陶林
- 作品数：3 被引量：9H指数：2
- 供职机构：上海生物信息技术研究中心更多>>
- 发文基金：上海市科学技术委员会科研基金国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 代谢网络的蝴蝶结结构特征及其功能意义被引量：5
- 2007年
- 研究全基因组代谢网络的结构拓扑对于了解结构与功能间的联系是必不可少的.而可视化有助于获取网络组织结构的直观信息.从网络拓扑的角度考察了75个物种的全基因组代谢网络.提出了一个展开蝴蝶结模型,实现了对代谢网络的蝴蝶结结构的清晰的可视化.展开蝴蝶结所揭示的代谢网络的结构特征,有助于我们设计高效的且更能反应代谢网络自身特点的网络算法.同时,这个粗粒化的网络模型还可实现对网络中脆弱连接的可视化,因此对于疾病研究和药靶发现都有潜在意义.通过对蝴蝶结中心部分的双向连接及主核的研究表明,代谢网络的蝴蝶结结构有其内在的、有意义的拓扑特征,而这些特征是随机网络所不具备的.
- 赵静陶林俞鸿骆建华曹志伟李亦学
- 关键词：生物信息学代谢网络随机网络
- 文本挖掘技术在整合蛋白与疾病关系资源中的应用被引量：4
- 2009年
- 为了整合文献中大量的人类蛋白质与疾病相互关系的信息,通过文本挖掘和通路分析的方法从PubMed中的摘要提取出对应关系后,利用KEGG中的通路信息构建出人类蛋白质和疾病相互的一个网络效应,并构建了查询数据库,用户可以根据蛋白质名称、疾病名称、通路名称来进行多方面的查询。
- 徐昊陶林魏武贾佩琳丁祖泉曹志伟
- 关键词：文本挖掘疾病网络效应
- 中药药效物质机理的生物信息分析平台及其分析方法
- 本发明提供了一种中药药效物质机理的生物信息分析平台及其分析方法，包括中药活性成分及含量数据库模块，INVDOCK软件包模块和网络数据库模块，网络数据库模块包括人类蛋白相互作用数据库、代谢数据库、和信号转导数据库、治疗性药...
- 李亦学曹志伟陈宇综陶林吴迪赵静
- 文献传递
