张金龙
- 作品数：5 被引量：70H指数：4
- 供职机构：嘉道理农场暨植物园更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国科学院知识创新工程重要方向项目浙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术更多>>
- 特有植物多样性分布格局测度方法的新进展被引量：13
- 2013年
- 特有植物是生物多样性保护的重要对象,对其分布格局的研究可以为生物多样性优先保护区的确定提供重要参考。研究人员利用多种测度和分析方法,在不同地理区域对特有现象的分布格局开展了大量研究。随着分子系统学方法的不断完善及一些空间统计分析方法的引入,新的生物多样性测度方法应运而生。本文介绍了生物多样性测度方法的类型及其特点、应用现状与前景。这些测度方法的发展经历了从单一的时间或空间格局到时空格局统一的过程,具体涉及物种丰富度、谱系多样性、进化特异性以及这3种测度方法整合空间分布加权的算法。其中,谱系多样性指数(phylogenetic diversity)、谱系特有性指数(phylogenetic endemism)以及空间加权的进化特异性指数(biogeographically weighted evolutionary distinctiveness)尤其值得关注。中国特有植物分布格局的研究需要在以下4个方面进一步开展工作:(1)完善特有物种的分布格局研究;(2)加强物种的测序工作,完善谱系多样性格局的分析;(3)结合系统发育信息,揭示谱系多样性及进化历史的分布格局,进而深入开展物种β多样性和谱系β多样性的研究;(4)加强物种分布区变化的模拟,在时间维度上探讨特有现象的变化格局,为生物多样性保护提供更完善的理论支持。
- 黄继红张金龙杨永马克平
- 关键词：生物多样性生物地理学丰富度
- 植物DNA条形码促进系统发育群落生态学发展被引量：22
- 2011年
- 系统发育群落生态学是近年兴起的一个重要生态学研究分支,它以群落生态学为基础并引入了系统发育的分析方法,全面动态地反映了群落中物种内和物种间的相互作用关系,揭示了群落格局形成的生态学过程,研究了生物多样性的形成及维持机制。巴拿马BCI(Barro Colorado Island)样地的成功例子说明,在固定样地进行长期的群落生态与系统发育研究切实可行且极具意义;DNA条形码的快速兴起对这一研究发挥着重要作用。本文先列举了群落生态与系统发育综合分析能解决的群落系统发育结构、群落生态位结构、生物地理学和性状进化等生态学问题;接着介绍了标准植物DNA条形码以及利用片段组合(rbcL+matK+trnH-psbA)进行快速物种识别和近缘种区分、精确群落系统发育关系的构建以及群落生态学研究;随后提出DNA条形码研究在类群水平上需注意两片段的条形码组合(matK+rbcL)在同属种鉴别能力上的不足,而在较大尺度群落水平上需对实验设计进行优化。DNA条形码将为探讨物种多样性及其维持机理、系统发育beta多样性以及群落水平上功能性状进化研究提供新的思路。
- 裴男才张金龙米湘成葛学军
- 关键词：群落生态学
- 系统发育β多样性指数的比较：以古田山样地为例被引量：9
- 2011年
- 系统发育β多样性由于在物种β多样性的基础上包含了群落的系统发育信息,从而使人们能够从物种之间的亲缘关系来分析群落间的生态关系.系统发育β多样性指数作为系统发育β多样性具体的度量,为定量地研究系统发育β多样性提供了依据.不同的系统发育β多样性指数反映不同侧面的β多样性信息,同时也给研究者之间进行结果比较带来了不便.本文以浙江古田山24hm2样地的森林群落为例,对具有不同意义的系统发育β多样性指数进行比较后发现:(1)物种多度加权处理的Dpw指数与Rao’s二次熵的Rao’sD定义相似;PhyloSor与UniFrac指数生态学含义相似,因此具有很高的相关性;Dnn与PhyloSor,Dnn与UniFrac虽然生态学意义有些差别,但相关性也很高;(2)多度是否加权对同一个指数的影响在小尺度上并不明显;随着尺度的增大,多度加权与否的形式之间的差别才逐渐显现出来,可能是因为群落物种均匀度随尺度增大而降低;(3)PST和Rao’sH在较大尺度上比其他指数能够更好地反映生境和空间距离的衰减效应;随着尺度的减小,AW-Dnn和Dnn能够更好地反映生境和空间距离的衰减效应.
- 冯刚张金龙裴男才饶米德米湘成任海保马克平
- 关键词：多度
- 植物标本标签设计的原则及R程序包herblabel被引量：2
- 2016年
- 植物标本是分类学、生态学和分子生物学最重要的凭证之一。标本的采集和鉴定信息需清晰、准确、美观地展示和保存于标本标签中,不能有歧义以及拼写错误。在标签的制作过程中,数据输入的方式要简单、直接,标签文件生成过程中最好能自动分析错误,且在打印之前要便于修改和调整。本文探讨了打印植物标本标签的若干原则以及注意事项,并介绍了用R语言编写的herblabel程序包生成植物标本标签以及鉴定标签的过程。herblabel程序包基于Darwin Core和CVH5.0数据交换标准,可快速批量生成几种样式的RTF标签,且标签简洁、美观,易于编辑。herblabel程序包具有检查地点完整程度,学名拼写和接受状态,科、属在APG等新系统下的对应关系等功能,可有效减少数据录入过程中产生的错误。此外,本程序包在打印标签时使用的是基于Darwin Core标准保存的标本数据库,不仅方便统计和管理,也可以直接用于全球生物多样性信息网络(GBIF)数据共享或者数字植物标本馆的建设。该程序包可显著提高植物标本馆标本制作、管理和信息录入的工作效率,减轻工作人员的负担,并在植物生物多样性编目中发挥重要作用。
- 张金龙朱慧玲刘金刚Gunter A.Fischer
- 关键词：标本馆植物标本标签APGDARWIN
- 生境过滤和扩散限制作用对古田山森林物种和系统发育β多样性的影响被引量：26
- 2013年
- 系统发育β多样性包含了物种间的系统发育信息,为群落生态学的研究提供了新的视角.系统发育β多样性与传统的物种β多样性的结合,有利于全面了解群落构建机制.本研究以古田山24hm2森林样地为研究对象,通过模型模拟不同生态学过程下的群落,分析不同尺度下物种和系统发育β多样性指数的距离衰减效应,揭示古田山样地植物群落的构建机制.结果表明:(1)古田山样地群落的物种及系统发育多样性,存在明显的距离衰减格局;(2)生境过滤和扩散限制共同作用,可以更好地解释物种β多样性维持机制;(3)系统发育β多样性维持机制运用不同指数,得到不同的结果,根据最近邻体指数(Dnn)的结果,推断生境过滤和扩散限制共同作用在维持古田山样地群落系统发育β多样性中起主要作用,根据平均成对指数(Dpw)表明,在20m×20m尺度上,生境过滤和扩散限制共同作用对群落系统发育β多样性解释得最好,但随尺度增大,即在40m×40m和50m×50m尺度上,生境过滤是解释群落系统发育结构的主要过程.系统发育β多样性与物种β多样性的格局都表明了生境过滤和扩散限制在古田山常绿阔叶林生物多样性维持中的重要作用.
- 饶米德冯刚张金龙米湘成陈建华
