汪晓阳
- 作品数：5 被引量：24H指数：4
- 供职机构：陕西师范大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金陕西省科学技术研究发展计划项目更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 直系同源基因的识别方法与数据库被引量：7
- 2013年
- 直系同源(orthology)是指由于物种形成事件而享有共同祖先的基因之间的关系,直系同源基因之间通常具有相似的结构和生物学功能.由于基因组和转录组序列的快速积累,精确的识别直系同源基因有助于功能基因的注释,比较和进化基因组学研究.综述了现有的识别直系同源基因的主要方法,并列举了由此构建的数据库.这些方法可以归纳为三大类,第一类是基于序列相似性的方法,具有识别速度快以及灵敏度高等优点;第二类是基于构建系统发育树的方法,具有准确性高和信息量大等优点;第三类是将上述两种方法结合起来的混合方法,更好地平衡了灵敏性和准确性.最后总结了识别过程所面临的问题.
- 杨婧黄原汪晓阳
- 关键词：数据库
- 陕西秦岭非法贸易动物(兽类)基因条码构建及分子鉴定被引量：6
- 2016年
- 现今秦岭珍稀野生动物非法贸易频繁发生,野生动物仅通过外表难以准确鉴定。通过构建陕西省秦岭地区羚牛、林麝、斑羚、鬣羚、金丝猴、黑熊、小麂、毛冠鹿、果子狸、豹猫、野猪、大熊猫、黄鼬、鼬獾、獾15种兽类线粒体DNA Cytb基因条码,对3例来自秦岭森林公安收缴的无法鉴定的动物肌肉样品进行分子物种鉴定。利用Neighbor-joining法和非加权配对算数平方法,构建分子系统发生树,对比三种待鉴定样品样本和15种动物的Cytb序列的遗传距离和序列相似性。经分析,待鉴定样品A1与斑羚聚为一枝,序列相似性为99.4%遗传距离为0.006;待鉴定样品A2与鬣羚聚为一枝,序列相似性为98.8%遗传距离为0.012;待鉴定样品A3与黑熊聚为一枝,序列相似性最高为100%遗传距离为0.000。从而鉴定出三种物种分别为斑羚、鬣羚和黑熊。基因条码为物种鉴定和野生动物保护提供便利条件。
- 冯慧汪晓阳冯成利黄原任轶王璐
- 关键词：CYT分子鉴定
- 基于18S rRNA基因序列的直翅目主要类群系统发育关系研究被引量：7
- 2011年
- 基于78种直翅目昆虫的18S rRNA基因全序列构建了直翅目各主要类群间的系统发育关系。本研究的结果支持直翅目的单系性,但不支持蝗亚目和螽亚目各自的单系性;直翅目下除蜢总科和蝗总科外各总科的划分多数与Otte系统相一致;蜢总科的单系性得不到支持;蝗总科的剑角蝗科、斑腿蝗科、斑翅蝗科、网翅蝗科和槌角蝗科5科均不是单系群,各物种间的遗传距离差异不大,应合并为一科,即蝗科;本研究支持将Otte系统中蚱总科和螽蟖总科下各亚科级阶元提升为科级阶元;18S rRNA基因全序列可以作为划分科级阶元的工具,当位于同一分支上互成姐妹群的类群间的遗传距离超过1%时,这几个类群属于不同的科;但由于其在进化上的保守性,18S rRNA基因只能用于纲目等高级阶元间关系的研究,而由其获得的总科以下阶元间的关系并不可靠。
- 汪晓阳周志军黄原石福明
- 关键词：直翅目RRNA基因系统发育
- 无齿稻蝗和黄翅踵蝗线粒体基因组与系统发育分析被引量：4
- 2018年
- 为了研究无齿稻蝗和黄翅踵蝗在蝗总科的系统发育地位,本研究采用基于长PCR的二次PCR方法对这两种蝗虫的线粒体基因组进行了测定和系统发育分析。结构显示：无齿稻蝗和黄翅踵蝗线粒体基因组全长分别是15 447 bp和15 598 bp,均含有典型的37个基因以及一个控制区,基因排序和数量与其他已知近缘昆虫相同;线粒体基因组A＋T含量分别是75.4%、75.4%。两种蝗虫的蛋白质编码基因中均是除了COX1的起始密码子是ACC,其他都是典型的起始密码子ATN;所有蛋白质编码基因的终止密码子都是典型的TAA或TAG;两种蝗虫t RNA基因中,21个能形成三叶草结构,只有trn^（SAGN）缺少DHU臂;黄翅踵蝗控制区的N链出现一个tRNA-like的结构。由两个外群和24个蝗总科物种构建的系统树结果显示无齿稻蝗与小稻蝗为姐妹群,黄翅踵蝗与飞蝗属和车蝗属与小车蝗属组成的分支为姐妹群。
- 常会会杨丽平刘菲汪晓阳汪晓阳邱忠营李雪娟
- 关键词：线粒体基因组系统发育
- 黄腹山雀谱系地理学与黄眉林雀线粒体控制区重复序列的起源与进化研究
- 近年来以分子系统发生为基础的谱系地理学、群体历史推论和生态位建模等多学科整合研究成为解决微进化领域科学问题的主要手段。这些研究中广泛地应用了线粒体基因标记。控制区作为线粒体基因组中与其复制转录等过程相关的非编码序列,具有...
- 汪晓阳
- 关键词：谱系地理学串联重复序列
- 文献传递
