目的采用不同实时荧光PCR方法检测各类型DNA污染模拟样本,分析检测方法性能,为在新型冠状病毒(简称新冠病毒)核酸检测中鉴别DNA污染提供依据。方法取实验室保存的新冠病毒RNA核酸样本和新冠病毒阳性质控品(含病毒序列的质粒样本),按不同比例混合,并进行梯度稀释,制成模拟样本。分别使用实时荧光RT-PCR、灭活逆转录酶前加样并去除RT步骤的PCR(PCR Set 1)和灭活逆转录酶后加样并去除RT和灭活步骤的PCR(PCR Set 2)三种不同方法,使用同一型号设备对同一批模拟样本进行检测。记录并分析检测结果,确定最佳的DNA污染判断方法。结果新冠病毒RNA核酸样本中,相比实时荧光RT-PCR,PCR Set 1下所有样本的Ct值增高2-4个循环,PCR Set 2中除原始样本N基因阳性外,均为阴性。新冠病毒DNA污染样本三种方法检测Ct值无明显差异。含等量DNA污染的混合污染样本和含梯度DNA污染的混合污染样本三种方法检测显示Ct值存在差异。三种方法检测不同新冠病毒基因,变化规律无明显差异。结论PCR Set 1和PCR Set 2两种方法均可用于鉴别DNA污染,特别是PCR Set 2方法对各浓度的DNA污染均有较好的区分能力。
