的结果表明,对于中到大体系,计算规模为32处理器/核及以上时可以获得更好的计算效率。通过本项研究有助于更好的使用NWChem与GAMESSUS软件。文中提供的软件测试和分析思路同样适用于其他量化软件,同时NWChem并行分析也为量子化学程序提供了软件并行效率改进方面的参考。
- 张宝花金钟
- 关键词：有机分子结构优化性能分析
- 燃烧数据库平台
- 动力学建模是发动机燃烧数值模拟的必要条件,高精度动力学模型和数据库系统是发动机研发的重要基础。燃烧数据库系统是一套我国自主研发的可持续发展的燃烧类数据库平台,包括发动机燃烧的数据库检索系统和动力学在线建模系统。平台通过W...
- 任海生张宝花王静波李象远
- 关键词：数据库发动机
- 文献传递
- 燃烧动力学平台设计
- 2022年
- 燃料的相关研究在发动机研制中扮演着重要角色,数据是燃烧模型耦合的基础,反应机理是燃烧数值模拟的关键.针对我国在燃烧数据库建设方面的短板问题和个性化燃烧反应机理构建的迫切需求,本文设计了燃烧动力学平台,包括燃烧数据库和燃烧反应机理在线计算系统.燃烧数据库系统通过数据的标准化和分级管理建立了高效的搜索流程,形成了国内独有的多类型理论和实验数据检索系统,并通过数据的汇交与审核机制保证可以吸收高质量数据到平台.燃烧反应机理在线计算系统通过基于Web交互式分子建模,建立了软件输入文件创建、计算与结果获取一站式计算流程.通过燃烧动力学平台的建设和应用,将减少我国对国外数据平台的依赖,推动国内基础燃烧反应数据的交流与共享,显著降低燃料反应机理软件使用门槛,进一步深化燃烧反应领域的创新研究.
- 张宝花任海生王静波徐江李象远李象远
- 关键词：航空燃料热力学数据
- GROMACS软件并行计算性能分析被引量：3
- 2016年
- 分子动力学模拟是对微观分子原子体系在时间与空间上的运动模拟,是从微观本质上认识体系宏观性质的有力方法.针对如何提升分子动力学并行模拟性能的问题,本文以著名软件GROMACS为例,分析其在分子动力学模拟并行计算方面的实现策略,结合分子动力学模拟关键原理与测试实例,提出MPI+Open MP并行环境下计算性能的优化策略,为并行计算环境下实现分子动力学模拟的最优化计算性能提供理论和实践参考.对GPU异构并行环境下如何进行MPI、Open MP、GPU搭配选择以达到性能最优,本文亦给出了一定的理论和实例参考.
- 张宝花徐顺
- 关键词：分子动力学模拟GROMACS并行计算
- 面向新一代高性能计算机的量子化学程序并行化框架
- <正>当前,新一代达到亿亿次量级的高性能计算机系统已经逐步浮出水面。在带来巨大的计算能力的同时也给传统的量子化学计算程序提出了新的挑战。高性能计算机系统的分布式内存结构、海量节点特征和广泛采用的异构化计算技术使基
- 魏帆张宝花刘倩金钟
- 文献传递
- 小分子配体模仿结合位点水分子:相同配体与不同蛋白靶点之间作用模式的计算研究
- 2016年
- 在计算化学和药物设计领域中,精确预测小分子配体的蛋白质靶标是一件极具挑战性工作,特别是那些与相同小分子配体相互作用,但蛋白间并不具有显著序列或结构相似性的靶标蛋白。为了研究相同小分子配体与不相关的蛋白质靶标之间的结合特性,我们使用蛋白水合效应分析(SPA)程序研究了33对药物靶蛋白结合位点水分子的结构特性。每个蛋白对中的两个蛋白质,均由可与相同配体小分子相结合的两个不相关的蛋白质组成。通过计算两蛋白质间的水化位点替代重叠率,我们发现共有高达73%的蛋白对中有着显著的水分子替代重叠率值。特别是我们发现相同小分子与不同蛋白相互作用时,或许存在一种特别的"识别代码",即小分子配体的功能基团与结合位点的水分子之间存在着较好的几何构型相似性。在无法确定小分子与蛋白相互作用模式时,可以依靠活性结合腔穴中水分子的结合构型特征,进行粗略估算与预测,对蛋白-配体相互作用模式研究有重要的实用价值。
- 户忠哲徐顺张宝花房森彪金钟
- 关键词：分子模拟
- 基于高性能计算环境的科学计算应用平台设计与实现被引量：6
- 2016年
- 为了提升高性能计算环境的易用性并降低使用门槛,本文提出了一种基于高性能计算环境的通用科学计算应用平台构建方案,旨在为用户提供更便捷、体验更友好、简单高效的科学计算服务。用户通过访问网页即可输入计算参数、提交任务、查看执行结果并集中管理不同应用的计算任务和历史数据,无需安装相关工具或者记忆操作命令。该方案设计充分考虑了应用间的差异性,拥有良好的扩展性,易于部署和迭代,同时拥有良好的安全性。
- 陈新宇刘倩张宝花金钟
- 超大规模药物虚拟筛选的实现与应用
- 2023年
- 基于分子对接的药物虚拟筛选技术通过评估多个配体化合物与受体的结合强度来筛选最强结合的分子。在新冠病毒疫情全球蔓延形势下,超大规模快速药物虚拟筛选对于从海量配体结构中筛选出潜药分子至关重要。超级计算机的强大算力为药物虚拟筛选提供了硬件保障,但超大规模的药物虚拟筛选还面临着很多挑战,影响了计算的有效进行。在对挑战进行分析的基础上,提出了以中央数据库进行集中任务分发的方案,设计了多层级任务分发框架,并通过多层级智能调度、海量小分子文件多层级压缩处理、动态负载均衡、高容错管理等技术有效应对了面临的各种挑战,开发了简单易用的“树”形多层级任务分发系统,实现了快速高效稳定的药物虚拟筛选任务分发、计算和结果处理功能,计算效率近线性。在此基础上,采用异构计算技术在国产先进计算系统上针对新冠病毒两种不同活性位点快速完成了超过20亿化合物的药物虚拟筛选,为应对暴发性恶性传染病的超大规模快速虚拟筛选提供了强大计算保障。
- 张宝花李辉刘倩刘倩黄荷赵毅赵毅金钟
- 关键词：分子对接容错管理动态负载均衡
