杨志刚
- 作品数：4 被引量：2H指数：1
- 供职机构：四川大学计算机学院更多>>
- 发文基金：云南省教育厅科学研究基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术理学更多>>
- 小鼠核糖体蛋白基因中的组合转录调控元件分析
- 2016年
- 研究表明,第一内含子可能参与基因转录调控。利用Markov链方法在小鼠核糖体蛋白(ribosomal protein)基因上游至第一内含子序列中抽提出一批高频出现模体(over-represented motifs),这些模体大部分与TRANSFAC中收集的小鼠基因转录因子结合位点吻合,是潜在的调控元件。将这些模体两两组合,利用超几何分布(hypergeometric distribution)和曼-惠特尼U检验(Mann-Whitney U test)获得了133对潜在转录调控模体对,其中一些与已知具有相互作用的转录因子对吻合,且大部分为协同作用。对抽提的模体对在不同区域中的出现情况进行分析,发现模体对主要出现在"上游-上游"(95.5%)和"上游-内含子"(57.9%)区域。结果进一步支持了内含子参与转录调控的假设,并且推测上游与内含子之间具有转录协同作用。
- 李慧敏杨志刚江绍萍
- 关键词：内含子
- 基于CSS的结构化文档视觉信息伪装技术实现被引量：1
- 2013年
- 对结构化文档的字体视觉冗余进行研究,利用CSS修改字体外观实现信息嵌入。该思路将加密和隐藏结合,载体应用范围广,隐藏密度大,安全性高,易于软件实现,所提出的嵌入方式对格式文本信息隐藏都具有指导意义。
- 杨志刚
- 关键词：信息伪装CSS
- 人管家基因启动子序列中的组合转录调控元件分析被引量：1
- 2015年
- 研究表明,第一内含子可能参与基因转录调控.利用统计方法提取人管家基因上游至第一内含子序列中潜在的组合转录调控模体,分析模体间的距离、区域分布等特征,探讨内含子参与基因转录调控的可能性及其参与方式.在管家基因中共获得960对潜在转录调控模体对,其中57%与实验已知的具有转录相互作用的因子对吻合,共涉及12组因子对.分析发现,绝大多数模体对(>80%)偏向于上游区域及"上游-内含子"区域,进一步支持了内含子参与基因转录调控的假设,并据此推测内含子与上游序列之间具有转录协同作用,模体在基因转录起始位点(TSS)附近较为集中,模体对的两个模体之间距离较近,60%左右距离在200 bp以内,特别地,65%的模体对特征距离在100 bp以内,短距离间隔有利于转录因子间的协同作用.这些结果将有助于对人基因转录调控机制及内含子功能的深入认识.
- 李慧敏石玉杨志刚江绍萍
- 关键词：内含子
- 基于Markov模型的基因组合调控模块预测
- 2013年
- 研究了Markov模型在预测基因组合调控模式中的应用.首先基于基因序列特点构造Markov模型,并发展了预测基因组合调控模块的概率模型.然后结合目前基因组合调控模式数据库的特征,提出了比较模型优劣的新指标:丰度.最后利用提出的模型预测分析酵母核糖体蛋白基因中的转录调控模块,并与其它方法进行比较,结果表明Markov模型在预测基因组合调控模式时的有效性和优越性.
- 李慧敏石玉杨志刚江绍萍
- 关键词：基因MARKOV模型
