叶生晶
- 作品数：16 被引量：118H指数：7
- 供职机构：国家林业局中南林业调查规划设计院更多>>
- 发文基金：国家林业公益性行业科研专项国家科技支撑计划长沙市科技局创新平台项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学环境科学与工程更多>>
- 杜仲甲羟戊酸激酶(EuMK)基因鉴定及生物信息学分析被引量：9
- 2014年
- 甲羟戊酸激酶(mevalonate kinase,MK)是萜类化合物生物合成甲羟戊酸(mevalonate pathway,MVA)途径的限速酶之一。为了探明EuMK对杜仲胶生物合成的调控机制,对EuMK所编码蛋白质氨基酸序列的理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二、三级结构、结构保守域以及基因组内含子和外显子结构特征等进行了全面的生物信息学分析,结果发现EuMK蛋白质序列均存在3个与甲羟戊酸底物结合及催化反应有关的保守结构域;EuMK的氨基酸组成中性的疏水性蛋白居多数,属于稳定的疏水性蛋白;无明显的跨膜结构,均在膜外;二级结构为混合型结构的蛋白质。EuMK均含有4个外显子,3个内含子;EuMK基因家族启动子顺式作用元件潜在功能的预测分析发现,含有大量基本顺式作用元件TATAbox,CAATbox,还含有光(AE-box、CGT-motif、Box 4、G-box)、生长素(ERE、ABRE、TCA-element)响应等多个顺式调控元件。
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- 关键词：反式聚异戊二烯生物信息学
- 矿区土壤重金属污染植物修复探讨——以新余市仰天岗为例被引量：4
- 2015年
- 植物修复是矿区重金属污染常用的一种生物修复方法,将植物修复应用于矿区土壤重金属污染治理已成为环境科学和土壤学的研究热点之一。在分析矿区土壤重金属污染现状的基础上,对植物修复土壤重金属进行了综述,并以新余市仰天岗矿山生态环境保护与治理为例,探讨植物修复在矿区污染治理方面的规划应用,以期为矿区污染及其修复的研究提供科学依据。
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- 关键词：土壤重金属污染植物修复
- 杜仲MEP途径系列基因表达差异的研究被引量：10
- 2014年
- 以杜仲果实和叶片转录组为基础,研究了MEP途径系列基因的表达差异,为杜仲基因的克隆、功能鉴定及重要成分的分子积累机理研究提供重要的依据。结果表明,杜仲转录组中共42条Unigene被MEP途径注释。DXS的DXS2和DXS3在幼果和叶片中表达量具有显著差异,且DXS2在幼果和叶片中的表达量最高;该酶在幼果和成熟果实中有7条Unigene被注释,其中DXS6在成熟果实中特异表达,的表达量具有显著差异。DXR在幼果和叶片中有4条Unigene被注释,其中DXR1、DXR2、DXR3的表达量具有显著差异;该酶在幼果和成熟果实中有3条Unigene被注释,其中DXR3在成熟果实中特异表达,3条Unigene的表达量均无显著差异,DXR1在幼果和成熟果实中表达量均最高。MCT在幼果和叶片中仅1条被注释,表达量差异显著;该酶在幼果和成熟果实中仅1条被注释,其表达量无显著差异。CMK在幼果和叶片中仅CMK1被注释,且表达量无显著差异;该酶在幼和成熟果实中仅CMK1被注释,且表达量无显著差异。MDS在幼果和叶片中仅MDS1被注释,其表达量差异显著;该酶在幼果和成熟果实中有2条Unigene被注释,且表达量无显著差异。HDS在幼果和叶片中仅HDS1被注释,表达量具有显著差异;该酶在幼果和成熟果实中仅HDS1被注释,表达量有显著差异。HDR在幼果和叶片中有5条Unigene被注释,其中HDR1和HDR5的表达量具有显著差异;该酶在幼果和成熟果实中有7条Unigene被注释,其中HDR3、HDR4、HDR5、HDR6的表达量有显著差异。IPI在幼果和叶片中仅IPI1被注释,其表达量无显著差异;该酶在幼果和成熟果实中有2条Unigene被注释,其中IPI1的表达量有显著差异。
