袁哲明
- 作品数：122 被引量：568H指数：14
- 供职机构：湖南农业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家教育部博士点基金教育部“新世纪优秀人才支持计划”更多>>
- 相关领域：农业科学生物学理学自动化与计算机技术更多>>
- 基于支持向量回归的生物测定数据分析被引量：4
- 2010年
- 生物测定是生物学、医学、毒理学的重要内容与基础。常用的定量生物测定数据分析方法时间-剂量-死亡率模型(TDM)不能对复杂生测数据建立统一模型,信息利用不充分。本文基于支持向量回归(SVR),提出了一种能对不同供试因子、不同供试对象和不同环境条件下复杂生测数据统一建模的新方法。14个简单生测数据和2套复杂生测数据的对比分析结果表明,SVR模型拟合与留一法预测精度均优于TDM模型,估计的LD50和LT50等指标更为可信。SVR模型有望作为TDM模型的有益补充,在定量生物测定数据分析中得到广泛应用。
- 王志明谭显胜周玮袁哲明
- 关键词：时间-剂量-死亡率模型支持向量回归生物测定
- 公平的名额分配
- 2005年
- 名额分配问题是政治学社会选择理论中的世界难题之一,它以浅显的数学知识得出了深刻的政治结论却又一直未获根本解决而著称于世.本文在评述前人各种分配方法的基础上,从机会公平的原则出发,提出了一种新的分配方法--比例随机法.它具有按比例分配、符合定额、机会公平和逻辑自洽等特点.
- 袁哲明
- 关键词：政治学社会选择理论名额分配公平
- 基于逐步非线性回归的血管紧张素转化酶抑制肽QSAR建模被引量：1
- 2022年
- 线性特征选择方法可提升定量构效关系(QSAR)模型的预测能力,但易忽略特征(理化属性)与分子活性间的非线性关系。本文提出基于支持向量回归(SVR)的逐步非线性回归(SSNR)特征选择算法并用于降血压药物血管紧张素转化酶(ACE)抑制肽的QSAR研究。首先以具有不同背景的5组分子描述符分别表征肽序列,以SSNR实施特征选择,再通过智能一致性模型(ICM)对各组描述符对应子模型的预测活性进行加权整合,获得最终活性预测值。在ACE抑制二肽与三肽两个数据上的应用结果表明,SSNR获得的特征子集结合ICM策略可有效提升模型预测能力(二肽的平均Q_(pred)^(2)为0.675±0.002,三肽为0.663±0.013),优于遗传算法-偏最小二乘(0.538±0.049、0.599±0.047)与逐步线性回归(0.583±0.041、0.675±0.010)。最后基于抑制活性已知肽序列预测所有活性未知肽的活性,分析了高活性肽及其氨基酸偏好性,为人工合成潜在高活性ACE抑制肽提供可能的序列组合。
- 周恒巴庆芳袁哲明代志军
- 关键词：定量构效关系支持向量机血管紧张素转化酶抑制肽
- SVR-KNN法用于除草剂QSAR研究
- 2008年
- [目的]探索一种有效的组合预测方法,用于定量构效关系(QSAR)的研究分析。[方法]提出一种基于支持向量机回归(SVR)与K-最近邻法(KNN)的组合预测方法:以均方误差(MSE)最小为择优准则,对SVR实施核函数寻优;基于最优核函数以SVR进行描述符筛选并得到保留描述符;以"多轮末尾强制淘汰法"阐述各保留描述符对预测精度影响的程度;基于保留描述符,以不同KNN预测值反映样本集异质性并构建子模型,最后基于SVR以留一法实施组合预测。运用该组合预测方法研究磺酰脲和三唑并嘧啶磺酰胺类除草剂QSAR建模。[结果]建模结果表明,基于SVR与KNN的组合预测方法在参比模型中预测精度最高,具有结构风险最小、非线性、能有效克服过拟合、泛化推广能力优异等优点。[结论]基于SVR与KNN的组合预测具有许多优点,在QSAR研究中应用前景广泛。
- 区卫民谭泗桥袁哲明柏连阳熊洁仪
- 关键词：支持向量机回归K-最近邻组合预测定量构效关系
- 运用PDB中的同源信息提高NetTurnP的蛋白质β转角预测精度(英文)被引量：1
- 2012年
- β转角作为一种蛋白质二级结构类型在蛋白质折叠、蛋白质稳定性、分子识别等方面具有重要作用.现有的β转角预测方法,没有将PDB等结构数据库中先前存在的同源序列的结构信息映射到待预测的蛋白质序列上.PDB存储的结构已超过70 000,因此对一条新确定的序列,有较大可能性从PDB中找到其同源序列.本文融合PDB中提取的同源结构信息(对每一待测序列,仅使用先于该序列存储于PDB中的同源信息)与NetTurnP预测,提出了一种新的β转角预测方法BTMapping,在经典的BT426数据集和本文构建的数据集EVA937上,以马修斯相关系数表示的预测精度分别为0.56、0.52,而仅使用NetTurnP的为0.50、0.46,以Qtotal表示的预测精度分别为81.4%、80.4%,而仅使用NetTurnP的为78.2%、77.3%.结果证实同源结构信息结合先进的β转角预测器如NetTurnP有助于改进β转角识别.BTMapping程序及相关数据集可从http://www.bio530.weebly.com获得.
