方坚松
- 作品数：32 被引量：120H指数：5
- 供职机构：中国医学科学院北京协和医学院药物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金“重大新药创制”科技重大专项国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学自动化与计算机技术石油与天然气工程更多>>
- 沙美特罗防治流感的药物用途
- 本发明属于医药技术领域，涉及平喘药物沙美特罗(Salmeterol)防治流感的药物用途。本发明的创新之处在于药物重定位：研究发现，沙美特罗具有体内、体外具有抗流感病毒作用；具有抗金刚烷胺、奥司他韦耐药毒株的作用。有望成为...
- 刘艾林方坚松郑丽舒许律捷郭鹏飞王喆赵君杜冠华
- 支持向量机（SVM）和贝叶斯等数据挖掘技术在新药发现中的应用
- 2013年
- 在新药研发过程中，针对老年痴呆相关药物靶点如BuChE已发现大量活性化合物，然而用于预测化合物活性的模型并不多见。为了建立化合物活性预测模型，并指导新药筛选与发现，本研究基于药物靶BuChE抑制剂和非抑制剂的结构，应用支持向量机（SVM）、
- 刘艾林方坚松杨然耀刘帼静杜冠华
- 关键词：支持向量机数据挖掘技术新药发现贝叶斯
- 基于化学信息学方法预测药物靶点的研究进展被引量：22
- 2014年
- 网络药理学与多向药理学等新兴学科的出现迫使科学家们重新认识与探索已有药物新的作用机制。药物靶点的预测对阐释药物分子作用机制和老药新用等领域都具有重大意义。本文结合近年来国内外多个课题组的研究成果,主要综述了当前几种基于化学信息学方法预测小分子潜在靶点的方法,包括基于配体结构特征的预测方法、基于蛋白结构特征的预测方法以及基于数据挖掘技术的预测方法,通过应用实例,说明这些方法的优势,并提出今后的发展方向。
- 方坚松刘艾林杜冠华
- 关键词：化学信息学数据挖掘相似性搜索
- 治疗阿尔茨海默病的中药有效成分的网络药理学研究被引量：4
- 2016年
- 目的为了探索用于治疗阿尔茨海默病的中药方剂的网络药理学。方法本文收集了阿尔茨海默病相关的25个作用靶点,以及13种治疗阿尔茨海默病中药方剂,根据单味药出现的频率,从中选取了7种代表性的中草药进行后续研究。结果利用已建立的机器学习分类模型对中草药的化学成分进行作用靶点预测,并构建了化合物-靶点网络,靶点-靶点网络以及靶点-疾病网络来解释中药方剂的多种有效成分的协同作用机制。此外,经过血脑屏障透过性分析及对预测靶点的验证,得到了7个结构具有代表性的多靶点的先导化合物。结论本文应用网络药理学研究了抗阿尔茨海默病的传统中草药有效成分的网络作用机制,为抗阿尔茨海默病的中药临床应用以及多靶点药物设计提供了重要信息。
- 庞晓丛王喆方坚松连雯雯康德赵赢刘艾林杜冠华
- 关键词：阿尔茨海默病中药方剂网络药理学类药性
- Cdk5/p35抑制剂高通量筛选方法的建立及应用
- 2014年
- 目的:建立适于高通量筛选的Cdk5/p35抑制剂筛选模型。方法:Cdk5/p35与其底物Histone H1反应时需消耗ATP,通过测定体系中ATP的剩余量,考察ATP浓度、酶浓度、底物浓度、反应温度、反应时间及体系pH等因素对酶促反应的影响,进而确定酶与底物反应的最佳条件,并采用Z'因子评价该模型的可靠性和可行性。应用已建立的Cdk5/p35抑制剂高通量筛选模型筛选和发现活性化合物。结果:反应体系的最佳反应条件为:ATP终浓度3μmol·L-1,Cdk5/p35终浓度30 nmol·L-1,Histone H1终浓度70μmol·L-1,孵育温度37℃,孵育时间60 min,体系pH 7,Z'-因子为0.66。应用该模型对222个虚拟筛选挑选出的化合物进行筛选,发现了13个对Cdk5/p35抑制活性较好的化合物。结论:实验结果表明,该模型具有稳定、灵敏、高效等特点,可用于Cdk5/p35抑制剂的高通量筛选。该模型的建立,为Cdk5/p35抑制剂的发现以及Cdk5/p35调控AD的机制研究奠定基础。
- 杨然耀方坚松周丹刘艾林杜冠华
- 关键词：阿尔茨海默病CDK5TAU蛋白磷酸化高通量筛选
- 中药复方在病证基础上的网络药理学研究被引量：36
- 2016年
- 中医研究方向强调利用现代研究手段探索各种中医治疗机制,随着系统生物学和网络生物学等交叉学科的兴起,以生物分子网络为切入点的网络药理学有望系统地刻画中医药的整体特征,立足于疾病与证候相结合的模式,多层面阐释中药复方药效物质基础,而成为当今中医药研究的热点所在。文章主要以网络药理学为切入点,探讨病证结合基础上中药复方在网络药理学方面的应用。
- 蔡甜甜潘华峰王奇方坚松赵金媛林钟宇陈晓东