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- 关键词：幼果叶片成熟果实
- 杜仲MVA途径相关基因全长cDNA序列特征研究被引量：11
- 2014年
- 杜仲幼果和成熟果转录组测序的基础上,分离鉴定了幼果和成熟果MVA途径ACOT、HMGS、HMGR基因全长cDNA序列,并对基因的核苷酸序列及其相应氨基酸序列的组成成分、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二、三级结构、分子系统进化等进行分析。EuACOT基因全长cDNA为1 248 bp,编码416个氨基酸,属于稳定疏水性蛋白,无明显的跨膜区,在进化上分属于不同的分类群,与烟草和番茄的ACOT蛋白间的亲缘关系最为接近;EuHMGS基因全长cDNA为1 356 bp,编码452个氨基酸,属于不稳定的疏水性蛋白,无明显的跨膜区,在进化上分属于不同的分类群,与茶树的HMGS蛋白间的亲缘关系最为接近;EuHMGR基因全长cDNA为1 770 bp,编码590个氨基酸,属于不稳定的疏水性蛋白,有两个较明显的跨膜区,在进化上分属于不同的分类群,与杜仲的HMGR蛋白间的亲缘关系最为接近;以上三个蛋白的二级结构均是以α-螺旋和螺环结构为主的混合型结构。
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- 关键词：生物信息学
- 杜仲果实和叶片转录组数据组装及基因功能注释被引量：41
- 2012年
- 所构建的杜仲果实和叶片转录组数据库获得了54 471 338条reads数据,包含4 902 420 420nt数据信息,对reads进行拼接,获得了452 421条Contig,总长度为90 705 736 nt;对contig进行拼接后,获得了147 027条Scaffold,总长度为65 877 052 nt;同理,对Scaffold进一步拼接后,获得了49 610条Unigene,总长度为37616 729 nt;Unigene和COG数据库进行比对表明,杜仲果实和叶片转录组中的Unigene根据功能大致可分为25类;杜仲果实和叶片转录组中的Unigene根据GO功能可分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类42分支;以KEGG数据库为参考,依据代谢通路可以将转录组中的数据分成125类,包括脂类代谢,DNA剪切,植物激素生物合成,苯丙氨酸生物合成,萜类化合物与类固醇类化合物合成等。
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- 关键词：果实叶片转录组基因功能
- 杜仲EuHMGS基因鉴定及生物信息学分析被引量：5
- 2014年
- 杜仲橡胶是具有橡塑二重性的优异高分子聚异戊二烯材料。3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合成酶(HMGS)是萜类物质合成MVA途径中重要的中间体。为了揭示EuHMGS对聚异戊二烯的分子调控机制的重要作用,对杜仲HMGS基因进行全面的生物信息学分析。杜仲HMGS基因编码452个氨基酸残基,属于不稳定的疏水性蛋白质。进化关系分析结果表明,杜仲HMGS基因与双子叶植物葡萄和拟南芥的HMGS基因亲缘关系较为接近;杜仲HMGS基因组中含有有11个外显子,10个内含子;其启动子序列中含有大量脱落酸(ABRE)、水杨酸(TCA-element)、乙烯(ERE)等顺式作用元件。
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- 湘潭锰矿栾树叶片和土壤N、P化学计量特征被引量：11
- 2014年