- 钱刚王海燕袁哲明
- 关键词：PDB
- 温湿度对菜青虫幼虫发育历期及食叶量影响研究被引量：9
- 1999年
- 为探明温湿度对菜青虫幼虫发育历期及食叶量的影响，制订出合适的菜青虫经济阈值，利用计算机扫描技术，测定了不同温湿度组合下菜青虫幼虫的发育历期、总食叶面积和日平均食叶速率．结果显示，在试验温度范围内，随温度升高，菜青虫幼虫发育历期缩短，全幼虫期总食叶面积下降，日平均食叶速率增大；相对湿度对菜青虫幼虫发育历期和日平均食叶速率的影响不大。
- 袁哲明陈永年
- 关键词：菜青虫温度发育历期食叶量
- 以“一口价”为上限的网约车合乘均衡计价方法
- 一种以“一口价”为上限的网约车合乘均衡计价方法，该方法是以“一口价”为上限实现乘客支付的动态调整，以乘客方的节省费用比率与司机收入增加比率相等的公平原则作为网约车合乘计价的评价基础，通过网约车合乘的历史数据来确定合适的λ...
- 陈渊袁哲明杨晶晶谭泗桥邢鹏伟张雪丽
- 文献传递
- 冰核细菌Erwinia ananas 110冰核基因iceA的原核表达及冰核活性分析被引量：1
- 2013年
- 为获得具有高冰核活性的基因工程菌,从冰核细菌Erwinia ananas 110扩增冰核基因iceA,将其克隆到pMD19–T载体上,转化大肠杆菌DH5α,单、双酶切鉴定并测序;阳性克隆目的片段亚克隆到表达载体pET–23a(+)上,转化大肠杆菌DH5α,单、双酶切鉴定重组质粒;阳性重组质粒转化大肠杆菌BL21(DE3)pLysS,并经IPTG诱导表达。SDS–PAGE电泳检测表明,冰核基因iceA能够并以包涵体形式表达,相对分子质量约为180 000。冰核活性测定结果表明,重组菌BL21(DE3)pLysS/pET–ice的冰核活性与野生冰核细菌Erwinia ananas 110在–5、–4、–3、–2℃下无明显差别。
- 姚润贤袁哲明
- 关键词：冰核细菌原核表达
- 二化螟种群空间格局的经典分析与地统计学比较研究被引量：28
- 2004年
- 为揭示二化螟幼虫空间格局特征并阐明经典格局分析的局限性与地统计分析的优越性 ,从 2个原始样本出发 ,另构建了一系列格栅样本、随机样本和顺序样本并进行了比较研究 .结果表明 ,经典格局分析不能有效区分频次分布相同但分布型或聚集程度不同的样本 ,存在受样方大小、格栅初始点位置和样本容量大小影响等许多局限性 ,其中受格栅初始点位置影响是首次报道 ;而地统计学半变异函数能有效刻划二化螟种群空间分布格局 ,表征其聚集强度和空间异质性 ,且受样方大小、格栅初始点位置和样本容量大小的影响较小 .二化螟种群在低密度下呈随机分布 ;在高密度下呈聚集分布 ,聚集强度为 0 .10 5 6 ,空间依赖范围为 193cm .在高密度下二化螟种群空间分布存在几何异向性 ,行方向上的聚集强度 (0 .2 716 )明显高于列方向 (0 .0 86 7) ,但行方向上的空间依赖范围 (115cm)小于列方向 (2 6 4cm) .
- 袁哲明付威李方一
- 关键词：二化螟空间分布型地统计学
- Multi-KNN-SVR组合预测在含氟化合物QSAR研究中的应用被引量：20
- 2008年
- 为深入认识含氟农药生物活性与其结构之间的关系,建立了理想的QSAR模型,从化合物油水分配系数等7个分子结构描述符出发,基于支持向量回归(SVR)和MSE最小原则,经自动寻找最优核函数和非线性筛选描述符,构建了多个K-最近邻(KNN)预测子模型.再经非线性筛选获得保留子模型,以保留子模型实施组合预测(Multi-KNN-SVR).33种含氟化合物对5种不同病害生物活性的留一法组合预测结果表明,采用非线性筛选描述符和KNN子模型能有效地提高预测精度,基于多个KNN子模型的非线性组合能进一步提高预测性能.Multi-KNN-SVR组合预测在QSAR以及其它相关预测研究中具有广泛应用前景.
- 谭显胜袁哲明周铁军王春娟熊洁仪
- 关键词：含氟化合物定量构效关系K-最近邻组合预测
