张晓峰
- 作品数：4 被引量：40H指数：2
- 供职机构：浙江大学农业与生物技术学院农学系更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金浙江省科技厅资助项目更多>>
- 相关领域：农业科学医药卫生更多>>
- 水稻和拟南芥NBS-LRR基因家族同义密码子使用偏好的比较被引量：32
- 2005年
- 应用软件CodonW ,对全基因组进行分析,鉴定出水稻和拟南芥NBS -LRR基因家族的最优密码子分别为2 5和16种。NBS- LRR基因家族与其全基因组的最优密码子一致,但两个物种间彼此完全不一致,密码子使用上发生偏向的程度也不尽相同,说明NBS- LRR基因家族的密码子使用偏好受物种自身的影响很大。同时,同一物种内基因家族对密码子的使用也存在一定变异性。水稻以G或C结尾的密码子发生强烈偏向使用,而拟南芥中则是以A或T结尾的密码子。密码子中位于第一、三位的G +C含量明显高于第二位的G +C的含量。最适密码子使用频率Fop (frequencyofoptimumcodons )与基因的G +C含量、第三位密码子的G +C百分含量GC3S以及物种特定的密码子适合性因子CAI均极显著相关。
- 张晓峰薛庆中
- 关键词：水稻拟南芥密码子用法
- SARS冠状病毒CT基因型发现及相关特征被引量：2
- 2003年
- 目的 研究SARS冠状病毒基因型及相关特征。方法 对杭州市首例SARS病人分离的SARS冠状病毒ZJ0 1株进行全基因组测序 ,并在GenBank数据库登录。记录号 :AY2 970 2 8,版本号 :gi:3 0 910 85 9。整个全基因组由 2 9715bp组成。使用GenBank数据库中最新登陆的SARS病毒的基因组进行序列比对、突变点分析和多态性分析、特殊片段的系统进化分析。结果 发现在ZJ0 1株的 93 91、 175 5 5、2 1712、 2 2 2 13和 2 7819位点 ,分别是T、T、G、T和T核苷酸碱基 ,和GenBank数据库中的其他SARS冠状病毒株比较 ,除第 1、 2、 4和 5突变位点 (C :G :C :C/T :T :T :T)之外 ,发现在 2 1712位点 (第 3个 )A/G突变也参于这一遗传标识。因此我们提出 5个突位点将 17株病毒分为两种基因型的新概念 ,即C :G :A :C :C与T :T :G :T :T两型 ,简称C型和T型。ZJ0 1病毒株属于T基因型 ,在中国大陆内地是首次发现和发表。突起蛋白基因片断的进化树分析 ,广州的GZ0 1C基因型株进化距离和其他病毒株相差甚远 ;比较而言 ,和C基因型BJ0 1、CUHK W1病毒株较为接近 ,其次是T基因型的F1和F2组。 5个突变位点 (C :G :A :C :C/T :T :G :T :T)的两个发生在编码突起蛋白 (S)的基因中 ,分别是A/G和C/T突变 ,由此引起的突起蛋白 (S)氨基酸变化是Asp/
- 李兰娟王志刚卢亦愚程苏云吴南屏翁景清张严峻严菊英梅玲玲王晓萌朱函坪李敏红姚军陆群英姚苹苹史雯汤鋆葛琼龚黎明沃健尔包其郁余迎朴俞鸿王建斌庄树林张兵张晓峰苏志熙曾燕舞彭春龙蒋琰陈欢李金宏
- 关键词：冠状病毒严重急性呼吸综合症传染性非典型肺炎CT基因型
- 两种家猪心脏组织基因表达谱的分析被引量：4
- 2004年
- 选取丹麦成年长白母猪的心脏、肌肉、主动脉、左心室和中国成年二花脸母猪心脏共 5种组织 ,建立相应的cDNA文库 ,在此基础上测定了 35 180条表达序列标签。通过比较分析长白猪 4种组织的基因表达 ,找出了长白猪心脏组织中 3个显著高表达的功能群和 4 7个显著高表达的基因。长白猪心脏组织在分子伴侣活动、马达活动和生理过程中表达的基因较多 ,4 7个显著高表达的基因都是和运动、运动调节、能量及保护有关的基因。两种家猪心脏组织表达差异显著的基因有 74个 ,并且绝大部分是在长白猪心脏中表达更高 ,显示出长白猪心脏组织生理活动的高效与旺盛。
- 曾燕舞傅衍张兵苏志熙张晓峰胡松年
- 关键词：表达序列标签表达谱家猪心脏肌肉
- 一性连锁Alport综合征中国家系COL4A5基因新突变位点的检测被引量：2
- 2004年
- 通过PCR和直接测序的方法 ,对一性连锁Alport综合征家系 17个受检个体的COL4A5基因所有 5 1个外显子及其相邻内含子的DNA序列进行检测。结果发现 ,在第 2 6外显子 2 2 4 0位点 ,男患者存在C碱基缺失(2 2 4 0delC) ,女患者存在杂合缺失 ,同时对女患者相应的PCR产物进行克隆和测序以验证PCR测序结果的可靠性 ,而在正常家系成员和 80例对照中均未发现此位点异常 ,说明 2 2 4 0delC为引起该家系临床病变的突变位点 ,不是多态性位点。在性连锁Alport综合征中 。
- 彭春龙梁华邹庆玲汪净刘长生张晓峰陈杰胡松年
- 关键词：直接测序COL4A5基因
