程洁
- 作品数：7 被引量：25H指数：2
- 供职机构：中国海洋大学更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 栉孔扇贝Fosmid文库的构建及基因组结构特征分析被引量：12
- 2008年
- 研究构建第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133 851个克隆,插入片断平均长度为40 kb,覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍。栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排。所有的克隆进行了超级池和二级池的构建,并筛选了2个基因和7个微卫星,结果阳性克隆数介于2到8之间。由此可见,该文库可以很好的用于目的基因或标记的筛选,将有利于物理作图和基因的图位克隆研究。2 016个克隆进行双末端测序,获得3 646条序列。序列总长2 286 986 bp,大约占栉孔扇贝基因组的1.84‰。共得到2 500条串连重复序列,其中微卫星序列371条,小卫星序列1 816条,卫星序列313条。共得到317条散布重复序列,总长97 412 bp,占测序总长的4.26%。查找到的散布重复序列共有4种类型:DNA转座子、LTR反转座子、LINE反转座子和滚环转座子,其中LINE反转座子的数目最多。BLAST比对共有1 383条序列与数据库现有的序列有明显的相似性(E
- 程洁张玲玲黄晓婷张灿王师胡景杰包振民
- 关键词：栉孔扇贝CHLAMYSFARRERI
- 中国北方沿海6个栉孔扇贝群体的AFLP分析被引量：12
- 2010年
- 利用4对AFLP引物首次对我国北方沿海主要的6个栉孔扇贝养殖区的自然采苗群体进行了遗传多样性分析,共扩增得到191条清晰带谱,其中175条具有多态性。对各群体进行遗传多样性分析,结果表明各群体均具有较高的遗传多样性水平,香农式多样性指数在0.347 4～0.391 7之间。AMOVA结果表明遗传变异主要来源于群体内,占总遗传变异的87.22%。个体聚类结果表明,烟台、长岛、大连3个群体的个体聚在一起,可看做1个群体;而荣成群体的个体单独聚在一起,具有独立的遗传结构;胶南和日照的一部分个体聚在一起,其他大部分各群体单独聚在一起;推测是海洋环境和人工养殖影响的共同结果。
- 李宁程洁孙鲁阳赵海波侯睿胡景杰包振民
- 关键词：养殖区AFLP
- 栉孔扇贝fosmid文库的构建及基因组结构特征分析
- 栉孔扇贝(Chlamys farreri是我国北方最重要的海水经济养殖贝类之一,在海水养殖产业中占有极其重要的地位.本研究构建了第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133,851个克隆,插入片断平均长度为4...
- 程洁张玲玲黄晓婷张灿王师胡景杰包振民
- 关键词：栉孔扇贝CHLAMYSFARRERI
- 花鲈Argonaute基因家族的快速进化与表达分析
- 2021年
- RNA干扰(RNA interfering,RNAi)是广泛存在于动植物等生物中的一种高度保守、序列特异的RNA降解机制。Argonaute蛋白是RNAi途径的关键组成部分,其结构、功能和进化模式在无脊椎动物中已得到广泛研究,但在脊椎动物特别是硬骨鱼中的报道还十分有限。本研究从已测序物种的基因组中鉴定了12种哺乳动物和15种硬骨鱼的Argonaute家族基因。通过拷贝数、系统发生和共线性分析,本文验证了在脊椎动物中存在两个保守的Argonaute亚家族,即miRNA/siRNA介导的AGO亚家族和piRNA介导的PIWI亚家族。硬骨鱼类多样的繁殖发育方式是其生殖能力最大化的适应机制。为比较硬骨鱼中piRNA途径和miRNA/siRNA途径的功能和进化差异,本文对硬骨鱼(包括花鲈)和哺乳动物中的piRNA途径基因进行了全面的分子进化分析,并将这些基因与miRNA/siRNA途径中的Ago基因进行比较。结果表明硬骨鱼类的piRNA途径具有快速进化的特征,这可能适应了硬骨鱼基因组转座子数量大、种类多的特点。通过转录组分析,我们进一步证实了piRNA途径基因在四种硬骨鱼中的生殖特异性表达,预示其可能在配子发生过程中发挥作用。本研究为进一步解析硬骨鱼中piRNA途径基因的进化模式及其在鱼类生殖发育中的调控作用提供理论基础。
- 刘赛赛刘泽宇蒋朴莹陆维张全启程洁
- 关键词：RNAI分子进化配子发生
- 栉孔扇贝（Chlamys farreri）大片段基因组文库的构建及应用分析
- 栉孔扇贝/(Chlamys farreri/)是我国北方最重要的海水经济养殖贝类之一,在海水养殖产业中占有极其重要的地位。而大片段基因组文库是当前分子遗传学和基因组学研究必不可少的工具,为了深入开展栉孔扇贝/(Chlam...
- 程洁
- 关键词：FOSMID文库BAC文库遗传连锁图谱物理图谱
- 文献传递
- “蓬莱红”栉孔扇贝新品种培育
- 包振民胡景杰胡晓丽黄晓婷陆维方建光于瑞海王守常刘光穆李允强李宁孟庆磊惠敏程洁王明玲彭薇陈超赵海波李燕候睿王珊王睿甲李纪勤贺艳郭慧慧
- 技术说明：1、培育了高产抗逆的养殖扇贝新品种“蓬莱红”是国内外第一个扇贝养殖新品种，改写了扇贝无品种的局面，在“十五”863重大专项验收会上被评价为“给深受病害打击的扇贝养殖业带来生机，相应成果标志着海水养殖动物育种技术...
- 关键词：
- 关键词：栉孔扇贝
- 栉孔扇贝BAC文库的构建及质量评价
- 2013年
- 本研究构建了栉孔扇贝3个BAC文库，分别为BamHI文库，HindⅢ文库和Sau3AI，其中BamHI文库包含34560个克隆，平均插入片段为98kb，未发现空载；HindⅢ文库包含132480个克隆，平均插入片段为106kb，空载率为1．67％；Sau3AI文库包含23040个克隆，平均插入片段为53kb，空载率为3．33％。3个文库总共由190080个克隆组成，平均插入片段为98kb，覆盖栉孔扇贝基因组的15．4倍。通过对随机挑选BAC克隆100代的继代培养，未发现插入片段的丢失或重排现象，说明所构建的BAC文库是稳定的。将所有克隆进行超级池及二级池的构建，筛选了3个基因及遗传图谱上的7个微卫星标记，阳性克隆数在6～18之间，表明这3个文库可以在目的基因或标记的筛选、物理图谱的构建及大规模基因组的测序中发挥重要作用。
- 赵柏淞程洁陈亮于娜黄晓婷包振民
- 关键词：栉孔扇贝BAC文库基因组
