付海辉
- 作品数：8 被引量：95H指数：4
- 供职机构：西南林业大学林学院更多>>
- 发文基金：国家林业局西南地区生物多样性保育重点实验室开放基金云南省重点学科资助项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 云南红皮梨bHLH转录因子的生物信息学分析被引量：11
- 2013年
- 具有碱性-螺旋-转角-螺旋结构的一大类基因被称为bHLH家族基因,其成员主要有c-MYC、MADL、MAX、MIXL和MNT基因;bHLH转录因子在细胞的增殖、分化和凋亡方面起着重要作用;对植物的生长发育、营养吸收、生物合成和信号转导等方面同样有着重要作用。在果肉、叶片和外果皮中,CsMYC2的表达与CHS、UFGT及ANS表达相关联,因此CsMYC2参与花色苷的生物合成调控,但是该基因在云南红皮梨花色苷合成调控中起着什么样的作用尚不清楚。利用生物信息学方法对云南红皮梨(Red Pyrus pyrifolia)bHLH基因进行分析,对不同植物间bHLH基因氨基酸序列的同源性比对,并且对该基因编码的蛋白质的理化性质、结构和功能等进行预测和分析。结果表明:该蛋白属于亲水性蛋白,其二级结构中的主要结构元件是α-螺旋和无规则卷曲,并散布于整个蛋白。这一结果为研究红皮梨bHLH基因的结构、功能以及红皮梨的着色机制奠定了一定的基础。
- 孟富宣周军辛培尧唐军荣董娇付海辉周林涛徐世宏
- 关键词：生物信息学
- 几种经济植物UFGT基因的生物信息学分析被引量：46
- 2011年
- 本文根据在GenBank中已登录的葡萄、玉米、水稻、草莓、拟南芥和苹果等植物的类黄酮-3-O-葡萄糖基转移酶基因的核苷酸序列和氨基酸序列,应用生物信息学软件预测了其理化性质、疏水性/亲水性、导肽、跨膜结构、卷曲螺旋结构、二级结构、功能结构域及高级结构,并构建了类黄酮-3-O-葡萄糖基转移酶蛋白家族的系统进化树。结果表明这几种植物的UFGT基因核苷酸序列除葡萄存在2个外显子外,其它植物均存在1个外显子。含量最丰富的氨基酸是Leu、Ala、Gly、Val和Ser等,除葡萄、苹果UFGT属于不稳定类蛋白外,其余均属于稳定类蛋白。进一步研究分析表明,这几种植物UFGT蛋白存在明显的疏水区和亲水区、信号肽、跨膜结构以及卷曲螺旋。二级结构组成上比例相似,并且都由α-螺旋、延伸链和无规则卷曲所组成。它们都存在UDPGT、COG1819和MGT等保守域。除了拟南芥外,其它几种植物都能够通过同源建模建立UFGT蛋白的三维结构。进化分析表明,把它们的UFGT基因分成5个类群,其中3个大类群,另外陆地棉和野芭蕉的UFGT基因分别单独成一类。本工作将为深入研究该蛋白在植物花、果实和叶片等器官颜色变化中发挥的功能,开展生物大分子结构模拟以及药物设计提供抛砖引玉的作用。
- 付海辉辛培尧许玉兰刘岩韦援教董娇曹有龙周军
- 关键词：生物信息学同源建模进化树
- 不同植物LDOX/ANS基因的生物信息学分析被引量：32
- 2010年
- 花青素是一类重要的植物次生代谢产物。本文采用生物信息学的方法对已在GenBank上登录的拟南芥、西洋梨、苹果、桃、葡萄、芥菜、菊花新品种和水稻等植物的无色花青素双加氧酶/花青素合成酶(LDOX/ANS)基因的核酸及氨基酸序列、组成成分、导肽、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级结构、三级结构及功能域等进行预测和推断。结果表明,ORF除了桃和菊花新品种为500bp左右之外,其它几种植物都在1070bp左右,分子量均为4kD左右,理论等电点均低于7,说明LDOX/ANS呈酸性。