- 湘潭锰矿区废弃地是一个典型的退化生态系统,针对矿区废弃地植被恢复中3个不同林龄的栾树林(3年生、5年生和9年生),测定了林木叶片以及相应土壤的N、P含量,综合分析了不同林龄土壤和林木叶片的化学计量特征。结果表明,随着年龄的增长土壤中N含量呈递增趋势,而P含量为递减趋势,在3个林龄中均表现出显著性差异;3个林龄叶片的N、P含量以及N∶P比值差异显著,N、P含量在年龄增长梯度上表现为降低,而N∶P比值却表现为升高;3个林龄叶片中N含量与N∶P比值之间表现出显著正相关,而P含量与N∶P比值之间却为显著负相关关系;土壤中N、P含量与叶片N∶P比值之间分别存在显著正相关和负相关关系。通过对3个林龄叶片和土壤N、P含量及化学计量特征研究,发现P很有可能成为湘潭锰矿退化生态系统植被恢复过程中植物生长的限制性因子。研究结果可为矿区废弃地植被恢复和经营管理以及森林可持续发展提供科学依据。
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- 关键词：退化生态系统N
- 杜仲MVA途径相关基因的鉴定及荧光定量PCR引物筛选被引量：6
- 2013年
- 杜仲富含萜类物质,MVA途径是萜类物质合成的重要途径之一。从杜仲果实转录组数据KEGG中杜仲MVA途径共被注释30条Unigene,根据NCBI中的BLAST比较,分别鉴定了乙酰COA酰基转移酶,羟甲基戊二酰辅酶a合成酶,羟甲基戊二酰辅酶a还原酶,甲羟戊酸激酶,磷酸甲羟戊酸激酶,二磷酸甲羟戊酸脱羧酶基因,被注释7条,3条,11条,2条,2条,5条。表达差异分析表明,以上基因中分别为5条,3条,4条,1条,5条为幼果和成熟果实差异表达基因。对差异表达基因序列进行软件设计、引物特异性分析和实验验证,最终筛选出10对适合杜仲MVA途径SYBR GreenI荧光定量PCR的引物,为MVA途径基因表达差异研究及萜类物质积累的分子机理研究提供重要依据。
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- 关键词：荧光定量PCR引物筛选
- 喀斯特城市亮叶桦意杨混交林生态系统生物量及生产力研究被引量：6
- 2011年
- 采用现场实测的方法,对喀斯特城市贵阳市的亮叶桦+意杨人工林生态系统不同层次生物量、林分生产力进行了研究。结果表明:10年生亮叶桦和意杨单株生物量分别为9.54kg和7.03kg;林分中乔木层生物量为4.03t.hm-2,地上部分生物量为3.42t.hm-2,占乔木层总生物量的84.9%;林分生产力为0.988t.hm-2a-1,以树叶生产力最高,为0.65t.hm-2a-1,占林分总生产力的65.8%;林下灌木层生物量为6 052.1t.hm-2,以毛栗生物量最高,为2 551.84t.hm-2,占灌木层生物量的42.16%;草本层生物量为4 109.98t.hm-2,以蕨最多,生物量为2 347.43t.hm-2,占草本层生物量的57.1%;死地被物层生物量为2 509.87t.hm-2,以未分解层生物量1 124.80t.hm-2最高,占死地被物层生物量的44.8%。研究结果可为喀斯特城市森林改善生态环境、碳平衡计算及森林可持续经营提供科学依据。
- 宁晨闫文德叶生晶孙吉慧刘隆德杨春华刘坚定
- 关键词：生物量生产力亮叶桦意杨
- 杜仲EuACOTS基因家族的鉴定及生物信息学分析被引量：4
- 2013年
- 乙酰CoA酰基转移酶(acetylCoA Cacetyltransferase,ACOT)是萜类化合物生物合成甲羟戊酸(mevalonate pathway,MVA)途径的起始酶,为了揭示生物合成杜仲胶的机制,对杜仲ACOTS基因家族进行全面的生物信息学分析。EuACOTS家族含有3个基因,分别记为EuACOT8、EuACOT9、EuACOT10。对其氨基酸序列的理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性以及同源进化等性质进行了分析,结果发现EuACOTS蛋白质的性质结构均较为相似,均存在2个硫解酶的特异保守序列,均属于稳定的疏水蛋白,无明显的跨膜区。在对EuACOTS基因家族启动子顺式作用元件潜在功能的预测分析中发现,EuACOTS基因家族启动子顺式作用元件进行比较发现启动子作用既有保守性,又有特异性,其中EuACOTS家族含有大量基本顺式作用元件TATAbox,CAATbox以及光(AE-box、Box I、MNF1)、乙烯(ERE)、真菌诱导(Box-W1)和脱落酸(ABRE)等多个顺式调控元件。
- 乌云塔娜王淋叶生晶
- 关键词：酰基转移酶生物信息学
