杭兴宜
- 作品数：16 被引量：28H指数：3
- 供职机构：军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术医药卫生自然科学总论更多>>
- TPM:基于Taverna的PCR引物设计与评估工作流系统被引量：2
- 2009年
- PCR引物设计是PCR实验中关键而重要的一步,而引物的特异性情况直接影响着PCR实验的成败.首先,设计了基于多因素(序列相似性,引物3′末端自由能,Tm等)的PCR引物特异性评估工具-MFEprimer;其次,在MFEprimer的基础上,结合引物设计软件primer3,在Taverna工作流平台上构建了PCR引物设计(primer3)与评估(MFEprimer)一体的工作流系统-TPM(Taverna-Primer3-MFEprimer),实现了从引物设计到评估的自动化分析流程,使用简单方便.
- 屈武斌杭兴宜申志勇李稚锋张成岗杨毅
- 关键词：TPMPCR引物设计工作流系统工作流平台WORKFLOW
- 大规模EST序列聚类的并行算法研究进展被引量：2
- 2006年
- EST是携带有表达基因部分遗传信息的cDNA片段,EST聚类是将来自同一个基因的具有重叠部分的EST整合到单一的类中,是进行后续基因表达数据分析的必要步骤。传统的串行聚类方法的计算复杂度高,对内存要求大,不适于进行大规模聚类计算。本文主要介绍了EST聚类的并行处理方式、软硬件支持环境,适用于大规模EST聚类的并行算法和软件,比较了几种现有软件的算法、计算速度和内存要求等,并讨论了现有大规模聚类算法的优缺点。
- 毛逸清赵东升李稚锋杭兴宜骆志刚张成岗
- 关键词：EST序列聚类分析
- 细胞信号转导与可变剪接调控
- 2009年
- 大多数真核基因能够发生可变剪接，其调控对于生理和病理状态下细胞功能的实现至关重要，而异常可变剪接则可导致多种疾病。虽然已知可变剪接能够在转录后水平调节基因表达，然而目前仍不清楚特定的可变剪接模式是如何被调控的。越来越多的研究发现细胞信号和外界环境刺激能够调控靶基因的剪接模式，并且已发现一些与可变剪接调控有关的信号转导通路，而后者能够通过修饰剪接因子进而改变剪接因子的亚细胞定位或者活性，从而实现对靶基因可变剪接模式的调控。由细胞信号转导通路所构成的网络能够灵活多样地调控基因剪接，一条信号通路可调控多个基因剪接，而多条信号通路也可调控同一基因剪接，对于理解信号转导过程的分子机制具有重要意义。
- 王稳杭兴宜刘虎岐张成岗
- 关键词：可变剪接信号转导可逆磷酸化基因表达与调控
- 利用RT-PCR技术验证基于小鼠外显子芯片发现的缺血相关基因的表达
- 2010年
- 目的:利用RT-PCR技术验证并确认基于小鼠外显子芯片发现的部分缺血相关基因的表达,以鉴定候选基因的外显子是否发生可变剪接,从而实现对外显子芯片结果的鉴定。方法:根据生物信息学分析结果,选取小鼠外显子芯片中的3个基因(Ube3c,6330439K17Rik,Atp7a),在预测发生可变剪接的外显子两侧设计上下游引物,PCR后进行凝胶回收,再克隆到载体中进行测序。结果:RT-PCR及测序结果表明,Ube3c基因在6号外显子、6330439K17Rik基因在12号外显子、Atp7a基因在3号外显子发生可变剪接,与芯片预测结果一致。结论:RT-PCR技术可针对外显子芯片的结果进行可靠性验证,为可变剪接基因表达研究提供了一种有效手段。
- 王稳周瑞杭兴宜任长虹刘虎岐张成岗
- 关键词：可变剪接外显子RT-PCR
- 小鼠脑微血管内皮细胞在氧糖剥夺条件下的差异蛋白质组学研究被引量：3
- 2008年
- 顾勇杭兴宜高艳吴永红张成岗
- 关键词：蛋白质类血脑屏障内皮血管
- 小鼠不同发育阶段脑蛋白质组学初步研究被引量：3
- 2006年