- 关键词：中药复方病证结合网络药理学
- 基于网络药理学和分子对接法探索化湿败毒方治疗COVID-19的分子机制研究被引量：5
- 2021年
- 目的利用网络药理学和分子对接技术方法探索"化湿败毒方"抗新型冠状病毒肺炎(CoronaVirus Disease 2019,COVID-19)的分子机制。方法通过多个在线中药数据库检索化湿败毒方中14味中药的归经、化学成分和作用靶点。通过STRING数据库对化湿败毒方药物靶标和疾病靶标之间靶蛋白相互作用关系进行分析并通过Circos Tableviewer、Cytoscape软件进行药物-归经网络、药物-靶点网络和药物靶向蛋白-疾病蛋白(PPI)等网络的构建。接着通过Fun Rich和DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析并基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,通过在线绘图软件Omic Share进行可视化。最后运用CB-Dock分子对接网站软件对新型冠状病毒(SARS-Co V-2)的3CL水解酶(Mpro)以及宿主蛋白ACE2和类药性>0.8的活性成分分别进行对接分析。结果研究发现,化湿败毒方14味中药里有10味中药都相对特异性的归属于肺经,从复方中共筛选出来240个符合标准的化学成分,主要包括常见化合物如黄酮类化合物槲皮素(quercetin)和木犀草素(luteolin)、醇类化合物如豆甾醇(stigmasterol)和β-谷甾醇(beta-sitosterol)以及有机酸如没食子酸(gadelaidic acid)等。其它成分还有酯类、酰胺类和萜类等化学成分;通路富集分析表明,候选靶标富集的通路主要包括与癌症相关的多条通路、B细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路、HIF-1信号通路、TGF-beta信号通路等;分子对接结果显示,化湿败毒方中kanzonol F、xambioona dehydroeburicoic acid、cavidine等成分与SARS-Co V-23CL水解酶和ACE2均有较好的亲和作用。结论本文运用网络药理学和分子对接的方法初步探索了化湿败毒方可能通过多成分作用于病毒复制相关靶点和关键宿主蛋白,进而调节机体免疫和代谢通路等多种途径,最后发挥预防和治疗COVID-19的药效作用。
- 郭鹏飞方坚松许律捷张宝月赵君刘艾林杜冠华
- 关键词：网络药理学分子对接
- 抗阿尔茨海默病新药发现与机制研究
- 2015年
- 目的阿尔茨海默病（Alzheimer’sdisease,AD）是一种以行为、认知和记忆功能障碍为临床特征的中枢神经退行性疾病.AD的发病机制复杂,涉及多种因素,现有的单靶点药物仅能改善AD症状,而不能真正地起到延缓疾病的作用.因此针对AD的多靶点,寻找既能有效改善症状同时又能延缓病理进程的抗AD药物具有重大意义.方法本研究运用机器学习算法构建了多靶点抗AD药物预测平台,经体外药效实验验证,发现了具有多向药理学特征（组胺H3受体拮抗作用和乙、丁胆碱酯酶抑制活性等）的抗AD候选物DL0410.结果APP/PS1转基因动物等多个AD相关动物模型的药效实验表明,DL0410均能够显著改善模型动物的学习记忆能力,其药效可能通过以下机制发挥作用：（1）通过抑制乙、丁酰胆碱酯酶的活性,增加中枢乙酰胆碱的含量.（2）抑制Aβ前体蛋白APP的表达,通过AKT/JNK信号通路减少Aβ对神经元的损害,产生神经元保护作用.（3）通过AGE/RAGE/NF-kB通路,抑制星形胶质细胞的激活,下调NF-kB通路,减少炎症因子的释放,从而改善AD动物模型的学习记忆能力.结论DL0410是一个具有一定发展前景的抗AD候选药物.
- 刘艾林方坚松周丹杨然耀连雯雯庞晓丛周围闫蓉杜冠华
- 关键词：阿尔茨海默病胆碱酯酶信号通路抗炎作用
- 支持向量机（SVM）和贝叶斯等数据挖掘技术在新药发现中的应用
- ＜正＞在新药研发过程中,针对老年痴呆相关药物靶点如BuChE已发现大量活性化合物,然而用于预测化合物活性的模型并不多见。为了建立化合物活性预测模型,并指导新药筛选与发现,本研究基于药物靶BuChE抑制剂和非抑制剂的结构,...
- 刘艾林方坚松杨然耀刘帼静杜冠华
- 文献传递
- 紫茜素防治衰老及神经退行性疾病的药物用途
- 本发明属于医药技术领域，公开了紫茜素防治衰老及神经退行性疾病的药物用途。具体涉及式I所示的紫茜素(purpurin)或其药学上可接受的盐在制备预防和/或治疗衰老相关疾病或神经退行性疾病药物中的应用。研究发现，紫茜素可以显...
- 刘艾林赵君方坚松张宝月郭鹏飞王超
