陈兰
- 作品数：4 被引量：4H指数：1
- 供职机构：中国科学院研究生院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术更多>>
- 一种从多表达谱数据挖掘基因共表达团的新方法被引量：3
- 2008年
- 随着近年来高通量基因表达谱数据的涌现,集成多个不同实验条件的表达谱数据,并挖掘在多数据源都保守的基因共表达团,成为预测基因功能或者调控关系的方法之一.但是,常用的方法通常仅简单地集成不同表达谱数据并推导保守基因共表达团,这样可能会导致结果中出现并非真正在多数据源保守的共表达团.提出一种结合最小哈希与局部敏感哈希的新方法,可以高效地寻找在多表达谱数据源中真正保守的基因共表达团.结果分析证明,相比过去的方法,现提出的方法可以获得更加功能相关和调控相关的基因共表达团.
- 陈兰王世敏陈润生
- 关键词：表达谱
- 基因转录调控网络构建与分析的研究
- 传统的分子生物学着重于研究单个基因的功能。但是，生物体是一个复杂的系统，基因彼此相互作用形成网络。基因网络的功能并不简单的是单个基因功能之和。因此，在后基因时代，功能基因组的目标之一是从试验数据中挖掘基因网络，并分析其隐...
- 陈兰
- 关键词：基因网络基因转录调控拓扑结构
- 酵母转录调控协作网络的分析(英文)被引量：1
- 2008年
- 协作网通常被用于描述各种社会关系,相似的概念也可以应用到转录调控网络的研究中.针对被调控基因共享转录因子的相似性,可以建立一个被调控基因协作网,同样,根据转录因子调控基因的相似性可以建立一个相对较小的转录因子协作网.对被调控基因协作网的聚类研究发现,大部分的类都显著地富集一个或者多个GO功能注释.进一步的结果分析发现某些GO注释的基因更倾向于共享相似的调控机制.这表明,在协作网中,相对简单的调控机制相似性能捕捉生物功能相关的信息.并且,将在二部图分析中使用的概念——"异常点"引入到协作网的分析中,发现协作网的异常点和致死基因有相关性.综上所述,协作网的方法是分析转录调控网络的一个有用的补充.
- 陈兰蔡伦GEIR SKOGERB_~2陈润生
- 关键词：转录调控网络协作网异常点