- 目的:本研究为国际脑蛋白质组计划(HUPO BPP)的预实验部分,旨在获得可靠的小鼠脑蛋白质组数据库,比较和评估小鼠不同发育阶段的脑蛋白质组,为下一步进行神经系统疾病的蛋白质组学研究奠定基础。方法:样品来源于国际脑蛋白质组委员会所提供的胚胎16 d、出生后7 d及生后60 d等3个发育时期的C57/B l6雌性小鼠脑组织。常规方法提取组织总蛋白,采用固相pH梯度的二维电泳分离和串联质谱分析等进行鉴定,使用M ascot软件搜索Un iProt数据库,鉴定蛋白种类。结果:获得3个不同发育时期小鼠脑组织蛋白质表达谱,完成国际脑蛋白质组计划的预实验所要求的质量控制,鉴定出各发育阶段均有稳定表达的4个蛋白点,包括α烯醇酶、磷蛋白质P19及2个肌动蛋白。经进一步评估后鉴定出随年龄增大而丰度减低的C14orf166同源蛋白、28×103热/酸稳定的磷蛋白、3-巯基丙酮酸硫基转移酶、40S核糖体蛋白S3 a等4个蛋白。其中α烯醇酶及C14orf166同源蛋白曾有文献报道与神经发育及组织发生密切相关。结论:蛋白质组学的方法为脑发育研究提供了有参考价值的数据,其差异蛋白的发现可促进对神经发育机制的了解,并将为后续启动神经系统疾病蛋白质组学研究提供参考。
- 王静王利红高艳杭兴宜王航雁张成岗
- 关键词：蛋白质组双向电泳神经发育小鼠
- PCR引物特异性核查系统(PSC)的构建与应用被引量：3
- 2010年
- 聚合酶链式反应(PCR)虽已广泛用于分子生物学研究中,然而PCR实验中的非特异性产物问题将直接影响PCR的效率,在多重PCR实验中更是如此。为了最大限度地降低非特异性产物的出现率,同时避免用户频繁使用Blast比对检查非特异性,我们开发了基于NCBI-Blast的引物评估和模板DNA特异性结合能力评估的核查系统PSC(Primer Specificity Checking,http://biocompute.bmi.ac.cn/PSC),并基于虚拟PCR实验确定了用于引物质量核查计算的多种参数,能够在线提供多个物种的引物特异性核查结果。该系统可以有效地对引物序列可能产生的所有非特异性扩增进行预测,有助于实验前引物优化或者对非特异扩增结果进行解释,最终达到提高PCR效率的目的。
- 申志勇屈武斌李稚锋杭兴宜张成岗
- 关键词：引物多重PCR
- 序列比对程序Blat在转录组数据分析中的应用被引量：3
- 2005年
- 随着功能基因组学研究领域的快速发展,人们已经开始系统地研究全基因组的转录以及全部基因发挥功能的动态机制。为实现此目标,需要从海量的转录组数据中提炼出能够揭示基因功能以及表达调控的重要信息。采用高性能的序列比对程序以满足规模化的比对需求是其中的瓶颈环节。通过综合比较目前流行的各种序列比对软件的性能,并针对不同的转录组数据分析任务对Blat进行详细的应用分析,结果发现,Blat能够解决转录组数据分析过程中的序列比对这一瓶颈,可广泛应用于功能基因组相关的数据分析任务。
- 杭兴宜赵东升张成岗
- 关键词：数据分析转录功能基因组学全基因组基因功能
- 利用外显子芯片研究缺血/缺氧损伤相关的剪接调控机制
- 对于人类而言,氧气是“天空”,血液是“河流”。如果缺少了氧气和血液,人类的细胞、组织和器官都必将面临损伤和死亡。本文特别关注了缺血/缺氧性损伤相关疾病的关键病理过程及其分子机制,从剪接调控这个全新的视角阐述可变剪接在缺血...
- 杭兴宜
- 关键词：缺氧缺血再灌注可变剪接
- 文献传递
- 军事医学科学院生物医学超级计算中心的计算资源与应用被引量：8
- 2005年
- 生物信息学是生命科学和信息科学的有机结合,其发展和应用离不开高性能计算资源、技术和方法的支持。本文介绍了我院生物医学超级计算中心的主要计算资源———星盈万亿次超级刀片计算机、支撑软件和生物信息学应用软件,以及我们利用该系统进行大规模生物信息学数据分析的实际计算效果,旨在探讨如何充分挖掘我院生物医学计算资源的潜力,为深入规划我院生物医学研究需要的高性能计算方向提供重要参考。
- 赵东升杭兴宜李稚锋张成岗
- 关键词：生物信息学蛋白质结构预测计算生物学
