杨凡
- 作品数：7 被引量：21H指数：2
- 供职机构：电子科技大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术更多>>
- 多重序列比对研究进展
- 2010年
- 多重序列比对是生物信息学的基本理论与方法之一,在结构建模、功能位点预测、进化树分析等方面起着非常关键的作用。本文综述近年来的一些比对方法上的改进,如使用快速的方法计算序列的相似度,运用迭代优化策略和序列一致性信息等,重点阐述综合序列的结构信息和同源序列进行比对的方法。
- 杨凡唐东明白勇赵明渊朱清新
- 关键词：迭代优化同源序列结构信息
- 基于仿射传播聚类的大规模选址布局问题求解被引量：6
- 2010年
- 选址布局问题是一个广泛研究的运筹学问题。通过将选址布局问题看做聚类问题,结合仿射传播聚类算法并且将候选地址的信息映射为特征向量,提出了两种求解选址布局问题的方法:基于块划分的选址布局方法和基于道路网络的选址布局方法。使用模拟数据集和真实数据集来评估两种方法,实验结果表明两种方法都能够求解设施资源受限和不受限情况下的选址布局问题,而且可以很好地解决大规模的选址布局问题。
- 唐东明朱清新杨凡白勇
- 关键词：仿射传播聚类道路网络运筹学
- 支持向量机模型参数研究
- 支持向量机的模型参数包括误差惩罚参数和核参数，模型参数的确定直接影响支持向量机分类器的类型和复杂性，为了优化支持向量机的性能，在仿真实验和理论分析的基础上，分析了高斯核支持向量机误差惩罚参数C和高斯核参数σ变化特点，使用...
- 赵明渊唐科杨凡周明天张渡
- 关键词：支持向量机
- 一种改进Kalign比对质量的方法
- 序列比对在生物信息学中应用广泛，起着非常关键的作用。Kalign一种常见的多重序列比对算法，它使用Wu-Manber字符匹配算法来改善比对的质量和速度，对大量序列和距离较远的序列的比对有较明显的速度优势。然而由于对序列的...
- 杨凡朱清新边杏宾
- 一种有效的蛋白质序列聚类分析方法被引量：16
- 2011年
- 提出了一种有效的基于仿射传播聚类算法和后处理方法的蛋白质序列聚类方法.在聚类分析蛋白质序列时,为了优化仿射传播聚类算法的聚类结果,采用后处理的方式来提高聚类结果的质量.为了度量蛋白质序列之间的相似度,给出了一种改进的无比对计算方法.在6个蛋白质序列数据集上进行对比实验,实验结果表明,所给出的方法能够有效地分析蛋白质序列.
- 唐东明朱清新杨凡陈科
- 关键词：模式识别聚类分析蛋白质序列
- 生物序列模体发现的最优化模型
- 2008年
- 提出了生物序列模体发现的最优化模型,该模型适用于搜索资源(如计算时间)有限的情况,传统的模体发现方法可能在资源耗尽后仍不能得出任何结果.基于最优搜索理论给出了一种在有限的时间资源下的最优模体发现策略和算法实现,并得到了一些实验结果.
- 朱清新杨凡
- 关键词：最优搜索生物信息学
- 生物序列分析中若干问题的研究
- 随着生物学中高通量的实验方法,如基因测序、DNA芯片等的使用,产生了海量的数据。如何有效地理解并利用这些数据,阐明数据当中所蕴含的生物学意义是生物信息学的主要目的。生物信息学的一个重要研究领域是对生物序列进行比对和聚类。...
- 杨凡
- 关键词：相似度度量序列聚类
- 文献传递
