李海鸥
- 作品数：11 被引量：8H指数：2
- 供职机构：苏州大学计算机科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江苏省自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术文化科学生物学化学工程更多>>
- GPCR跨膜螺旋的结构拓扑建模及其预测方法被引量：2
- 2013年
- 7个α跨膜螺旋组成的螺旋束是G蛋白偶联受体的最主要拓扑特征,其三维结构的预测精度直接影响完整受体的三维结构预测、配体对接及功能分析的准确性.近期许多研究小组提出了各种方法,同时也遇到了一个共同的问题:采样时难以在7个跨膜螺旋结构的保守性与局部多样性之间获得平衡,其实质是未将两者统一到一个系统模型中.文中针对跨膜螺旋的空间结构特点,建立了兼顾保守性与多样性的结构拓扑模型,并利用该模型形成了4阶段的结构优化方法,试图获得采样广度与深度的平衡.同时,引入基于结构拓扑的能量项与约束,起到了优化评判标准和剪裁采样空间的作用,有效地预测了跨膜螺旋的三维结构.使用文中方法展开了3组验证实验,用8个已解构的目标分别与GPCRDOCK2010的参赛结果、知名结构预测工具Swiss和MODELLER进行了比较.与Swiss的比较中,文中方法有5个目标获得了更优的三维螺旋结构;与单模板、多模板的MODELLER的比较中,文中方法分别在6个目标与7个目标上取得了优势.
- 吴宏杰吕强权丽君陈荣陈沙沙李海鸥钱培德
- 关键词：G蛋白偶联受体结构拓扑
- 一种蛋白质与肽段全柔性计算对接方法
- 2013年
- 蛋白质-肽段对接时受体的骨架柔性问题一直以来都是计算生物学中的一个挑战。目前,绝大多数的对接都是一种半柔性对接(只考虑配体的柔性)。然而在真实的对接过程中,受体也会产生构象变化,包括侧链运动、骨架运动或其它突变。本文提出了一种包含受体骨架柔性的蛋白质-肽段柔性对接方法。在8个较难的Unbound蛋白质-肽段复合物和2个受体有明显柔性区域的对接案例上进行了测试。分析表明本文提出的这种柔性对接方法在受体有明显柔性区域的案例上都取得了很大的改进。
- 李海鸥吕强吴宏杰
- 蛋白质-肽段全柔性对接的并行计算研究
- 本文对蛋白质-肽段全柔性对接的并行计算进行了研究。蛋白质-肽段复合物相关的结构信息对于新药的研制和设计有非常重要的作用。蛋白质和肽段的计算对接方法可以为用实验方法探究蛋白质-肽段交互作用做补充。现实世界中,蛋白质-肽段对...
- 李海鸥
- 关键词：数据挖掘并行计算程序语言
- 文献传递
- 基于机器学习技术的蛋白质—配体对接关键计算问题研究
- 蛋白质是人体细胞组织的重要组成部分,也是生命活动的主要承担者。多个蛋白质结合在一起形成稳定的复合物后才能在人体机能的调节中发挥作用。蛋白质-配体对接技术就是研究如何通过计算技术预测蛋白质-配体复合物稳定的空间结构。现阶段...
- 李海鸥
- 关键词：蛋白质结构预测
- 文献传递
- 中职计算机课程基础迁移教学的思考
- 2018年
- 迁移教学,顾名思义,即教师根据学生所掌握的知识信息,并在此基础上从中引入新的知识信息。某种程度上讲,在学生的最近发展区让学生感知学习的成功。毕竟对于课堂教学来说,由于时间有限,不可能将所有知识都一次性传授给学生,因而最好的方式就是给学生"种下"知识。
- 李海鸥
- 关键词：迁移
- 一种基于结构拓扑的G蛋白偶联受体跨膜螺旋三维结构的预测方法
- 本发明提供一种基于结构拓扑的G蛋白偶联受体跨膜螺旋三维结构的预测方法，包括：（1）构建跨膜螺旋的结构拓扑模型：先构建G蛋白偶联受体的7个跨膜螺旋的几何结构拓扑模型；（2）预测所述跨膜螺旋的结构拓扑模型，分为四个阶段：（2...
- 吕强吴宏杰权丽君李海鸥
- 文献传递
- GPCR跨膜螺旋的结构拓扑建模及其预测方法
- 7个a跨膜螺旋组成的螺旋束是G蛋白偶联受体的最主要拓扑特征,其三维结构的预测精度直接影响完整受体的三维结构预测、配体对接及功能分析的准确性.近期许多研究小组提出了各种方法,同时也遇到了一个共同的问题:采样时难以在7个跨膜...
- 吴宏杰吕强权丽君陈荣陈沙沙李海鸥钱培德
- 关键词：G蛋白偶联受体计算机应用
- 文献传递
- 基于蛋白质进化配对的残基间距离约束挖掘方法
- 2015年
- 蛋白质的进化配对是指在进化过程中残基对之间形成的相对稳定的相互作用。基于已被发现的进化配对,采用机器学习的分类技术,将其转换成残基对之间的距离约束,从而将一种定性的残基对之间的相互作用挖掘为定量的距离约束,这为蛋白质的结构预测提供了新的指导。
- 王彩霞吕强李海鸥罗升
- 关键词：支持向量机
- 一种基于结构拓扑的G蛋白偶联受体跨膜螺旋三维结构的预测方法
- 本发明提供一种基于结构拓扑的G蛋白偶联受体跨膜螺旋三维结构的预测方法，包括：（1）构建跨膜螺旋的结构拓扑模型：先构建G蛋白偶联受体的7个跨膜螺旋的几何结构拓扑模型；（2）预测所述跨膜螺旋的结构拓扑模型，分为四个阶段：（2...
- 吕强吴宏杰权丽君李海鸥
- 文献传递
- 浅析C语言在计算机专业课程中的特点及其意义被引量：5
- 2016年
- 对于高校计算机专业课程来说,C语言是其基础性课程之一。它不仅功能强大,而且应用十分广泛,在当前计算机相关技术领域中据有非常重要的位置。笔者结合实践,在概述C语言相关应用特征的同时,重点根据当前高校计算机专业教学发展现状,进一步分析其意义,以便参考。
- 李海鸥
- 关键词：C语言计算机专业
