孙可
- 作品数：4 被引量：4H指数：2
- 供职机构：南开大学更多>>
- 相关领域：理学医药卫生自动化与计算机技术化学工程更多>>
- 化学信息学与药物发现研究的开放性被引量：4
- 2006年
- 建立在开源软件和公共数据库基础之上的生物信息学所获得的巨大成功,说明药物发现研究的开放性非常重要。然而以大量有机分子结构信息为主要研究对象的化学信息学,还没有达到所期望的开放性。通过对照这两类信息学研究在搜索引擎上查询的资源数量、在专业期刊发表论文的数量及影响因子等,发现编程语言和开发机制的开放性,是造成如此差别的重要原因。因此,化学信息学也应该走开放的道路．才能突破信息障碍,在更广阔的化学空间实现更有效的探索．找到更多、更好先导化合物,也建议在相关科研与教学中大力推广使用开源软件和动态编程语言。
- 乔园园孙可刘冲
- 关键词：化学信息学生物信息学药物发现开源软件
- 基于数据库信息的取代基药物分子设计
- 本实验室已开发的虚拟组合化学衍生程序 AVAL,通过变化分子骨架上的取代基生成大量衍生分子。后续的问题是如何让这些衍生结构更有意义,从而那将大大减轻虚拟筛选等步骤所面临的困难。因此,应该有目的地选择取代基,更好地控制衍生...
- 乔园园孙可
- 关键词：分子设计取代基残基
- 文献传递
- 基于数据库的取代基选择分子设计
- 本实验室已经开发的虚拟组合化学衍生程序AVAL，以分子骨架为母体，通过变化其取代基，能够生成大量母体骨架的衍生分子。如果采取常见的分子对接等方法来挑选组合化学所生成的大量分子，从时间和计算机资源来看，都不是切实可行的好方...
- 孙可
- 关键词：取代基分子设计晶体结构结构数据库蛋白质
- 文献传递
- 基于数据库信息的取代基选择被引量：2
- 2008年
- 虚拟组合衍生程序能够快速地根据选定的取代基生成大量的虚拟分子,问题在于选择什么样的取代基,才更有目的地控制衍生分子,使它们与受体的结合有更大的成功保障。通过统计数据库中蛋白质残基及其对应的配体取代基,就可以根据目标受体的残基情况,选择那些统计频率较高的取代基,这样比随机地选择取代基会更有目的性,设计的配体更有可能与蛋白质残基有效地发生作用。因此,这是一种新型的、基于数据库信息的概率式取代基选择方法,简称SSDI。SSDI用统计概率的方式,回答了组合衍生所面临的选择什么样取代基的问题。
- 乔园园宋端磊孙可
- 关键词：取代基残基相互作用
