倪青山
- 作品数：31 被引量：69H指数：5
- 供职机构：第三军医大学基础部更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金重庆市高等教育教学改革研究项目军队科研计划项目更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术文化科学更多>>
- 基于马尔可夫链的基因芯片特异性探针选择方法
- 2005年
- 对于基因表达芯片,特异性探针的选择是探针设计的重要环节,由于基因组序列数据量极大,不可能对每个候选探针都在全序列中进行特异性评价并进行取舍。对此问题,提出了一种采用马尔可夫链概率准则的探针特异性选择方法,即把基因组序列看作马尔可夫链,任何探针序列的互补序列作为它的一个子序列,都具有一定的出现概率,概率越小,越可能具有特异性。据此,选择其中概率最小的N个候选探针,能够大大减少进行特异性评价的探针数量,缩短探针设计的计算时间。对实际数据的测试结果表明,该方法选择的探针具有很高的特异性。
- 倪青山王正志李冬冬
- 关键词：马尔可夫链基因芯片基因组序列探针设计全序列子序列
- 一种基于特征筛选的原核生物启动子判别分析方法被引量：7
- 2006年
- 启动子识别是研究基因转录调控的重要环节,但目前方法的识别正确率偏低。在深入分析原核启动子特征的基础上,提出了一种基于特征筛选的原核启动子判别分析方法,首先在启动子序列的组成特征、信号特征和结构特征中选取备选特征,为每个特征建立适当的描述模型,并对主要的保守模式采用复合模式模型;再通过模型计算对备选特征进行逐步筛选,优化特征集,将序列表示为组合特征向量;最终利用二次判别分析实现识别。对大肠杆菌和枯草杆菌实际启动子数据进行的刀切法测试验证了方法的有效性和通用性。对于大肠杆菌非编码区(70启动子,识别的平均正确率达到了85.8%,优于其它几种典型识别方法;对于大肠杆菌编码区内部)70启动子和其它几种原核启动子,平均正确率也都超过了80%。方法框架还具有良好的可扩展性,能够方便地容纳新特征,使识别性能不断提高。
- 杜耀华王正志倪青山李冬冬
- 关键词：原核生物启动子识别二次判别分析
- 一种基于线性流形的基因表达数据的聚类方法
- 2010年
- 由于基因表达数据的稀疏性和噪声性,传统聚类算法对其聚类时不能取得好的效果。针对这一问题,一种新的线性流形方法被提出,它的基本思想是搜索数据集中的线流形聚类,再将其中某些线流形聚类融合构造高维流形聚类。该算法将切向距离和法向距离作为线性流形的距离度量,运用空间近邻信息,采用聚类基因的平均表达水平作为转移向量,提高了聚类的准确度。实验结果表明,该算法的聚类准确性优于其它聚类算法,并且对带有噪声的数据可以保持较高的聚类准确度;在对Hela基因表达数据聚类时,算法得到了具有显著生物学意义的聚类。这些都说明提出的算法对基因表达数据聚类的适用性和有效性。
- 黎刚果王正志王广云倪青山强波
- 关键词：基因表达数据线性流形子空间聚类
- RNA二级结构计算特征分析
- 2010年
- RNA二级结构预测方法可视为一个分类问题,即根据单条序列或多条序列给出的信息,判断任意两个位点能否构成碱基对。现有各种预测方法对所用计算特征的选择都是基于定性分析,没有统一的标准。在总结现有RNA结构预测方法中采用的各类计算特征的基础上,利用特征选择技术中的过滤和封装方法,结合支持向量机分类算法,对它们的分类能力进行定量比较分析,找出适于RNA二级结构预测的最优分类特征子集,包括热力学信息、共变信息和进化信息。在49组R fam家族上的测试结果显示,相比现存定性选择的特征子集,所选特征子集能得到更好的预测结果。
- 赵英杰倪青山王正志
- 大肠杆菌转录起始位点的计算定位方法
- 2006年
- 根据已有的启动子识别算法,提出了一种基于滑动窗口的大肠杆菌转录起始位点(TSS)计算定位方法,通过在启动子信号特征中引入复合模式来改进识别分类器,并将其用于滑动窗口序列,在合理限定的TSS定位范围内依次计算各个序列位置的TSS似然得分,再利用TSS与翻译起始位点(TLS)的距离分布信息作为TSS的位置得分,两者相结合来进行位置预测。对大肠杆菌真实数据的测试表明,算法可以大幅度减少假阳性结果,实现对真实TSS位置的有效预测。
- 杜耀华倪青山王正志
- 关键词：大肠杆菌转录起始位点
- 基于物理化学性质优化的蛋白质相互作用预测研究被引量：2
- 2009年
- 蛋白质相互作用预测是生物信息学研究的重要问题之一.提出了一种基于物理化学性质优化的蛋白质相互作用预测方法,与现有方法的显著不同就是,并未使用已知的氨基酸残基的物理化学性质,而是通过粒子群算法优化得到有益于相互作用预测的物理化学性质数值.对真实的数据集测试表明,优化得到的物理化学性质比现有的物理化学性质更有益于提高蛋白质相互作用的预测性能,与其它方法相比,也具有一定的优势,说明该方法是一种有效的蛋白质相互作用预测方法.
- 倪青山王正志赵英杰黎刚果
- 关键词：蛋白质相互作用物理化学性质粒子群优化算法
- 基于贝叶斯网络和相互作用可信度的蛋白质功能预测方法被引量：2
- 2009年
- 蛋白质功能注释是后基因组时代研究的核心内容之一，基于蛋白质相互作用网络的蛋白质功能预测方法越来越受到研究者们的关注。提出了一种基于贝叶斯网络和蛋白质相互作用可信度的蛋白质功能预测方法。该方法在功能预测过程中为待注释的蛋白质建立贝叶斯网络预测模型，并充分考虑了蛋白质相互作用的可信度问题。在构建的芽殖酵母数据集上的三重交叉验证测试表明，在功能预测过程中考虑蛋白质可信度能够有效地提高功能预测的性能。与现有一些算法相比，该方法能够给出令人满意的预测效果。
- 倪青山王正志王广云张纪阳
- 关键词：蛋白质功能预测蛋白质相互作用贝叶斯网络
- 科技论文鉴赏能力培养
- 2012年
- 现阶段，中刚正处于社会转型的重要历史时期，中国将由制造型大国转变为创造型大国。科研工作者的科研方向也必将由过去的跟踪型研究转变为原创型研究，科研水平、科研方式和科研能力都将发生根本性转变。
- 金晓琳倪青山侯瑞李海鸥
- 关键词：科技论文鉴赏社会转型
- 生物信息学教学中学生创新能力培养探讨被引量：10
- 2012年
- 生物信息学是一门新兴的交叉学科,其理论和方法不断更新,有助于培养学生的创新能力。结合生物信息学教学实践,从教学团队、教学内容、学生主体作用、实践教学、考核方式等方面,对学生创新能力的培养进行了探索。
- 倪青山金晓琳胡福泉饶贤才邹凌云
- 关键词：生物信息学教学方法
- 基于局部支持向量机的蛋白质相互作用的预测方法被引量：5
- 2008年
- 针对蛋白质相互作用的预测问题,我们提出了一种基于局部支持向量机的预测方法。该方法充分考虑了蛋白质相互作用数据的局部相似性特征,提出在待测样本附近构建支持向量机模型。对两个真实的蛋白质相互作用数据集H.pylori和Human的测试表明。
- 倪青山王正志王广云强波
- 关键词：蛋白质相互作用支持向量机核函数
