张晓红
- 作品数：3 被引量：11H指数：2
- 供职机构：南京林业大学森林资源与环境学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划中央级公益性科研院所基本科研业务费专项更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 桉树EST-SNP的开发及EST图谱构建
- 本研究利用4种方法,对桉树EST-PCR产物的纯化效果和测序结果进行了比较。对测序试剂盒的不同用量的测序结果的分析。结果以乙醇-醋酸钠法纯化和Bigdye 1//16或1//32用量的测序方案,具有成本低和操作简便的优点...
- 张晓红
- 关键词：桉树SNPCAPS
- 文献传递
- 三种单链特异性核酸酶检测桉树ESTP的酶切条件优化被引量：1
- 2008年
- 单链特异性(SSS)核酸酶是基因组学研究的有效工具。本研究对绿豆芽核酸酶、S1和芹菜汁提取物三种SSS核酸酶检测桉树ESTP检测的酶切条件进行了优化,优化因子依次包括Mg2+浓度、酶切温度、酶用量和/或pH值等因子。三种酶的最适酶切温度均为60℃。绿豆芽核酸酶优化后的酶切反应体系为:10×Buffer(pH5.56)1.0μL(NaAc300mmol/L,Nacl1.0mol/L,ZnAc210mmol/L,甘油50%,MgCl2100mmol/L),PCR产物5μL,酶4.5U,超纯水补至10μL;S1的优化酶切体系为:10×Buffer(pH5.46-5.67)1.0μL(MgCl2100mmol/L,ZnAc22mmol/L,Bis-Tris200mmol/L,TritonX1000.02%,BSA0.002mg/mL),PCR产物5μL,S1酶5U,超纯水补至10μL;CJE的优化酶切体系为:10×Buffer(pH7.5)1.0μL(MgCl2100mmol/L,Hepes100mmol/L,KCl100mmol/L,TritonX1000.02%,BSA0.002mg/mL),PCR产物5.0μL,CJE酶1.0μL,超纯水3.0μL。综合考虑酶切效果和成本,推荐S1为检测桉树ESTP的经济、有效的SSS核酸酶。
- 郭勇李发根王宇张晓红李梅甘四明
- 关键词：桉树
- 桉树EST-PCR产物测序方案的优化被引量：2
- 2009年
- EST-PCR产物测序是EST标记开发的重要步骤。本研究利用乙醇-醋酸钠法、清洁试剂盒、虾碱磷酸酶(SAP)-核酸外切酶Ⅰ(ExoⅠ)法和凝胶回收试剂盒4种方法,对6个桉树EST-PCR产物的纯化效果和测序结果进行了比较,推荐乙醇-醋酸钠法为首选的纯化方法;利用测序试剂盒Bigdye TerminatorV3.1,对1/2、1/4、1/8、1/16和1/32标准用量(8.0μL)的测序结果的分析表明,1/16和1/32用量仍可有效测序,均可作为优先的测序试剂用量。同时,也发现EST-PCR扩增谱带单一、明亮的序列与设计的目标EST具有较好的同源性,开发SNP和Indel标记的潜力极大,但较弱的谱带则可能是非特异性扩增的产物。乙醇-醋酸钠法纯化和Bigdye Terminator1/16或1/32用量的测序方案,具有成本低和操作简便的优点,适合96孔板或384孔板大规模EST-PCR产物的测序。
- 张晓红李发根王宇徐立安李梅甘四明
- 关键词：桉树表达序列标签
