梁丽萍
- 作品数：3 被引量：5H指数：2
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- 相关领域：生物学更多>>
- 一种新的氨基酸序列进化距离及其应用被引量：1
- 2012年
- 在选择的思想下,建立了蛋白质氨基酸序列的进化动力学方程,提出了一个新的蛋白质氨基酸序列的进化距离———选择进化距离,该距离统一了前人提出的各种氨基酸序列的进化距离;将该动力学方程转换为线性模型后,利用最小二乘法可实现模型中参数b的估计;最后,通过17个物种的细胞色素b的氨基酸序列说明了该选择进化距离的计算方法,并根据自展法比较了不同进化距离得到的物种进化树。结果表明,利用选择进化距离构建的进化树与其他几种进化距离得到的进化树的拓扑结构一致。选择进化距离为估计蛋白质氨基酸序列的进化距离提供了新方法。
- 解小莉梁丽萍杜俊莉袁志发
- 关键词：氨基酸序列进化距离动力学方程
- 一种新的DNA序列进化距离及其应用被引量：3
- 2011年
- 为了研究核苷酸变异,通过DNA序列的同源率,建立了DNA序列进化的动力学方程,进而得到了一种新的物种间进化距离dy(选择进化距离).由于核苷酸替代模型有很多,选用其中的4种模型,计算出其相应的选择进化距离dy,该进化距离包含了4种模型下的p距离、替代率为常数的距离d和替代率服从Г分布的Г距离dG.进一步根据动力学方程的特点,将模型转化为一元线性回归问题,用最小二乘法求得选择模型中的动力学参数b和各核苷酸位点每年的平均替代速率r.以16个物种的线粒体基因序列为例,说明这种新的进化距离并通过构建不同进化距离下的基因进化树来对各进化距离进行比较.结果表明:选择进化距离dy是一种有效的构建进化距离的方法.
- 梁丽萍解小莉程健王振凤郭满才袁志发
- 关键词：DNA序列进化距离进化树
- DNA序列选择进化距离及其在系统发育分析中的应用
- 在研究各种物种的进化历史中,利用蛋白质或DNA序列进行系统发育分析已成为生物信息学的一个重要研究领域。系统发育分析的主要研究方法为:选取一组同源的蛋白质或DNA序列,通过各种方法计算出各个序列间的进化距离,进而构建出能反...
- 梁丽萍
- 关键词：DNA序列进化距离进化树
- 文献传递