Glu、Leu和Val是这些植物共有的主要氨基酸。核苷酸同源性比对结果显示,拟南芥LDOX/ANS与其它植物LDOX/ANS的同源性较高;8个物种的LDOX/ANS基因被分为两个大类,单子叶植物水稻LDOX/ANS基因被单独分为一类,其它的均聚成一大类。研究还发现这些植物的LDOX/ANSN端不存在导肽和信号肽,无跨膜结构域,肽链表现为亲水性。蛋白质二级结构中最主要的结构元件是α-螺旋和无规则卷曲,包含一个20G-FeⅡOxy功能结构域。通过此次研究,希望为今后深入研究该类酶的功能和结构特征提供依据。
- 董娇周军辛培尧许玉兰刘岩韦援教付海辉
- 关键词：生物信息学
- 宁夏枸杞新优品系花药愈伤诱导的影响因素被引量：1
- 2012年
- 研究了低温预处理、光照、取材时间等因素对宁夏枸杞花药愈伤诱导的影响。结果表明:盛花期为枸杞花药培养的最佳取样时期;4℃低温预处理3d时,枸杞花药愈伤诱导效果最佳;黑暗条件有利于枸杞花药愈伤诱导;不同基因型宁夏枸杞花药愈伤诱导率有极显著差异。
- 张波曹有龙付海辉罗青
- 关键词：宁夏枸杞花药培养愈伤诱导
- 枸杞叶片RNA提取方法优化被引量：1
- 2017年
- 以"宁杞1号"枸杞叶片为试材,采用优化的CTAB法、异硫氰酸胍法、Trizol法以及SDS法提取叶片RNA,以期筛选出适合枸杞叶片的总RNA的提取方法。结果表明:常规方法不能提取到完整的RNA,且条带不清晰、杂质多。经优化后,异硫氰酸胍法较为理想,并且可以用于RT-PCR试验。
- 付海辉张波程慧李彦龙曹有龙周军
- 关键词：枸杞叶片RNA
- 8种植物CHI基因的生物信息学分析被引量：7
- 2013年
- 根据GenBank上已登录的拟南芥、苹果杂交种、草莓、桃、沙梨的栽培种美人酥、葡萄、柑橘和玉米的查尔酮异构酶基因蛋白质氨基酸残基序列,应用生物软件对其组成成分、导肽、信号肽、跨膜结构域、疏水性与亲水性、蛋白质二级和三级结构以及功能域进行预测和分析。结果表明:8种植物的CHI不具有导肽,不存在信号肽,不具有跨膜结构,推测CHI可能定位于细胞质基质中发挥功能,多肽链总体表现为亲水性;有α-螺旋、β-转折、无规则卷曲和延伸链4种二级结构,除了无规则卷曲是桃的最主要二级元件外;其余7种植物均是α-螺旋为最主要的结构元件;8种植物可能均有1个查尔酮异构酶活性部位。
- 原晓龙周军辛培尧董娇孟富宣付海辉
- 关键词：查尔酮异构酶生物信息学分析蛋白质功能预测
- 云锦杜鹃NRT基因序列的生物信息学分析
- 2014年
- 通过转录组测序,获得在接种ERM真菌的云锦杜鹃苗根系中显著差异表达的基因,其中硝酸根转运蛋白(NRT)基因是硝态氮吸收转运的关键基因。利用生物信息学方法,分析云锦杜鹃根转录组的硝酸根转运蛋白(NRT)基因序列,对其推导的氨基酸的理化性质、亲水性/疏水性、跨膜结构、导肽、二级结构、高级结构进行预测,并对硝酸根转运蛋白的氨基酸做进化发育分析。为进一步了解NRT基因在云锦杜鹃接种苗根系氮素吸收的作用奠定了基础。
- 魏翔莺张春英付海辉潘东明
- 关键词：云锦杜鹃进化树
- 选择性多聚腺苷化在水稻发育过程中的基因表达调控作用以及适应性的研究
- 水稻（Oryza sativa）不仅是世界上最重要的粮食作物之一，也是单子叶模式植物。水稻品种japonica Nipponbare和indica93-11为两个水稻亚种代表，广泛的种植于我国的南北区域，对环境与气候形成...
- 付海辉
- 关键词：水稻发育过程基因表达生理调控
- 文献传递
